第二阶段：牙周手术治疗
牙周手术治疗的目的是在直视下彻底清创，使牙周袋变浅或恢复正常，纠正软硬组织缺损及不良外形，建立生理性的牙龈外形，利于自洁；促使牙周组织修复和再生；因恢复美观和功能需要对牙周软硬组织实施增量术或切除术，如根面覆盖、增宽附着龈、改变系带附着的位置、延长临床牙冠等。
经过基础治疗后口腔卫生良好，菌斑指数（plaque index，PLI）小于20％，但仍具有下列情况者，可考虑手术治疗，但确切的术式应根据患者的具体情况而定。
（1）基础治疗后牙周袋的探诊深度仍不小于5 mm，且探诊出血。
牙周袋的探诊深度是选择手术治疗的最直接的要素。2002年，Heita-Mayfield等人通过对近40年（1965—2001年）相关文献的Meta分析，在对单独根面平整与根面平整+牙周手术的临床对比研究中发现：牙周袋的探诊深度不小于6 mm时，手术组的牙周袋的探诊深度比根面平整组减少0.6 mm以上，附着水平获得增加0.2 mm以上；牙周袋的探诊深度为4～6 mm时，手术组的附着水平获得比根面平整组减少0.4 mm以上；牙周袋的探诊深度为1～3 mm时，手术组的附着水平丧失比根面平整组多0.5 mm。因此，他们认为，术前牙周袋的探诊深度为1～3 mm的位点时，采用手术治疗比非手术治疗的术后附着水平丧失更多，最好不选用手术治疗；术前牙周袋的探诊深度为4～6 mm的位点，手术治疗获得的附着水平比非手术的少，但牙周袋的探诊深度减少优于非手术的；而牙周袋的探诊深度不小于6 mm的位点时，手术治疗比非手术治疗附着水平获得更多，牙周袋的探诊深度减少更多。因此，应严格把握牙周手术患者的适应证。
（2）根面平整术难以到达的部位。对于深牙周袋及根分叉等器械难以到达的部位通常需要进行牙周手术以改善疗效。
（3）牙槽骨外形不规则。
牙槽骨病变形式是选择手术的另一要素。
对于水平型骨吸收，骨吸收的严重程度及重度吸收所波及的牙齿数量等因素决定治疗计划的制订。若将来需要修复治疗，在制订修复计划时应考虑并确定哪些牙可以利用。如果水平型吸收不严重或累及范围有限，可通过翻瓣术联合骨成形术形成利于维护的牙周组织外形；反之，应考虑姑息保留或拔除患牙。
对于垂直骨吸收，骨缺损的类型决定手术的方式。浅的一壁骨袋应采用切除性骨手术（骨切除术和骨成形术）。但一壁骨袋较深时，应考虑患牙对整个治疗计划的价值。如果该患牙保留价值不大，则予以拔除；如果该患牙对整个治疗计划必不可少，则可采用引导组织再生术（guided tissue regeneration，GTR）或GTR联合Ⅰ期或Ⅱ期切除性骨手术。(https://www.daowen.com)
对于二壁骨缺损（又称凹坑状骨缺损）及邻牙间的牙槽间隔吸收，其颊舌侧骨皮质仍保留完整的，如果凹坑浅，可切除；如果凹坑深，则可采用GTR术。如果二壁骨缺损仅累及单个牙，为该牙的颊侧或舌侧骨壁及邻牙骨壁存留，可采用GTR或骨切除术。
三壁骨袋因牙周膜细胞来源丰富且易于提供牙周膜细胞生长的空间，是GTR的最佳适应证。
（4）后牙的根分叉病变达Ⅱ度或Ⅲ度者，手术有利于彻底清除根面刺激物，根据需要行GTR、隧道成形术、截根术、分根术或牙半切术等。
（5）附着龈过窄、个别牙有牙龈退缩等问题，需要行膜龈手术。
（6）龋坏或牙根折断达龈下而影响牙体及冠的修复，或修复体破坏了生物学宽度，或前牙临床牙冠短，露龈笑出现时，需手术延长临床牙冠，以利于治疗、修复和改善美观。
以下情况不宜行牙周手术：急性炎症期；患者依从性差，自我菌斑控制不良；患有全身疾病且未得到控制，如糖尿病未控制；全身病情不能耐受外科手术者，如血液病、6个月内曾发生心血管意外等。注意，吸烟量多者术后愈合及疗效均差。
多年来的临床研究发现，菌斑控制能力对手术治疗的长期疗效影响更大，而外科手术中的彻底清创对整个长期疗效来说起次要作用。Nyman等人的研究表明，无论采用哪一种手术类型，牙周手术后菌斑控制不佳的患者附着水平会继续丧失，而菌斑控制良好者的附着水平可长期维持。因此，牙周手术的成功与否，与患者口腔卫生习惯和菌斑控制程度息息相关。