一、继承与发展
1.继承并发展脏腑辨证体系 在薛己之前，易水学派有张元素、李东垣、王好古、罗天益、张璧等寥寥无几，张璧之后的一段时间更是再无传人，易水学派曾一度面临失传的危机。直至明代，薛己私淑张元素、李东垣学术思想，才使得易水学派继续传承发扬。在张元素的诸多学术理论之中，薛己最为推崇张元素开创的杂病辨证体系，并在《内科摘要》中，多以脏腑病机结合症状的格式书写标题，目录标题如“脾胃亏损心腹作痛等症”“肾虚火不归经发热等症”“脾肾亏损头眩痰气等症”等，均可看出薛己对脏腑辨证学说的继承。除此之外，在张元素“古方今病不相能”的理论观点基础上，薛己进一步指出：“大凡杂病属内因，乃形气病气俱不足，当补不当泻。”（《内科摘要》）并认为脏腑辨证学说即是治病求本，而杂病病因多源于自身正气不足，并非受外邪侵扰。所以从人体脏腑经络盛衰入手，临床治疗强调以温补为主，尤其注重元气的保护。特别是关于外科疮疡的治疗医案，充分反映出其在杂病治疗上“当补不当泻”的理论思想。以疠疡为例，在疠疡病的论治上强调“以调补为守备之完策，以解利为攻击之权宜”（《疠疡机要》）。薛己认为疠疡病病因复杂，病势缠绵，兼症与类症极多，然究其病机多由于人体自身虚损不足。所以薛己强调疠疡的临证治疗先要分清脏腑阴阳虚实，如果不清楚病机就任意使用辛燥大热之品，反而会使病情更加严重。由此一改古人治疗疠疡使用辛燥之品的局限，开拓了论治疡病从内而治、从补而医的治疗先河，为后世中医外科的发展做出了很大的贡献。
2.将“补土”学说发展为脾肾并重 作为金元四大家之一，李东垣在张元素脏腑病机学说的影响下，著有《脾胃论》一书，突出了脾胃在内伤杂病辨治中的重要性，遂以“补土”闻名于世。而薛己所处年代正值元末明初，世医多推崇朱丹溪之法滥用知、柏二药，然而知、柏二药苦寒滥用则损伤胃气。在这样的环境下，薛己进行了观察与反思，私淑李东垣脾胃学说，基于其“补土”思想，并结合自身的临床经验，得出其独特的辨治理论。薛己认为，内伤杂病多源于饮食劳倦或七情六淫，而胃气强弱与内伤杂病的发生发展与转归有着密切联系。所以在论治时薛己多以补为主，尤其将养护“胃气”作为第一要务。在治则上，对于脾胃虚寒证多以温补中焦为主，对于脾气郁结证多以补气调中为主，对于脾气亏虚证多给予补中益气汤。除继承李东垣的学术思想之外，薛己亦对其所创的补中益气汤大为推崇。据笔者统计，补中益气汤在《内科摘要》中出现频次高达113次，见于各类疾病病案，为薛己使用范围最广、频率最高的方剂。
薛己在继承重视脾胃的思想基础上，亦进一步发挥、提倡对肾的一并重视。薛己认为脾肾在生理上密切相关，在病理上亦相互影响。所以薛己临床论治多脾肾兼顾，将六味地黄丸与补中益气汤合用，补脾与益肾同时进行。如刘允功不节酒色，又因劳怒晕厥出现痰涎上涌、手足麻痹的症状，薛己判断病机为肾经亏虚，施以六味地黄丸与补中益气汤合用而愈。
薛己《内科摘要》中的202个医案中，记载脾胃虚弱的有92案，肾阴肾阳亏损的有50案，处方多为四物汤、六君子汤、归脾汤、逍遥散、六味地黄丸、补中益气汤等。后世李中梓提及的先后天论，基本上是以此理论发展而来，可见薛己的脾肾并重理论对后世的影响极为深远。(https://www.daowen.com)
3.发展肾命学说 薛己对命门的认识主要来源于《内经》和《难经》，并在朱丹溪“阳常有余阴常不足”理论的基础上，宗张元素、李东垣的学说进一步提出“阳非有余”的学术观点。虽然“阳非有余”的观点意在强调肾阳的亏损，但薛己并没有忽视肾阴虚损的证治。正如薛己在《内科摘要》所言：“若前症果属肾经阴虚，亦因肾经阳虚不能生阴耳……虚则补其母，当用补中益气、六味地黄以补其母。”薛己认为肾阴不足可由肾阳不足引起，所以不应多用沉寒之药，而是应从温化，阐明了薛己命门火衰的证治思想。在肾命的论治上，薛己强调先察其脏腑阴阳虚实，然后根据“无火者，益火之源，以消阴翳；无水者，壮水之主，以制阳光”的治疗原则，肾阴虚者用六味丸滋阴补肾，肾阳虚者用八味丸温补肾阳，求其所属而平之。其医案对于六味丸、八味丸的大量使用，既表现了薛己温补命门的学术思想，亦对后世使用六味丸、八味丸治疗肾经亏虚起到了启发与推进的作用。
4.提出脾统血理论 脾与血的关系最早可追溯至《内经》。《素问·示从容论》言：“脾气不守，胃气不清，经气不为使，真脏坏决，经脉傍绝，五脏漏泄，不衄则呕。”阐述了由于脾气虚衰导致衄血、呕血等出血现象，间接表现了脾对血液的约束作用。虽然这与脾统摄血液的说法十分近似，可惜之后再无更进一步的发挥。李东垣多用人参、黄芪治疗衄血、吐血等病理性出血，虽然没有明确提出，但确实暗含了补中止血的治病思路，这对后世薛己提出脾统血的理论起到了启发作用。薛己在《内科摘要》中明确提出“脾统血”一词，并引李东垣《女科撮要》之言：“凡下血症，须用四君子以收功。”薛己将这一思路上升为理论，在临床论治血证时，多用补中益气汤、益气汤或归脾汤等补脾益气的方剂达到止血目的，充分体现了薛己温补脾气以止血的治病思路。在其之后，但凡后世医家提及“脾统血”抑或提出补中止血的思路，皆根源于此。