农业投入品管理制度
1.农药安全管理制度。
农药指用于预防、控制危害农业、林业的病、虫、草、鼠和其他有害生物以及有目的地调节植物、昆虫生长的化学合成物，或者来源于生物及其他物质的混合物及其制剂。农药的使用有利于生物安全，但对食用农产品安全构成威胁。
我国是农药生产、使用、出口第一大国，农药生产企业2200家，农药品种665个，农药登记产品3.56万个（2018年）。种植业年用药量30万吨左右，杀虫剂、杀菌剂、除草剂约各占三分之一，农药有效利用率平均36%（欧盟、日本为50%）。我国建立了农药登记、生产许可、经营许可和规范使用管理等制度。自2016年6月1日起，已禁止42种农药在国内生产、销售和使用，限制25种农药在食用农作物上使用。
我国农药管理和使用中面临的突出问题：一是农药产品同质化比较严重。平均一类产品登记50多个品种，重复复配。二是一些农药产品质量不合格，有的非法添加隐性成分。三是农药滥用。凭经验用药，大剂量用药、超范围用药、高频次用药比较普遍，安全隐患大。
针对上述问题，要认真落实农产品质量安全法。首先，加强源头管理。对农药登记环节的风险严格评估，对生产过程的质量严格控制管理，对高毒农药有计划淘汰，在源头和市场上开展“清零”行动。对农药经营环节严格规范。其次，出台优惠政策，引导企业开发生产高效、低毒、低残留农药，对农民使用低残留农药实施补贴。第三，加大对生产者科学用药的指导，引导农民规范合理用药。
2.兽药安全管理制度。
兽药是指用于预防、治疗、诊断动物疾病或者有目的地调节动物生理机能的物质（含药用饲料添加剂），包括血清制品、疫苗、诊断制品、微生物制品、中药材、中成药、化学药品、抗生素、生化药品、放射性药品及外用杀虫剂、消毒剂等。我国有兽药产品1377个，其中生物制品360个，化学药品540个，中兽药477个（2017年）；有兽药生产企业1753家，其中化学药品企业1633家，生物制品企业194家（2018年）；兽药经营企业51 899家（2018年）；有兽药从业人员17万人，兽药产值530多亿元，年销售额470多亿元（2018年）。在生产环节，年使用兽用抗菌药4万—5万吨（2017年）。
按照农产品质量安全法和兽药管理条例的规定，对兽药实行准入管理，对新兽药和进口兽药实行注册许可管理，对兽药研制、生产、经营实行质量安全规范管理，对兽药生产企业实行质量监督抽查制度，兽药使用环节实施兽用药处方管理制度、动物上市前的休药期制度、使用兽药记录制度和禁止性兽药安全使用管理制度。
兽药在生产、使用环节存在不少问题：一是兽药生产企业集中度低。低水平重复建设严重，总体产能利用率不足40%（2018年）；企业体量偏小，年销售额超过2亿元的生产企业不足60家（2018年）；产品技术含量低，产品多为仿制，同质化严重；在生产过程，存在使用假批准文号生产、不按生产管理规范生产、擅自更改生产工艺等问题。二是兽药经营和使用环节存在监管漏洞。在经营环节，市场参与者多，无证经营屡禁不止；在使用环节，不规范用药，超剂量、超范畴用药，使用非兽药和未经评价的投入品的问题比较突出；由于规范用药增加生产成本，动物产品市场准入管理不够严格，可追溯制度不完善等原因，使用者的质量意识、法律意识淡薄。三是执法监管手段和能力不足。兽药执法监管队伍不健全，监管工作经费不足，执法装备和技术落后，有的市、县、乡长期没有专职执法人员。四是中兽药、微生物制剂等安全、低毒、低残留产品推广力度小，由于没有价格优势，缺少政策支持，规模化生产困难多。(https://www.daowen.com)
