明代完善
明代统治者认为，道在孔子，文庙府学所学之道必出孔氏，其他皆为异端曲说，故不断完善相关制度以加强思想统治。因而，明代的儒学思想管理顺从古代，远超近代。受益于斯，庙学得到空前发展，其中就包括苏州文庙。
洪武六年（1373年），国子祭酒魏观出任苏州。魏公任职苏州期间，锄暴树良，政通人和，百废俱兴，惟独没有整治孔子庙学。而是时苏州文庙的房屋正梁、厅堂倾斜倒塌，红色、白色昏暗不清。魏公环顾很久，忧愁不安。于是召集僚寀县令暨尚义之士，大修庙学。《吴江县志·旧事》本《宋学士集》云：“明洪武六年，（苏州）郡守魏观，修孔子庙学，吴、长州、昆山、吴江四县好义者助其役，而吴江独多，大成殿、两长廊、灵星门，葛德润葺。”[26]整修工程始于当年二月戊辰开始，十二月某甲子完工，修建完毕的苏州文庙规模宏伟壮丽超过从前。
明代洪武年间苏州府学图（摄于苏州文庙）
永乐二十一年（1423年），临江陈孟浩（永乐十六年进士，二十二年署苏州府儒学教授）来苏州府掌管教育。他环顾文庙不禁感慨：“学校，风化之本，乃不振若此，其何以称崇仰，以作兴土类！”[27]。恰逢监察御史李立巡察治理吴中，“孟浩以其事白之”，李立欣然应允。于是，陈孟浩聚集“富室之有力者，俾出金榖而协助焉”。[28]待资金筹集完毕，首先重修大成殿，增饰塑像，然后修复明伦堂，旁边装饰学舍、廊房、内室、房舍，以及水池、桥、亭子和栏杆，并将台阶两旁所砌的斜石、宫墙，全都修缮一新。他们不仅修复了祠堂的残缺，还扩大了原有面积，使其焕然一新。
与此同时，陈孟浩修整泮桥。泮桥原为范公建立府学之初所设木桥，为苏州府学所独有，“广袤数里，泮与之称。中则横木为桥，以通往来”。然而随着时间的推移，桥上的木头遭到腐蚀，桥梁被摧毁，人们再也不能登上泮桥。于是苏州文庙的教授陈孟浩选拔人才重新挑选材料，以个人之资修葺泮桥：先用坚硬的东西替换被腐蚀的部分，然后在桥上铺带花纹的石头，桥两旁装上栏杆，当作向远处眺望时的依靠，桥下则种植菱芡、芙蕖，景色美不胜收。胡概记曰：
历岁滋久，木腐梁摧，不可以履。于是学之教授陈孟浩，训导马寿、钱绅、韩阳惧其坏而难理也，相与合谋而改作之，各捐以己俸，市甓货材，以坚易腐。上则树以文础，而栏槛其两旁，以为凭眺之倚。下则植以菱芡芙蕖，亦胜观也。[29]
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《重建苏州府庙学记》碑
成化八年（1472年）壬辰，鄱阳丘霁来苏州出任知府，见文庙凋敝，丘公叹曰：“事神，吾职也。有如文庙敝陋，孰任其过？然吾未敢专也。”于是上奏巡抚、左副都御史、洛阳毕公，请求修整苏州府学。毕公立即应允，并即刻计算钱财选用工匠，挑选日子进行整修。首先将大成殿移到旧址的北面，靠近西面的建筑二丈左右，其次改建灵星门，将其向南与殿堂移到一排，于甲午三月开始整修。同一年，刘瑀提升为监察御史来到苏州，遵从前人意愿，着手修建殿堂与门扉，不久走廊、廊屋、戟门、烹调供神祭品的庖厨都依次改建，高大雄伟，与之前有很大的不同，庙与学开始相得益彰。
宣德庚戌（1430年），礼部郎中况钟奉旨来到苏州，感叹追念苏学自太师范仲淹创建以来，历经了多年的风风雨雨。每当祭祀拜见之际，况公总会来回观察注视，见文庙有所破损，于是决定整修：他组织人员把有损坏的栏杆更换掉，房梁椽子腐蚀变黑的地方重新修葺，台阶有损坏的地方修补完整，池泮有堵塞的地方想方设法疏通，随后更换房屋中的物件，又新建至善堂三间，和讲堂相连接。后堂原来破旧没有名字，况公亲自写下“毓贤堂”三字匾额，并对其进行重建。完工后，柱子与椽子坚固美丽，窗户明朗，前后辉映，焕然一新，与之前相比规模更加宏大。
《重建毓贤堂记》碑
正统（1436年至1449年）、景泰（1450年至1456年）年间，国家多发生变故，儒学逐渐凋敝，历代朝廷，都曾经有意愿兴修而未能实现。直至成化（1465年至1487年）初元才对庙学再次进行整修。实时，巡抚都宪琼台刑宥为苏州郡守，其在任期间，改革原有制度、谋划新兴事物，不到一个月，苏州变得融洽和谐。在此背景下，教授南昌程君兰、司训余干张君宪及山阴李君璞、骆君上书拜见邢公请求整修文庙，公曰：“是吾志也。”于是一起研讨原来的制度，取长补短，将大成殿，戟门、灵星门，尊经阁，明伦堂、先贤祠、会膳堂、四斋、直庐、射圃和泮桥等都重新修葺。历时一年，落成于成化三年（1467年）。[30]
嘉靖三十六年间（1557年），河南尚维持以监察御史的身份来到苏州，拜谒文庙之际，看到文庙的的现状不禁为之叹惜，于是下令，尽力修整，准备材料，砍树更换屋梁，并烧制砖瓦，祠堂的周围砌上围墙。其施工之序：首先是孔子庙，其次是庭庑、堂斋、经阁，中间奉以皇上建一亭，再次是肄舍、杏坛、太学，最后是秀桥、射圃、道山、南园、廪食游艺之所、俎豆往哲之祠。同时，学街之东西树立坊、表作为牌扁，在祠堂上书写“万世师表”和“三吴文献”。[31]
嘉靖三十九年（1560年）春正月十三，张时奉命任职苏州，视察苏州文庙，拜谒列祠后发现唯独没有文昌像，遂立即召府学教授等人问明此事，了解情况后便组织人员修建文昌像，完成之后，将文昌像移到六经阁的左边。