第二次参赞大臣时期（乾隆三十九年十月至四十一年四月）

海兰察重新升任参赞，直至战争结束。但此任参赞和任温福参赞时仍有不同。首先，任温福参赞时，海兰察经历了先无权后全权的变化，而此次任阿桂参赞，职权基本没有变化。其次，当时温福仅海兰察一个参赞（哈国兴早卒），而阿桂还另有色布腾巴尔珠尔和额森特两个参赞。第三，海兰察和阿桂关系融洽，将军参赞和衷共济，也是温福时期所没有的。

四十年正月，乾隆谕令“今事届垂成，万无中止之理。国家帑藏充盈，军需之用，宽然有余。计两次拨银九百万两，现已陆续到川，约可用至四五月内。设再需用五六百万。方能蒇事，亦所不惜。想阿桂等必能深体朕心，断不稍存畏难作辍之见。但应将此意。令满汉官兵及土司土练等一体闻之，俾坚其心，于事更为有益”^[64]。在这种思想指导下，前线几次拒绝金川投降的请求。到四十年的时候，金川已经濒于崩溃，但是求和不成，只好作困兽之斗，所以清军推进的速度并未显著加快。海兰察参加了绝大部分的战斗，是诸位参赞中最出色的一个。