处理
沙眼衣原体感染的治疗目的是杀灭沙眼衣原体、消除症状、防止产生并发症、阻断进一步传播。由于沙眼衣原体具有独特的生物学性质，要求抗生素具有较好的细胞穿透性，可采用延长抗生素疗程，或使用半衰期长的抗生素等方法，提高治疗效果。
一、一般原则
早期诊断，早期治疗。及时、足量、规则用药。根据不同的病情采用相应的治疗方案。所有患者应做HIV和梅毒的咨询与检测。性伴应该同时接受治疗。治疗后进行随访。
二、治疗方案
1.成人沙眼衣原体感染
推荐方案
阿奇霉素第1日1 g，以后2日每日0.5 g；或
多西环素0.1 g，每日2次，共10～14日。
替代方案
米诺环素0.1 g，每日2次，共10～14日；或
四环素0.5 g，每日4次，共2～3周；或
红霉素碱0.5 g，每日4次，共10～14日，或
罗红霉素0.15 g，每日2次，共10～14日，或
克拉霉素0.25 g，每日2次，共10～14日，或
氧氟沙星0.3 g，每日2次，共10日，或
左氧氟沙星0.5 g，每日1次，共10日，或
司帕沙星0.2 g，每日1次，共10日，或
莫西沙星0.4 g，每日1次，共7日。
四环素类药物均有较好的疗效。多西环素与四环素相比，优点在于每日服药次数减少，耐受性稍好，半衰期长，即便漏服1次也有效，同等剂量下抗沙眼衣原体的作用更强。不过，在临床上尚未观察到两者疗效的差异。米诺环素是第二代半合成的四环素类药物，每日服药2次，具有高度的亲脂性和较强的组织穿透性，在泌尿生殖道的浓度高于有效治疗浓度，因而疗效较高。
阿奇霉素是一种半合成的大环内酯类抗生素，口服吸收后能迅速穿透细胞，组织浓度高，血浆和组织半衰期达68小时。一次标准剂量口服，在组织中能达到较高的治疗浓度，在炎症部位保持不少于5天。既往研究发现单剂量阿奇霉素治疗生殖道沙眼衣原体感染的疗效较好，它的疗效和不良反应与多西环素相似，其优点是只需单次应用，尤其适用于对治疗依从性差的患者，如青少年或症状不明显者。但近来临床研究发现单剂阿奇霉素治疗失败者增多，因此建议根据最新相关临床研究结果增加阿奇霉素剂量和疗程。用阿奇霉素治疗者须在服药后7天内禁止性行为，在此期间理论上仍有传播的可能性。
红霉素由于其胃肠道副作用常常影响患者对治疗的依从性，因此其疗效比阿奇霉素或多西环素差。其他大环内酯类药物如罗红霉素、克拉霉素及交沙霉素等也可用于临床治疗，初步临床研究表明这些药物对沙眼衣原体感染具有较好的疗效。
近年来的研究发现新型氟喹诺酮类药物氧氟沙星、左氧氟沙星、司帕沙星、莫西沙星等的疗效与阿奇霉素或多西环素相当。左氧氟沙星为氧氟沙星的左旋体，作用增强1倍，而不良反应更少。司帕沙星和莫西沙星的半衰期长，可每日1次给药，故患者依从性相对较好。其他氟喹诺酮类药物对沙眼衣原体疗效不肯定，或有待进一步评价。
2.婴儿和儿童沙眼衣原体感染(https://www.daowen.com)
（1）新生儿沙眼衣原体眼炎和肺炎
推荐方案
红霉素干糖浆粉剂，每日50 mg/kg，分4次口服，共14日。如有效，再延长1～2周。
（2）儿童衣原体感染
推荐方案
体重＜45 kg者：红霉素碱或红霉素干糖浆粉剂每日50 mg/kg，分4次口服，共14日。
8岁或体重≥45 kg者：同成人的阿奇霉素治疗方案。
红霉素治疗婴儿或儿童的沙眼衣原体感染的有效率约为80%，可能需要第二个疗程。
三、随访
以阿奇霉素或多西环素治疗的患者，在完成治疗后一般无须进行微生物学随访。有下列情况时考虑做微生物学随访：①症状持续存在。②怀疑再感染。③怀疑未依从治疗。④无症状感染。⑤红霉素治疗后。
判愈试验时间安排：抗原检测试验为疗程结束后的2周；核酸扩增试验为疗程结束后的4周。
对于女性患者，建议在治疗后3～4个月再次进行沙眼衣原体检测，以发现可能的再感染，防止盆腔炎或其他并发症发生。
四、性伴的处理
在患者出现症状或确诊前的2个月内的所有性伴均应接受检查和治疗。患者及其性伴在完成疗程前（阿奇霉素方案治疗后的7日内，或其他抗生素7～14日治疗方案完成前）应避免性行为。
五、特殊情况的处理
1.妊娠期感染
推荐方案
阿奇霉素第1日1 g，以后2日每日0.5 g；或
阿莫西林0.5 g，每日3次，共7日。
替代方案
红霉素碱0.5 g，每日4次，共10～14日。
妊娠期忌用四环素类及氟喹诺酮类。无味红霉素因有肝毒性，在妊娠期禁用。红霉素每日2 g的疗法治愈率84%～94%，但半数以上的患者出现严重胃肠道不良反应，而不能完成治疗。红霉素碱每日1 g的疗法较能耐受，但疗效差。阿奇霉素可作为妊娠期沙眼衣原体感染的治疗药物，初步的临床资料显示其是安全、有效的。由于妊娠期所用药物的疗效相对差，故应做判愈试验。在行判愈试验后的3个月和妊娠后3个月还应重复做生殖道沙眼衣原体的检测，以减少或避免胎儿或新生儿感染。
2.合并HIV感染的处理 合并HIV感染的沙眼衣原体感染者的治疗与HIV阴性者相同。