清朝由盛转衰
清朝，统治者大力提倡发展儒学，继续视儒家思想为正统思想，将其作为巩固统治、治理人民的重要武器。于是，作为儒家思想物质载体的文庙在全国各地迎来了大发展、大繁荣。清政府在原有规模的基础上对文庙进行修葺和扩建。据统计显示，至清朝末期，各地所建文庙共计1740多所，比之明朝文庙数有所增加。[32]
康熙丙子年（1696年），宋荦奉命巡抚吴国五年之后，正值秋海多飓风，大雨积水成涝，学府之地，墙坏树木倒地，屋顶梁柱曲折，殿堂倒塌，宋荦于是立即捐献自己的俸禄开始重修，工程开始于十月二十九日，在十二月初十日完成。经修缮后的苏州文庙殿宇高耸、走廊曲折，灵星门、明伦堂、藏书阁如鸟翼飞举，复厥旧现。
康熙四十八年春（1709年），苏州府学重建前明苏州府况公祠。
康熙五十二年（1713年），张伯行于文庙内创办苏州紫阳书院。这是当时苏州最大的书院，也是江南地区的著名学府。张伯行以朱熹之学为宗，将其理学思想与书院教育相结合，对紫阳书院的教学内容、教学方法、读书方法等各个方面都作了明确、细致的规定，对清初学风的变迁产生了深远的影响。康熙帝对此大加赞赏，乾隆皇帝六次南巡到苏州，六次都到过那里，并题字作诗，以示嘉勉。乾隆十三年（1748年），乾隆亲笔题匾“白鹿遗规”。
康熙五十五年（1716年），吴存礼奉命来到苏州担任巡抚，看到苏州文庙长时间没有治理，砖瓦城墙，逐渐倒塌破裂，于是尽力整治修葺。他聚集木匠挑选木料，从棂星、戟门到廊房、大成殿，启圣祠、名宦乡贤诸先哲祠，以及尊经阁、道山亭、春雨亭、射圃等，全都一一粉刷涂饰。
乾隆十年（1745年），傅椿在苏州执事的第二年，巡览校舍，详细考察苏州旧学府图，熟思后欲重振学府。请奏江苏巡抚都院安宁后，他开始着手挖掘玉带河，增加植桂木，新修泮桥。两年后，重建洗马桥，增加筑道山，修复其亭，疏通诸池，使其畅流并各循其故道，后又建桥：一座朝东向，叫起凤桥；一座朝南向，即众芳桥遗址；在浴莲东南方向，一座叫柳桥。当年年冬，重修紫阳书院之门，在门前开凿池塘，引如泮河水，从龙门出，第二年春天完工。
乾隆三十八年（1773年）夏，乡贤祠因被风雨毁坏，教授储宝书、训导魏嗣洛等谋划重新修葺。他们各自捐献钱财，选用精良的材料，增加诸乡贤的牌位。修葺之后的苏州文庙在高度、广度等方面皆与之前一样，却更加坚固。
乾隆五十三年（1788年），汪志伊由镇江调守苏州，并着力重修苏州府学。在修缮内外墙壁时，下垫石条三层，或二层，上砌砖三十六层，并铺上厚瓦。在重修尊经阁方面，他于至善、毓贤二堂旧址上，建敬一亭，并改敬一亭为白太守祠，与韦况二守祠相对峙。他将省牲所移至明伦堂东北角，并在其旧址上建教授署，另外，他还在龙门左新添武官厅。总而言之，凡是学府内的殿宇、牌楼、碑亭、桥梁、各祠宇全都重新修整，苏州府学焕然一新。
嘉庆十有七年（1812年），朱理奉命巡抚苏州时，览庙堂之处砖瓦裂缝、壁画模糊，房屋多处漏水，林木间有朽坏，询问校官何时修理过才知，乾隆戊申岁（乾隆五十三年，1788年），绅士汪文琛出资修学，增建宫墙，费用颇为巨大。在皇帝巡幸之后，由于殿堂门廊上的红漆丹雘还新，所以只进行了部分调整而没有大修，而迄今又过了二十余年，苏州文庙早已衰败不堪。故朱理操刀着手，从大成殿、启圣祠、东西两庑、明伦堂到尊经阁，无不撤朽易良，去败即整；在棂星门、戟门、黉门、龙凤两门中，其门之内外的石栏台阶，名宦、分贤四祠以至浚泮池、除衢道，各个问题都加以治理，并且逐个完善，总共花费白银一万一千两有余。工程始于壬申（嘉庆十七年，1812年）岁之冬十月，建成于癸酉（嘉庆十八年，1813年）总共十个月。
咸丰元年（1851年）三月，文定奉命出任苏州巡抚。他观看苏州文庙时发现，文庙自嘉庆十九年（1814年）、道光二十二年（1842年）兴修，而后风雨剥蚀，日渐侵蚀。于是聚集众人之力，筹集财力，选购材料，从大成殿、崇圣祠、东西两庑以及棂星门、戟门、碑亭四座，无不重新修建，装饰描绘，并修建名宦胡文昭、于汤二公诸祠，祠堂皆精选材料而筑，坚硬牢固，巍峨耸立。
清咸丰十年（1860年）六月，太平军攻入苏州，把孔孟之道、儒家学说视为异端邪说，纵火焚烧苏州府学，将苏州府学付之一炬，大火数日不息。载曰：“火毁于粤寇之乱，大成殿栋梁仅有存焉。”至同治二年冬十月，李鸿章收复苏州并谋求吴郡官吏学士修复庙学。他聚集工匠挑选材料，齐心协力兴建，选用最好的木料（楠木）做梁柱，以最快的速度按原样重建孔庙及府学，并亲笔写了《重建苏州府儒学记》。工程未完，李即调离，其继任丁日昌殚精竭虑，继续未完的工程。清朝同治三年（1864年）重建崇圣祠，崇圣祠面阔五间20米，进深15米，前设两庑、墙门，自成院落，是文庙现存建筑中唯一的祠祀建筑。经过五年的努力，庙学雄伟巨丽的原貌终于得以再现，巍然屹立于古城的南侧。房屋门扉，巍然矗立，重见往昔恢弘。
