诊断
一、诊断依据
1.流行病学史（1.1） 有不安全性行为，多性伴或性伴感染史。新生儿感染者其母亲有泌尿生殖道沙眼衣原体感染史。
2.临床表现（1.2）
（1）男性特有的感染（1.2.1）：大约有一半以上无症状。有症状者可出现下列表现。
1）尿道炎（1.2.1.1）：潜伏期1～3周。表现为尿道不适、尿痛或有尿道分泌物。尿痛症状比较轻，有时仅表现为尿道的轻微刺痛和痒感，尿道分泌物为黏液性或黏液脓性，较稀薄，量较少。
2）附睾炎（1.2.1.2）：如未治疗或治疗不当，少数患者可进一步引起附睾炎。表现为单侧附睾肿大、疼痛、水肿、硬结，局部或全身发热，硬结多发生在附睾的曲细精管，可触及痛性的附睾硬结。有时睾丸也可累及，出现睾丸肿大、疼痛及触痛、阴囊水肿等。
3）前列腺炎（1.2.1.3）：患者既往有衣原体尿道炎的病史或现患衣原体尿道炎。表现为会阴部及其周围轻微疼痛或酸胀感，伴有直肠坠胀感，可伴有排精痛。体检时前列腺呈不对称肿大、变硬或有硬结和压痛。尿中可出现透明丝状物或灰白色块状物。
4）关节炎（Reiter综合征）（1.2.1.4）：为少见的合并症。常在尿道炎出现1～4周后发生，是发生于下肢大关节及骶髂关节等的非对称性、非侵蚀性关节炎。Reiter综合征则指除上述病变外，还有眼（结膜炎、葡萄膜炎）、皮肤（环状包皮龟头炎、掌跖角皮症）、黏膜（上腭、舌及口腔黏膜溃疡）等损害。
（2）女性特有的感染（1.2.2）：约有70%以上无症状。有症状者可出现下列表现。
1）宫颈炎（1.2.2.1）：由于常见的是无症状感染，所以难以确定潜伏期。可有阴道分泌物异常，非月经期或性交后出血及下腹部不适。体检可发现宫颈充血、水肿、接触性出血（“脆性增加”）、宫颈管黏液脓性分泌物，阴道壁黏膜正常。拭子试验阳性（将白色拭子插入宫颈管，取出后肉眼可见变为黄绿色）。
2）尿道炎（1.2.2.2）：可出现尿痛、尿频、尿急。常同时合并宫颈炎。体检可发现尿道口充血潮红，微肿胀或正常，可有少量黏液脓性分泌物溢出。
3）盆腔炎（1.2.2.3）：如未治疗或治疗不当，部分患者可上行感染而发生盆腔炎。表现为下腹痛、腰痛、性交痛、阴道异常出血、阴道分泌物异常等。急性发病时伴有高热、寒战、头痛、食欲不振等全身症状。病情较轻时，下腹部轻微疼痛，血沉稍快。体检可发现下腹部压痛、宫颈举痛，可扪及增粗的输卵管或炎性肿块。病程经过通常为慢性迁延性。远期后果包括输卵管性不育、异位妊娠和慢性盆腔痛。
（3）男性和女性共有的感染（1.2.3）
1）直肠炎（1.2.3.1）：男性多见于同性性行为者。轻者无症状，重者有直肠疼痛、便血、腹泻及黏液性分泌物。
2）眼结膜炎（1.2.3.2）：出现眼睑肿胀，睑结膜充血及滤泡，可有黏液脓性分泌物。
（4）婴儿及儿童感染（1.2.5）
1）新生儿结膜炎（1.2.5.1）：由患病的产妇传染所致。在生后5～12日发生。轻者可无症状，有症状的新生儿表现为轻重不等的化脓性结膜炎，出现黏液性或黏液脓性分泌物、眼睑水肿、睑结膜弥漫性红肿、球结膜炎症性乳头状增生，日久可致瘢痕、微血管翳等。
2）新生儿肺炎（1.2.5.2）：常在3～16周龄发生。表现为鼻塞、流涕，呼吸急促，特征性的（间隔时间短、断续性）咳嗽，常不发热。体检发现呼吸急促，可闻及湿啰音。(https://www.daowen.com)
3.实验室检查（1.3）
（1）核酸检测（1.3.1）：聚合酶链反应法（PCR）、RNA实时荧光核酸恒温扩增法（SAT）、转录介导核酸恒温扩增法（TMA）等检测沙眼衣原体核酸呈阳性。核酸检测应在通过相关机构认定的实验室开展。
（2）抗原检测（1.3.2）：酶联免疫吸附试验、直接免疫荧光法或免疫层析试验检测沙眼衣原体抗原阳性。
（3）培养法（1.3.3）：沙眼衣原体细胞培养阳性。
（4）抗体检测（1.3.4）：新生儿衣原体肺炎中沙眼衣原体IgM抗体滴度升高，有诊断意义。
二、诊断分类
应结合流行病学史、临床表现和实验室检查结果，综合判断而做出诊断。由于生殖道沙眼衣原体感染大多为无症状，流行病学史有时也较难确定，因此建议采用敏感性和特异性高的实验室检查以明确诊断。
1.确诊病例 同时符合1.1（流行病学史）、1.2（临床表现），以及1.3（实验室检查）中任一项者。
2.无症状感染 符合1.3（实验室检查）中任一项（主要为培养法、抗原检测和核酸检测），且无症状者。
三、鉴别诊断
1.沙眼衣原体性尿道炎 需要与淋球菌、解脲脲原体、生殖支原体和其他病原体引起的尿道炎等鉴别。
2.沙眼衣原体性附睾炎 需要与淋球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等引起的附睾炎、睾丸扭转等鉴别。
3.沙眼衣原体性前列腺炎 需要与细菌性前列腺炎、无菌性前列腺炎等鉴别。
4.沙眼衣原体性直肠炎 需要与淋球菌、生殖支原体、肠道细菌（志贺菌、沙门菌等）、原虫（蓝氏贾第虫、溶组织阿米巴、隐孢子虫）、病毒（巨细胞病毒、腺病毒）等引起的直肠炎鉴别。
5.沙眼衣原体宫颈炎 需要与淋球菌性宫颈炎等鉴别。
6.新生儿沙眼衣原体性结膜炎 需要与淋球菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌引起的结膜炎鉴别。
7.新生儿沙眼衣原体性肺炎 需要与病毒（呼吸道合胞病毒、巨细胞病毒、腺病毒和流感病毒）、细菌（链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、流感杆菌、肺炎球菌）等引起的肺炎鉴别。