薛氏“治病求本”之论
薛己十分重视这一治病指导思想，他曾说：“《经》云治病必求其本。”但他没有过多地纠缠在这个“本”的名义上，而是将“治病求本”的思想和理论突出反映在“本于四时五脏之根”的观点上，以及对这个“根”的把握上。他认为：“《经》云治病必求其本，本于四时五脏之根也。”其治病求本的思想主要反映在两个方面。
1.本于四时五脏之根 治病求本就是要探明疾病的本质所在，进而治愈疾病。要探明疾病的本质，首先要弄清人体的基本规律。中医学认为，五脏是人体的根本，人体是以五脏为中心的五大功能系统相互配合、相互联系构成的统一有机整体。同时，人生活在自然界中，必然与外界环境密切相连。“人与天地相应”是中医学始终坚持的基本思想。人体五脏正常生理活动一方面靠系统本身来维持，同时又受到自然环境的影响。外界环境通过诸多方面因素作用于人体，其中四时气候对人体生理病理影响最大。《素问·四气调神大论》曰：“夫阴阳四时者，万物之根本也。故圣人……与万物沉浮于生长之门。”《宝命全形论》亦云：“人以天地之气生，四时之法成。”“人能应四时者，天地为之父母。”为了探讨自然与人体的相互关系，《内经》以五脏作为人体适应四时变化规律的主体，即四时五脏，称作“脏气法时”，这种思想一直影响着中医学。所以，薛氏认为“《经》云治病必求其本，本于四时五脏之根也”，这是薛氏认识人体疾病本质的出发点。显然，薛氏受《内经》思想的影响极深。
薛氏强调运用五脏相关理论进行辨证分析的方法，以求疾病之根本。在《明医杂著》注中，他认为：“凡医生治病，治标不治本，是不明正理也。”强调辨证求本、审因论治的重要性。他还说：“洁古张先生云：‘五脏子母虚实，鬼邪微正，君不达其旨意，不易得而入焉。’徐用诚先生云：‘凡心脏得病必先调其肝肾二脏，肾者心之鬼，肝气通则心气和，肝气滞则心气乏，此心病必求于肝，清其源也。’五脏受病必传其所胜，水能胜火，则肾之受邪必传于心，故先治其肾，逐其邪也；故有退肾邪、益肝气两方。或诊其脉，肝肾两脏俱和，而心自主疾，然后察其心家虚实治之。”此处在于说明五脏互相影响，任何一脏的病变，除与本身有关，还存在着他脏对本脏的影响，再加上邪正交争，更应详加辨析，方不致误治。并以治疗心病为例，指出肝的疏泄功能对心气通达旺盛的重要性；同时，肾受邪气亦容易影响及心，故而应“先治其肾逐其邪”，说明治病从五脏相关着眼的重要性，也说明辨证要求疾病产生的本源。
人体是一个有机的整体，其生理、病理变化与自然界气候变化息息相关，实则薛氏以此来说明其对人体五脏系统整体观的认识，重在强调对人体发病本源的把握，通过整体综合调节人体功能来治疗疾病。只有弄清疾病的本源，才能有针对性的治疗方法，取得最佳的治疗效果。正如《四库全书总目提要》所说：“己治病，务求本原。”
如薛氏治疗唐仪部之案：“胸内作痛月余，腹亦痛，左关弦长，右关弦紧，面色黄中见青。此脾胃虚弱，肝邪所乘，以补中益气汤加半夏、木香，二剂而愈。”黄为土色，腹痛多属脾，然其面带青色，青为肝色，弦为肝脉，故辨证属肝郁脾虚之证，用补中益气汤加半夏、木香而治愈，充分体现其从脏腑相关出发以求本的思想。
又如薛氏治疗给事张禹功之案：“目赤不明，服祛风散热药，反畏明重听，脉大而虚。此因劳心过度，饮食失节，以补中益气加茯神、枣仁、山药、山茱、五味顿愈。又劳役复甚，用十全大补兼前药渐愈，再用补中益气加前药而痊。”薛氏引用李东垣之语“诸经脉络，皆走于面而行空窍，其清气散于目而为精，走于耳而为听”，作进一步分析：患者心烦事冗，饮食失节，导致脾胃亏损，心火太盛，百脉沸腾，邪害孔窍而失明；而且脾为诸阴之首，目为血脉之宗，脾虚则五脏精气皆不能上承。因此，必须予以补中益气法。若不察病本，而仅用祛风散热治标之法则无济于事。所以薛氏感叹：“若不理脾胃，不养神血，乃治标而不治本也。”可见，薛氏不愧为善于求本治本者。