同治八年（1869年）九月，重修之大成殿积年渗漏，置造祭厂蓬架，添补乐器，刻拓碑文。光绪三十一年（1905年），科举制度废除，全国推行新的教育制度，苏州文庙作为“府学”的历史至此终止，苏州府学“寿终正寝”。
府学千年，风雨不毁。光绪三十年（1904年），苏州文庙中创办江苏师范学堂，伴随着科举制的废止，苏州府学终结，然学堂得获新生。1911年，江苏师范学堂改立为省立第一师范学校；1927年，学堂演变为苏州中学，并一直延续至今；1981年，苏州文庙的孔庙部分化身为苏州碑刻博物馆，在新时代被赋予新价值。总而言之，随着历史的发展，苏州文庙产生裂变：“府学”一脉由紫阳书院逐渐演变为苏州中学，“文庙”一脉则演变为苏州碑刻博物馆。苏州文庙历经沧桑但仍活力无限，仍以其他形式存在并影响着苏州地区与人民，生生不息、历久弥新。
历经修缮之后的大成殿
庙学合一的苏州文庙（据宋代苏州府学图绘制）
【注释】
[1]曾枣庄，刘琳《全宋文（第9册）》（卷三七二《答手诏条陈十事》），巴蜀书社1990年版，第483页。
[2]毛礼锐，沈灌群：《中国教育通史（第三卷）》，山东教育出版社2005年版，第71页。
[3]祝纪栋：《范仲淹与宋代教育事业》，载《东吴教学》1989年第1期。
[4]［宋］范仲淹：《范文正公文集》，中华书局1985年版，第5页。
[5]［宋］范仲淹：《景祐重建至圣文宣王庙记》，见杨镜如《苏州府学志（上册）》，苏州大学出版社2013年版，第293页。
[6]黄绍箕：《中国教育史》，福建教育出版社2011年版，第105页。
[7]［清］曾国藩：《经史百家杂钞（下）》，岳麓书社2015年版，第810页。(https://www.daowen.com)
[8]［元］柳贯：《柳贯集（下）》，浙江古籍出版社2014年版，第616页。
[9]［宋］朱长文：《苏州学记》，见［清］范能浚《范仲淹全集（下）》，凤凰出版社2004年版，第1340页。
[10]［宋］朱长文：《苏州学记》，见［清］范能浚《范仲淹全集（下）》，凤凰出版社2004年版，第1340页。
[11]［宋］朱长文：《苏州学记》，见［清］范能浚《范仲淹全集（下）》，凤凰出版社2004年版，第1341页。
[12]［宋］朱长文：《苏州学记》，见［清］范能浚《范仲淹全集（下）》，凤凰出版社2004年版，第1341页。
[13]［宋］朱长文：《苏州学记》，见［清］范能浚《范仲淹全集（下）》，凤凰出版社2004年版，第1341页。
[14]［元］徐大焯：《烬余录乙编》，见苏州市地方志编纂委员会办公室，苏州市政协文史委员会《苏州史志资料选辑2002年刊》，第80页。
[15]《沧浪区志》编纂委员会：《苏州地方志（沧浪区志上）》，上海社会科学院出版社2006年版，第209页。
[16]［宋］郑亿年：《平江府修学记》，见［清］范能浚《范仲淹全集（下）》，凤凰出版社2004年版，第1344—1345页。
[17]曾枣庄，刘琳：《全宋文（第181册）》，上海辞书出版社，安徽教育出版社2006年版，第356页。
[18]曾枣庄，刘琳：《全宋文（第181册）》，上海辞书出版社，安徽教育出版社2006年版，第356页。
[19]［元］柳贯：《柳贯集（下）》，浙江古籍出版社2 0 1 4年版，第617页。
[20]杨镜如：《苏州府学志（下册）》，苏州大学出版社2013年版，第1656页。
[21]［元］柳贯：《柳贯集（下）》，浙江古籍出版社2 0 1 4年版，第617页。
[22]李勇先、王蓉贵校点：《范仲淹全集（中）》，四川大学出版社2007年版，第1132页。
[23]缪荃孙：《缪荃孙全集·金石》（卷3《江苏金石记（下）》），凤凰出版社2014年版，第778页。
[24]缪荃孙：《缪荃孙全集·金石》（卷3《江苏金石记（下）》），凤凰出版社2014年版，第778页。
[25]杨镜如：《苏州府学志（下册）》，苏州大学出版社2013年版，第1667页。
[26]苏州市地方志编纂委员会办公室，苏州市政协文史委员会：《苏州史志资料选辑2 0 0 2年刊》，第13页。
[27]［明］金幼孜：《重修苏州府庙学记》，见［清］钱思元，［清］孙珮《吴门补乘 苏州织造局志》，上海古籍出版社2015年版，第104页。
[28]［明］金幼孜：《重修苏州府庙学记》，见［清］钱思元，［清］孙珮《吴门补乘 苏州织造局志》，上海古籍出版社2015年版，第104页。
[29]［明］胡概：《苏州府儒学泮桥记》，明代碑刻。
[30]杨镜如：《苏州府学志（下册）》，苏州大学出版社2013年版，第1811页。
[31]杨镜如：《苏州府学志（下册）》，苏州大学出版社2013年版，第1902页。
[32]李文：《孔庙文化功能的当代价值》，广西人民出版社2014年版，第44页。