（1）肛周流脓、疼痛、瘙痒反复发作，经久不愈，可触及或探及瘘管通往肛管内。
（2）据1994年6月28日国家中医药管理局发布的《中医病证诊断疗效标准》，本病分为低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘。
（3）可根据需要选作肛管直肠指诊、探针检查、美兰试验、瘘管造影、直肠腔内超声、核磁共振、纤维结肠镜、结核杆菌DNA、梅毒血清等检查、艾滋病毒抗体免疫学检查、瘘管组织病理检查等，以明确肛瘘性质，查明内口位置、瘘管深浅和分支走向。