2.人以胃气为本 薛氏对“治病求本”的理解，是从重视人体正气角度出发的。外感邪气、饥饱不调、劳倦过度等损伤脾胃，是导致元气不足而引起疾病的发病环节，疾病产生的关键是脾胃虚损，故而特别阐发脾胃的重要性，强调“胃气为治病之本”。(https://www.daowen.com)
《内经》提出“有胃则生，无胃则死”。《脾胃论》强调脾胃内伤，百病由生。薛氏在前人思想基础上，加以继承发挥，他说：“《内经》千言万语，旨在说明人有胃气则生，以及四时皆以胃气为本。”他又进一步指出：“人以脾胃为本，纳五谷精液，其精者入营，浊者入胃，阴阳得此是谓橐籥，故阳则发于四肢，阴则行于五脏；土旺四时，善载乎万物，人得土以养百骸，身失土以枯四肢。”盖脾胃为人体后天之本，水谷之消磨运化全赖于此，精微气血之化生全在于此，五脏六腑之营养全依赖脾胃之气的强盛，所谓“中土以灌四傍”。以人身之正气而言，虽根于先天之肾命，然不断充养全在脾胃，而正气之盛与否对人体抗御外邪、祛除疾病、维护健康是至关重要的。以此言之，治病之根本即在于恢复正气，补养脾胃。所以薛己提出“胃为五脏本源，人身之根蒂”。
薛氏还在其多种著作中反复强调李东垣的观点“胃为五脏之根本”“胃乃生发之源，为人身之本”，并认为：“脾胃为之表里，藉饮食以滋养百脉者也。”脾胃是后天之本，人体生理功能的正常运行、机体的健康，均赖脾胃为之主持，否则疾病由生。所以，薛氏说：“人之一身，以脾胃为主。脾胃气实，则肺得其所养，肺气既盛，水自生焉；水升则火降，水火既济，而成天地交泰之令矣。脾胃一虚，四脏俱无生气。”并再次强调：“东垣先生著《脾胃》《内外伤》等论，谆谆然皆以固脾胃为本。”
由于“胃为五脏之根本，胃气一虚，诸症悉至”“胃气一虚，五脏失所，百病生焉”，即胃气不足是发病的关键。因此，治疗之法当以胃气为本，调理脾胃就是治本之法。
如薛氏治疗光禄高署丞之案：“脾胃素虚，因饮食劳倦，腹痛胸痞，误用大黄等药下之，谵语烦躁，头痛喘汗吐泻频频，时或昏聩，脉大而无伦次，用六君子加炮姜四剂而安。但倦怠少食，口干发热，六脉浮数。欲用泻火之药。余曰：不时发热，是无火也；脉浮大，是血虚也；脉虚浮，是气虚也。此因胃虚五脏亏损，虚症发见。服补胃之剂，诸症悉退。”
薛氏善于搜寻病因，抓住疾病本质，不为假象所迷惑，处方用药如矢中的，故有桴鼓之效。若只凭痞满或谵语烦躁、口干发热之象，而用大黄之类或泻火之药，则是“虚虚实实”。薛氏慨然曰：“治标不治本，是不明正理也！”
脾胃为人体后天之本，水谷之消磨运化全赖于此，精微气血之化生全在于此，五脏六腑之营养全依赖脾胃之气的强盛，所谓“中土以灌四傍”，以人身之正气而言，虽根于先天之肾命，然不断充养全在脾胃。只有正气充盛，才能祛邪于外，维持人身之健康。以此言之，治病之根本即在于恢复正气，调节人体自身的固有功能，补养脾胃就成为治病之根本，所谓“助胃壮气为主，使根本坚固”。这一思想贯穿于薛氏各科疾病的治疗中，正如沈启原序其《疠疡机要》所说：“内外殊科，其揆一也。故其视病不问大小，必以治本为第一义。”也正因如此，方有“无急效，无近期，纾徐从容，不劳而病自愈”的卓效。毕竟脾胃为其他四脏的生化之源，“脾胃一虚，四脏俱无生气”，所以薛氏论治诸病，时时强调“治者毋伤脾胃，毋损气血，但当固根本为主”。