解决上述问题，完善立法与加强监管要同步推进。在修改农产品质量安全法时，加大对违法行为的处罚力度，对因动物产品质量安全事故引发的严重危害公众利益的犯罪行为，在刑法中设置相应处罚条款。在工作层面，围绕严格监管建设队伍，增加投入，落实责任。在兽药生产、经营、使用环节，构建全覆盖监管网络，兽药生产企业和经营企业全部入网，对兽药产品全部使用二维码追溯，对兽药经营流向实时监控。全面建立养殖企业用药记录和市场准出检验制度。在动物产品销售和屠宰加工环节，建立严格的检验检测制度，把好市场准入关。支持鼓励兽用抗菌药减量使用，加大技术创新和资金支持，增加安全、高效、低残留替代产品和疫苗，逐步实现兽用抗菌药使用零增长目标。
3.饲料安全管理制度。
我国是世界上最大的商品饲料生产国，商品饲料年产量超过2亿吨，年产值7500多亿元，饲料添加剂产值900亿元（2018年）。按照有关法律法规，我国对饲料和添加剂生产原料实行目录管理（2018年列入目录的饲料原料625种，饲料添加剂原料430种，目录外任何原料禁止使用）、新产品审定管理、生产过程质量管理、生产准入管理、标签标识管理制度、安全使用管理和进口产品管理等（将社会关注度高的120种饲料添加剂纳入目录管理），制定了520项国家强制性标准或行业标准。饲料管理中最突出的问题是违规使用添加剂，有的使用禁用物质，有的超量超范围使用，有的添加物质成分不明，安全风险大。
饲料质量安全管理的重点是把现行法律法规执行好，从基础工作、基本规范和基层队伍抓起。
4.肥料安全使用管理制度。
肥料指用于提供、保持或改善植物营养和土壤物理、化学性能及生物活性，能提高农产品产量，改善农产品品质、增强植物抗逆能力的有机、无机、微生物及有机无机复混肥料。我国是肥料使用大国，化肥年产量6184万吨（折纯）。我国对肥料品种和经营实行登记制度，对肥料生产实行标准管理、生产安全管理和质量管理制度，对肥料进出口实行关税配额管理制度，对肥料使用建立技术指导、规范使用管理和市场监管制度。
存在的主要问题：一是肥料生产源头监管不严，假冒伪劣时有发生。一些新型肥料存在添加来源不明，功效无田间验证的情况；有的肥料存在总养分低、单一养分与标识不符，包装标识混乱；有些把微量元素计入总养分，以中低浓度产品冒充高浓度肥料；有些在肥料中非法添加农药夸大肥效等。二是化肥不合理使用问题普遍。我国化肥使用强度高，化肥平均利用率与国外发达国家差距大。过量施肥增加农业成本，造成资源浪费、土壤酸化、氮磷流失和水体污染，影响农产品品质。三是结构不够合理。氮磷肥产能盲目扩张，产能过剩，产品结构不合理问题突出。挥发性氮肥如尿素比重过大，高浓度磷肥发展过快，复混肥产品养分配比与作物需求不匹配，肥料产业发展与农业生产需要脱节比较严重，影响科学施肥和合理用肥。四是管理环节多。化肥企业立项投资核准和备案、化肥产业政策、化肥储备、化肥企业环评和排污管理、化肥企业安全生产管理、复混缓释等肥料的生产许可管理、化肥进出口、化肥规范使用、市场监管等，分属九个部门管理，政出多门，亟须建立从登记、生产、经营、使用、监管相互衔接统一高效的管理体制。
针对上述问题，需要通过立法一揽子解决，先制定肥料管理条例，条件成熟时制定肥料法。在制度设计上，提倡、鼓励和支持以养分利用更高效、环境更友好的肥料产品生产，用生物有机肥等替代传统低效产品，或与常规肥料形成更好的组合，推动肥料生产优化升级；提倡、鼓励和支持针对我国不同地区土壤条件和作物需要，发展高效肥料产品，从源头上推动化肥减量使用，带动环境改善和地力提升；调整化肥生产结构，降低农民用肥成本；鼓励支持农资电商交易和物流建设，提高产需对接效率，方便农民群众。