第一，文献法。这是本著作研究中所采用的最主要、最基本的研究方法。通过对涉及清华国学院、无锡国学专修馆、新亚书院等的档案材料、地方志、期刊、著作等各种原始文献的搜集、整理、鉴别、分析，尽可能全面地呈现中国现代高等教育史上大学当中中西高等教育融合的历史面相。(https://www.daowen.com)
第二，比较研究法。通过对清华国学院、无锡国学专修馆、新亚书院等同样具有中西教育融合倾向的教育机构教育经验的对比，考察其共性，并深入分析其共性背后的深层历史动因及历史后果。
