目前尚缺乏特异、高效的抗病毒药物，对症和支持治疗是主要治疗措施。早期应用IN-a（干扰素-a）治疗EV71引起的中枢神经系统感染，结果表明，可逆转病毒对神经系统的损伤。在疾病早期（出现口腔溃疡和皮疹的1～2d）应用阿昔洛韦或更昔洛韦治疗可能有效。另外，静脉注射丙种球蛋白（IVIC）对EV71引起的中枢神经系统感染有一定疗效。
