论治疗强调以通行为主，注重逐邪治本，主张专病专药
吴氏的治疗思想，在继承前人经验的基础上，尤有独创发挥，给后世以很大启发。兹归纳为六个方面。
1．宣通导引，为治温疫大纲 吴氏指出：“大凡客邪，贵乎早逐。”强调“疫邪首尾以通行为治”，即以疏利透达，宣通导引，逐邪外出为治疗大法。他说：“诸窍乃人身之户牖也。邪自窍而入，未有不由窍而出……汗、吐、下三法，总是导引其邪从门户而出，可为治之大纲。”这种因势利导，给邪出路的治疗大法，确具临床指导意义。虽然汗、吐、下都是宣通导引，逐邪外出之法，但吴氏在具体运用时，唯下法使用较多，吐法次之，汗法则不用。因温疫初起，病不在表，故不宜汗，及至传里入胃，只宜攻下逐邪，更无用汗之理，即使邪传于表，有三阳形证，加用葛根、羌活、柴胡，也不是求其发汗。这在达原饮方的按语中已清楚地说道：“或者见加发散之药，便欲求汗，误用衣被壅遏，或将汤火熨蒸，甚非法也。”其目的只是选加引经之药，所谓“当随经引用，以助其升泄”，导邪外出而已。不用汗法的主要原因，还在于温疫与伤寒的病因不同。这对清代温病学家强调“温邪忌汗”也不无影响。
2．因人制宜，注意虚实 由于内因是疫病发生和发展变化的决定因素，所以治疗必因人而异。一般说“老年荣卫枯涩，几微之元气易耗而难复”，一病则如“残腊枯枝，虽灌弗泽”，故“老年慎泻”，投剂“最忌剥削”；“少年气血生机甚捷，其势浡然”，虽病亦如“三春旱草，得雨滋荣”，只要“邪气一去，正气随复”，故“少年慎补”。然“亦有年高禀厚，年少赋薄者，又当从权，勿以常论”。其知常达变，于此可见一斑。
吴氏治疫，强调逐邪为主，但也严格掌握虚实补泻的分寸。认为“凡遇先虚后实者，此万不得已而投补剂一二贴后，虚证少退，便宜治疫，若补剂连进，必助疫邪，祸害随至。假令先实而后虚者……原邪尚在，宜急下之，邪退六七，急宜补之，虚回五六，慎勿再补，多服则前邪复起”。这种因人制宜，老少异治，分清虚实标本、缓急先后的论治原则，仍然值得借鉴。
3．杂气不一，应有专病专药 吴氏从“万物各有宜忌”“万物各有所制”“如猫制鼠，如鼠制象”等“以物制物”和“蟹得雾则死，枣得雾则枯”等“以气制物”的自然现象推论，杂气既然是物（致病物质），就必有物、有气可制。从而大胆提出一病一药（即专病专药）的设想，并为之探讨追求。他在《论气所伤不同》篇说：“知气可以制物，则知物之可以制气矣。夫物之可以制气者药物也。如蜒蚰解蜈蚣之毒，猫肉治鼠瘘之溃，此受物之气以为病，还以物之气制之。至于受无形杂气为病，莫知何物之能制矣……能知以物制气，一病只有一药之到病已，不烦君臣佐使品味加减之劳矣。”这种科学的创新主张，在当时确是难能可贵。今天，我们在辨证论治前提下，结合辨病、探索专病专方专药，也是一个值得特别重视的课题。已故岳美中老先生在其《辨证论治实质的探讨》一文中指出：“较妥当之论治当是专方专药与辨证论治相结合……专病专证专方专药与辨证论治相结合，才是较有成效与可靠的措施。”
4．温疫初期，法宜疏利透达 吴氏指出“时疫初起以疏利为主”。因温疫邪伏膜原，病位比较隐秘，一般药物难以达其病所，正所谓“温疫之邪，伏于膜原，如鸟栖巢，如兽藏穴，营卫所不关，药石所不及”。他在丰富的治疫实践中，总结出疏利透达膜原法，创造达原饮方，主用槟榔、草果、厚朴，“三味协力，直达其巢穴，使邪气溃败，速离膜原”。此方对湿热疫（或一般的湿热温病），邪郁膜原确具实效，至今沿用不衰。如雷少逸治“秽湿乘入膜原”的“湿疟”之宣透膜原法；俞根初用以和解少阳三焦之柴胡达原饮；薛生白治湿热阻遏膜原方等，莫不由此化裁而成。
5．温疫中期，法宜攻下逐邪 所谓温疫中期，当指膜原邪溃，出现以表里为主线的九种传变诸证而言。这里仅以疫邪传里入胃为主，以突出吴氏重视攻下，强调祛邪治本，善用大黄的治疗特点。(https://www.daowen.com)
