吴又可之病因说与中医主流病因说并不合拍，未能融入中医病因学体系

中医之病因体系，由《内经》启其端，奠其基，经汉代张机，晋代葛洪，隋代杨上善继承发展，至宋代陈无择提出三因说，而臻于成熟。现代历版中医本科中医基础教材中病因一节，仍是以陈氏三因说为基本框架而加以增补。其探求病因的基本方法是运用中医理论审证求因，即通过证候推求病因。实际作用并不是揭示致病的物质实体及其本身特征，而是探求人体对病因的反应。而吴却“独出心裁，并未引古经一语”，跳过中医病因理论直接观察病因，进行比较，推理，自然得出不同于主流理论的结论。吴又可之说虽然令人耳目一新，在某种程度上揭示了微生物致病的规律，但终未能动摇中医病因体系的构架而导致突破。其后中医仍是运用固有之病因体系进行审症求因，如温病大家叶天士、吴鞠通仍是通过审症求因，以六淫为病因而创立温病学说。吴又可之说因此而未能真正融入中医病因学体系，而成为食之无味、弃之可惜的鸡肋，长期作为别具一格之说而游离主流病因说之外。历版中医基础教材多将其列于外感病因之末，近于附录，属于捎带一说之地位。即使与之关系密切之温病教材亦大致是如此处理。从此可见其地位之尴尬。(https://www.daowen.com)