宗教克制对印巴缓和的促进作用
“9·11”事件后，印巴关系进入了一个新的时期。特别是印度发生议会大厦遇袭事件后，印度国内舆论纷纷指责巴基斯坦是涉案的两个穆斯林极端组织的后台，印巴关系急剧恶化，印度军队甚至摆开对巴开战的架势。
在印度和美国的压力下，巴基斯坦被迫整肃国内宗教势力，打击恐怖组织，清理宗教学校。据报道，1999年，巴基斯坦的宗教学校超过一万所，有100多万人在那里接受教育[50]。其中不少学生出校以后前往克什米尔地区，以“伊斯兰圣战”的名义从事反印的武装斗争。巴基斯坦境内的极端宗教势力受到制约，一些宗教学校遭到关闭，极端宗教分子的活动受到打压。2002年1月12日，穆沙拉夫总统发表电视讲话，宣布镇压巴控克什米尔地区的穆斯林极端组织。被美国列为恐怖组织的“使者信徒军”在巴遭到禁止。穆沙拉夫总统还强调要正确理解“先知”穆罕默德和“国父”真纳的训导，强调圣战决不限于武装斗争，对无知、贫困、落后和饥饿的斗争是“更伟大的圣战”。他还指出，应该保持“宽容、平和”的伊斯兰精神，摒弃极端主义、恐怖主义、教派纷争和“武装圣战”的思想，将巴基斯坦建设成为一个宽容、和睦、强大的国家。
巴基斯坦警方还逮捕数百名教派极端分子，并决定取缔先知军、真主军、圣贤军、贾弗里教规运动党、保卫先知教法运动等5个极端组织，还明确了改革宗教学校、规范清真寺管理的意向。2000年3月24日，穆沙拉夫总统表达了继续整顿与宗教极端势力关系密切的情报系统的决心。同年5月17日，他表示，不允许任何组织以克什米尔之名发动恐怖袭击，尽管他同时还表示将继续“从道义和政治上”支持克什米尔人民争取自由的权利。为了限制宗教学校传播“圣战”思想和培训武装人员，同年6月18日，巴基斯坦政府公布《宗教学校登记法》，禁止未登记的学校接受国内外团体的捐助。这些都体现了巴基斯坦领导人与宗教极端主义决裂的信念。但是，由于该国国内宗教势力比较强大，在社会生活的各个领域的影响根深蒂固，要彻底与之决裂并非易事，未来形势的发展仍需加以密切关注。