（1）攻下逐邪，勿拘结粪：主张急证急攻，推崇大黄逐邪。吴氏认为“温疫可下者，约三十余证，不必悉具，但见舌黄，心腹痞满，便于达原饮加大黄下之……大凡客邪，贵乎早逐……勿拘于下不厌迟之说”，指出“承气本为逐邪而设，非专为结粪而设也”，并以津枯血燥、老年血液衰少、病后血气未复，每生燥结而人无所苦，来说明“燥结不致损人，邪毒之为殒命”。正确地认识到邪热与燥结的因果关系，准确地把握住“必伏其所主，而先其所因”的治本原则。他说：“要知因邪热致燥结，非燥结而致邪热也……总之，邪为本，热为标，结粪又其标也。能早去其邪，安患燥结也。”从而扩大了下法的运用范围。
基于攻下在逐邪而不在下燥结的认识，吴氏对温疫出现黄疸的治疗，亦首重大黄。他从黄疸的病因病理入手，层层推究，溯本穷源。认为：发黄因小便不利，而小便不利“病原不在膀胱，乃系胃家移热”。即发黄与小便不利，皆病之标，胃家实热才是病之本。因此，吴氏茵陈汤中，退黄专药茵陈和清屈曲之火的栀子，皆是治标之举，通导胃家实热之大黄，方是治本之图。正如吴氏于本方按语中所说：“是以大黄为专攻，山栀次之，茵陈又其次也。设去大黄而服山栀、茵陈，是忘本治标，鲜有效矣。”所以，吴氏茵陈汤虽与仲景茵陈蒿汤主要药味相同（吴氏方仅多生姜一味），但在药量的比例上却有很大差别：吴氏方茵陈与大黄之比为1∶5，而仲景方为3∶1。这种用药经验和理论，今天仍可在临床得到验证，不少医家极为推崇。特别近些年来，下法在急证中的广泛运用，已引起中西医的普遍重视。
此外，吴氏有鉴于温疫起病急骤，变化迅速，所谓“一日之间，而有三变”，病势急重凶险等特点，每每采取“数日之法，一日行之”的急证急攻措施，突破“一日一剂”的陈规，这不仅体现了吴氏敢于创新的精神，而且也更符合临床治疗急证的实际需要，对后人尤有启发。
（2）祛邪治本，勿专清热：反对妄投寒凉，尤忌滥用黄连。吴氏认为，温疫虽然始终都有发热见症，但发热是由疫邪引起，乃病变之标，只要疫邪一去，热即自已。若一见发热，就本“热者寒之”之旨，概用寒凉清热，必将徒劳。他形象地指出：“今时疫首尾一于为热。独不言清热者，是知因邪而发热，但能治其邪，不治其热而热自已。夫邪之与热，犹形影相依，形亡而影未有独存者。”若“纯乎寒凉，专务清热……是忘其本徒治其标，何异小儿捕影？”
因此，特设《妄投寒凉药论》篇，以黄连、大黄为例，认为：黄连苦而性滞，寒而气燥，守而不走，大黄苦而性通，寒而气润，走而不守。二者有一燥一润，一塞一通之别，进一步阐明了不可滥用寒凉药的道理。尽管吴氏将一切火热见症，皆归咎于疫邪入胃郁积而成；独重大黄攻导逐邪，忽视连、柏、栀、芩等苦寒药清热泻火的作用；说黄连不能清“客热”（即疫邪所致之热），只能清“本热”（所谓误用温补，正气转郁而成之热）等论点，有着明显的片面性，但他反对妄用寒凉，对温病临床用药，却有重要的指导意义。对临床但见发热，便杂寒凉清热药于一方，但听“炎症”，便凑清热解毒消炎之品于一炉者，诚可谓当头之棒喝！
6．温病后期，治宜养阴复液 吴氏说“疫乃热病也”，“阴血每为热搏”而耗损，或曾因“不得已而数下之”津液重伤，所以病至后期，每每“余焰尚在，阴血未复”，故治宜养阴复液为主，因有“解后宜养阴，忌投参术”之论。这对以后温病治疗学注重养阴法予极大启发。如吴又可治热盛津伤，出现烦渴饮冷，用梨汁、藕汁、蔗浆、西瓜；治热渴未除，里证仍在，用承气养营汤滋阴攻下；治应下失下，元神欲脱证，用陶氏黄龙汤补泻兼施等。吴鞠通即受其启发，在《温病条辨》中分别制定了甘寒救液的雪梨浆、五汁饮；增水行舟和滋阴攻下的增液汤和增液承气汤；攻补兼施的新加黄龙汤等方。叶天士在《温热论》中所说的“不可妄投补剂，恐炉烟虽熄，灰中有火”，亦未尝不是在吴氏“解后宜养阴，忌投参术”论点基础上的进一步发挥。
总之，吴又可在治疗上主张以逐邪为第一要义，首尾以通行为主；重视下法通导逐邪，不拘于结粪；强调客邪贵在早逐，不拘于下不厌迟；既注意逐邪务尽，“凡下不以数计，有是证则投是药”，又做到量正气虚实、邪势轻重、病情缓急而制方遣药，使药无太过不及之弊，更深知后期当以养阴为急务，不可妄投壅补。这些治疗观点，确有其独到之处。