被诉行政行为的合法性问题
确认被诉的行政机关行政行为是否合法是法院进一步做出判决的前提。根据 《行政诉讼法》第70条的规定可知，法院对于被诉行政行为的审查以其合法性为原则，以合理性为例外。《若干解释》第56条就明确规定，被诉具体行政行为合法但存在合理性问题的，法院应当判决驳回原告的诉讼请求。
理论研究认为行政机关行政行为的合法性主要表现在行为主体、行为内容、程序和形式四个方面符合法律规定：行为主体合法，就是要求行政机关在其法定权限范围内实施行政行为；行为内容合法，主要是要求行政机关实施的行政行为要有明确、有效的法律依据和客观、真实的事实依据，且作出的行政行为符合立法本意；形式合法，要求行政机关的行为要符合法律规定的形式要求，如行政许可行为就属于要式行政行为，在作出行政许可后需要颁发许可证，否则该许可行为就不符合法律对于形式的要求；程序合法，就是行政机关在作出行政行为时要按照法律规定的特定程序进行，违反程序法的行政行为也属于违法行政行为[18]。行政机关实施的行政行为只有满足上述全部要件才构成合法的行政行为，在任何一个方面存在瑕疵和缺陷都将使得该行政行为不合法。在审判实践中，各级法院无可避免地要对被诉行政行为的合法性进行审查。本案中，一审河南省高级人民法院和二审最高人民法院都分别审查了被诉的三个行政行为在实体方面和程序方面的合法性，具体也表现在对行为主体、行为内容及程序合法性方面的审查：
首先，法院会审查行政机关是否满足主体合法的要求，看被诉行政机关是否具有或超越实施被诉行政行为的职权。本案一审法院针对周口市计委发布 《中标通知书》的行为进行审查时，就首先依据豫政办 （2002）第35号文和周口市政府关于各职能部门的权限划分情况，认定周口市计委有组织招标的职权。
其次，法院在审理中还会审查涉及行政机关作出行政行为的依据是否合法，这属于行为内容合法性问题。根据 《行政诉讼法》第63条的规定，人民法院审理行政案件的依据为法律、行政法规和地方性法规，地方性法规适用于本行政区域内发生的行政案件，国务院部委及省、相关地方政府根据法律、行政法规制定的规章是法院审理行政诉讼案件的参照。《若干解释》第62条规定，法院审理行政案件适用最高人民法院司法解释的，应当在裁判文书中援引，可以在裁判文书中引用合法有效的规章及其他规范性文件。《行政诉讼法》第64条规定，法院在审理行政案件中，经审查认为被诉行政行为所依据的国务院部门和地方人民政府及其部门制定的规范性文件不合法的，不作为认定行政行为合法的依据。实践中，除了法律、行政法规以及地方性法规，相关的国务院部委及地方的规章、规范性文件往往也是行政机关作出行政行为的依据，法院在审理中也不可能对案件涉及的地方规章、规范性文件置之不理。在本案例中，法院将建设部规章及河南省、周口市的地方性规章、规范性文件等作为了审理依据。从法律位阶及效力角度而言，法律、行政法规及地方性法规被明确规定为法院审理行政案件的依据，如果行政机关依据其他规章、规范性文件作出了行政行为，但却不符合法律、行政法规及地方性法规相关规定的，那么该行政行为应被认定为违法行政行为。
最后，除了上述关于行政行为主体及行为依据合法性等实体方面的内容外，被诉行政机关行政行为的程序合法性也是法院审查的基本方面。实际上，经法院审理的大量行政行为均因存在程序瑕疵而被认定为不合法。最高人民法院在本案二审时认为，益民公司基于周地建城 （2000）10号文已经获得了周口城市管道燃气专营权，该文对市计委整个招标活动始终构成法律上的障碍，但市计委直到对亿星公司发出 《中标通知书》时，仍未对周地建城（2000）10号文作出处理以排除法律上的障碍，属于违反法定程序，且损害了益民公司的信赖利益；另市计委在没有依法办理批准手续的情况下，迳行采用邀请招标方式，亦属于违反法定程序；同时，市计委在招标过程中未根据 《招标投标法》的相关规定，给投标人的准备时间明显少于法律规定的准备时间，构成违反法定程序。故周口市计委向亿星公司发出 《中标通知书》的行为不合法。由此可见，行政机关作出行政行为除了在实体方面具备合法依据、满足法律要求外，遵循法定程序也尤为重要。