“九五”水利投资存在问题
1.水利投资严重不足
1980年以来，国家用于水利基本建设的投资占全国基建总投入的比例呈逐年下降趋势，从“一五”到“五五”期间，水利基建投资占全国基建投资的比例为6.7%～8%，“六五”期间降至2.7%，“七五”期间降到2.3%，“八五”期间为2.8%，基本呈现一个逐年下降的趋势。特别是实行社会主义市场经济体制以及“财政分灶吃饭”的政策以来，这一趋势尤为明显。“九五”期间1996～2001年，水利基建投资仅仅占同期全国基建投资的3.8%，这与我国“九五”期间国家财政向基础设施建设投资倾斜是不相符合的。
水利投资不足，造成我国水利建设明显滞后于国民经济的发展，同时导致我国江河防洪标准普遍偏低，难以抵御大的洪涝灾害，水利工程老化失修，目前全国病险水库约有3万座，占水库总数的36%。大中型病险水库1800多座，占总数的47%。这就给我国经济的持续发展带来隐患，事实证明这样的隐患一旦成为事实所造成的损失是无比巨大的。
2.融资能力弱，资产运营能力低
现在每年全国的基本建设规模达2万多亿元，绝大部分通过市场融资形式实现，水利部门在此其中所占份额微乎其微。1997年开始实行的中央水利基金约30亿元，地方约40亿元，不但是总量比较低，而且到位率低，远不能填补水利建设的资金缺口。近几年全国发行企业债券2082亿元，水利行业也仅有几千万元，还不到1/2000。1995年新疆汇通股份有限公司通过股票市场融资7500万元，仅占当年全国的0.1%；1997年三峡水利从证券市场融资3.2亿元，也仅占0.1%左右。水利行业在融通资金能力严重不足的情况下，水利行业的资产运营能力也同样十分低下，不及全国平均水平的50%，水利总资产周转率仅仅为0.29次/年，是全国平均水平的46.8%。经营性资产周转率为0.43次/年，仅达全国平均水平的47%。
3.尚未形成滚动发展、良性循环的发展机制(https://www.daowen.com)
水利产业的基本单元是水利工程管理单位。目前这一类企业有70%以上是事业单位。国家实行的是供给型管理、福利型供水的水资源开发利用模式，即国家根据经济发展需要，政策投资建设水利工程和供水设施，以低价甚至是无偿向用户供水。
然而，由于目前水价偏低，只有实际供水成本的50%左右，远未达到供水成本加上合理利润的程度。这种以事业形式管理工程的做法，造成“水利吃国家的大锅饭，社会喝水利的大锅水”，致使水利系统投入不足，难以维持简单再生产，全国有1/3的水利工程管理单位难以保证人员工资，水管单位年亏损额超过40亿元。由于长期以来政府定价造成的水价偏低，价格信号严重扭曲，总需求大于总供给的局面难以扭转，也阻碍了水资源开发市场化的步伐，难以形成水利事业自我积累、滚动发展的运行机制。
4.投资机制不健全
水资源是一项投入大、涉及面广的基础设施工程，由于区域和流域的条块分割，各地区、各职能部门都从各自管理角度争上项目、各自筹资、各自为政，有限的投入被分散使用，形不成全局性的建设合力，降低了投资的社会、经济和环境效益。投资不能按照轻重缓急、突出重点的原则，统筹考虑，合理安排，以优先解决水资源管理中的“瓶颈”问题。
1980年以前，水利投资方式主要是国家投资、群众投劳这种国家包干的方式。一般国家投资在65%以上，地方投资占35%（包括投劳）。这种方式和我国当时高度统一的计划经济体制和财政体制是相适应的。1980年以后，随着经济体制的改革，国家财政制度进一步改革，财政上国家、地方分灶吃饭。与国家的经济体制改革相适应，水利投入逐步在向多渠道、多层次投资方式演变，这是经济发展和经济体制改革产生的必然结果，也是水利投资应走之路。然而，从水利投资现状来分析，资金来源的扩大，层次的增多，并没有使水利投资强度加大，相反，一旦国家水利投资有所减弱，势必影响到整个水利投资的大幅度下滑，也就是说，资金来源的多样化并没有给水利投资带来新的生机。水利投资的多渠道、多层次的方式是正确的，关键在于投资机制，投资机制的不合理，多样化的投资来源，就会造成水利投资的无序化，导致水利经济的持续发展出现问题。水利投资机制的完善，必须把投入与利益紧密地结合起来，以国家投资为主导，带动地方和群众投资的积极性。
因此，新的投资机制必须达到如下几个作用，才能使水利投资持续、稳定。一是国家投入资金的主导作用，这部分资金应有较高的稳定性、连续增长性，并且不宜分散，应集中解决大问题、大项目；二是地方资金的配合作用，这部分资金应在地方性工程中起主要作用，在大型工程配套中起到分担投资的能力；三是群众性投劳积累的作用，这部分投入是不能忽略的。虽然这种投入方式既缺乏经济实力，又缺少外部环境，但在农田水利、防洪、除涝项目上发挥着重要作用，是水利投资的有效补充形式；四是投资的内部回收机制，也就是自身的造血功能，投入的资金必须有效地回收，是水利经济以前忽略的现在要重视的问题。