一、中医内治法
1.中医辨证内治法 在整体观念和辨证施治精神指导下，中医提出了一套内外兼治，整体与局部并重的治疗方法。《外科正宗》指出：“痈疽虽属外科，用药即同内伤”“所以内不起者，内加托药，表热甚者，内必清热，气虚者宜四君子，脉虚足冷温中，脉实身热冷膈，以此类推之，内外自无两异”。并进一步具体指出：“初起寒热交作，大便坠痛，宜用轻剂解散。已成内热口干，大便秘结，脉沉实而有力者，当下之，肛门肿痛，常欲便而下坠作痛者，导湿热兼泻邪火，肛门焮肿疼痛、小便涩滞、小腹急胀者，清肝、利小水。出脓腥臭、疼痛不减，身热者，养血、健脾胃，更兼渗湿，脾胃虚弱，不能收敛者，滋肾气、急补脾胃。”
临床上起病初期多选用轻解之剂，以求脓肿消散，宜用黄连除湿汤、神授卫生汤。如用上述方药不能消散脓肿，病情加重者，宜清化湿热，托里透脓，可用内托黄连散、托里消毒散等。如有内热便秘者，当以下之，选用内疏黄连汤或黄连解毒汤。如毒邪日重，热腐成脓，破溃成瘘时，宜补养气血，兼清湿热，可用黄连闭管丸等。在临床上根据中医辨证施治的法则，一般将肛瘘分为三型。
（1）湿热壅滞型：具有急性炎症红、肿、热、痛的典型表现，局部焮红、灼热跳痛、外口隆起、脓多而稠，恶寒发热，口渴欲饮，便秘溲黄，舌质红、苔黄燥，脉滑数。
本证型多见于瘘管引流不畅，或外口封闭的患者，起病急剧。患者由于气血瘀滞，湿热下注，湿聚则生内热，湿热聚则肉腐成脓，热盛则口渴便秘，脓液增多，因引流不畅脓汁旁窜形成新的脓肿，破溃后形成新的肛瘘。
本证型治疗以清热利湿、解毒之剂，方用龙胆泻肝汤、萆薢渗湿汤、黄连解毒汤等。若湿热之邪久郁、腐溃成脓者，可用仙方活命饮加减。
（2）肺肾阴虚型：瘘管外口凹陷，周围晦黯，脓水清稀，潮热盗汗，形体消瘦，心烦不寐，食欲不振，舌质红，苔薄白或无苔，脉细数。
本型发病缓慢，疼痛不著，多见于结核性肛瘘或并发其他脏器结核病的患者，外口边缘不整齐，皮下多有潜行性空腔，触诊时皮下条索多不明显，因阴虚火旺，故多出现潮热盗汗、面部潮红等症状。
本证型治宜清热养阴之剂，选用青蒿鳖甲汤加减。也可用益肾养阴之剂，方用六味地黄丸等。
（3）气血双虚型：瘘管经久不愈，脓水时多时少，肉芽组织不鲜，面色无华，唇甲苍白，四肢乏力，少气短言，畏寒喜暖，纳呆少食，舌质淡，多见齿痕，苔薄白或无苔，脉细弱。(https://www.daowen.com)
本证多见于身体素虚，瘘管复杂，病期较长，久治不愈者，因久病耗伤气血，故出现各种虚弱之象。
本证型在治疗方面，宜补益气血为主，方用十全大补汤加减或八珍汤化裁。
2.辨脓内治法 由于正邪消长，阴阳转化，虚实顺逆，在肛周脓肿形成肛瘘的过程中有着一定发生、发展和转归的规律，时刻进行着不停的变化。因此，在临床上疾病可分别处于发病初期（脓未酿成）、酿脓期、溃脓期和成瘘期四个阶段，治疗时应有不同的方法。
（1）初发期：是指脓液还未形成的早期片段。在这一阶段组织变性、气血凝聚、经络阻滞，其结果是不通则痛，壅遏则热，“热盛则肿”。此时治宜内消，应散于无形，结者散之，坚者削之，实者泻之，一般效果满意。
在初发阶段，患者一般表现为发热发冷，大便秘结，小便赤黄，脉滑，弦数有力，舌质红，苔黄腻。局部病变在下者（肛管周围），肛门部位发生肿块，突起而硬，形如桃李，焮红肿痛，痛如刺割。如病所在肛门内，则重坠紧闭，下气不通。病所位高（高位脓肿），毒盛邪深者只觉坠重，骶尾部胀痛而无形于肛外，直肠指诊时触痛明显，温高灼指但无波动感，此时患者常有高热，大汗淋漓，甚至高热谵语神昏。这一病期，宜用仙方活命饮以清热解毒，燥湿泻火，活血消肿。但在这一病期，患者并不一定都是高热肿痛，实热之证，也间有以形衰体瘦，潮热盗汗，面色萎黄，咳嗽生痰，脉细而数，舌淡苔白之阴虚为主证者，也有形寒肢冷，神疲倦怠，小便清白，口淡无味，不思饮食，脉虚弱，舌质淡，苔白润等阳虚症候者。治疗时以阴虚为主证者宜滋阴除湿汤主之，以达滋阴祛湿之效。以阳虚为主证者，宜用阳和汤，以通气养血，补阳散寒。
（2）酿脓期：此期脓液逐渐形成，以渗出为主。其病理改变为热盛肉腐，腐则成脓。在这一阶段，患者除有初发期的全身症状并有加重趋势外，局部症状更加明显，表现为红肿显著，局部体温升高，疼痛加剧，似锥刺样跳痛，按之软硬相间或有跳痛感，病势急迫。
此期在治疗方面宜促脓速溃，排脓外出，与托里透脓，托毒外出相近。因此，本期在治疗方面不能用消法。如此时用消法，会使毒邪散漫，毒散伤正，预后不佳。在此期内如见肿疡高起，红肿分明，脓根收缩，脉症俱实者宜用透脓散；如坚肿不软，成脓难透，红肿不著，疮根散漫不收时，宜用托里透脓汤；如患者表现为身重蜷卧，肢冷倦怠，脉细，舌淡苔白等阴寒大盛之象，可选用四逆内托散，以补阳散寒，托毒外出。
（3）溃脓期：局部肉腐成脓后，可自行破溃，但由于疼痛等症状明显，现多切开排脓治疗。此期病理表现为脓毒泻泄，成疡为瘘。在此病期内患者全身症状多有好转，脉静身凉，局部红肿渐退，疼痛亦缓，此时如脓液黄而稠厚，是正气未虚之象，宜服托里透脓汤，予以补托透脓，清其毒邪，扶其正气，使之尽快脓尽腐去，生肌长肉。当脓尽肉鲜之后，宜服八珍汤、人参养荣汤以补益气血，促其修复。如溃脓后大热不去，疼痛不消，红肿不退，此为余毒不清。患者若脉实有力，宜服透脓散加用金银花、黄柏以清热泻火，托毒透脓；若溃后脓液稀薄，为正气已虚之象，宜用补中益气汤加用皂角刺、山甲珠等，于补益正气的同时佐以透脓外出；若脓液稀如米泔，患者潮热自汗，表现为阴虚发热者，宜用知柏地黄汤，以滋肾养阴、清热。
（4）成瘘期：脓肿破溃后，虽经诸法治疗仍脓水淋漓，日久不愈，或时消时起，溃孔乃成瘘管。主要病机为余毒未清，湿热下注，使气血凝聚，肌肤失养，则肉色不鲜，脓水不尽，日久其气走泄，致气血亏损。当瘘孔郁闭，化热，引起脓毒流窜，如此反复形成复杂性肛瘘，成瘘之后，可内服黄连闭管散。如服药无效，宜及时手术治疗。