重新编排，各以类从

柯氏认为《伤寒杂病论》经王叔和编次整理，已失仲师原书之次第，“仲景书皆叔和改头换面，非本来面目也”。又遭方、喻等肆意条辨，不仅使章次混淆，而且大背仲景原旨，有感于此，故潜心涵泳，对其中的《伤寒论》重新进行编排，各以类从。

1.视症偏重，分归六经　柯氏汇集六经诸篇，详细辨析，据病证表现侧重不同，分别归属六经。如桂枝汤证、麻黄汤证，为邪气在表的证候，尽管阳明亦有之，但太阳为人一身之表，统摄营卫，桂枝证、麻黄证更为多见、常见，故归入《太阳病篇》。再如栀子豉汤证病位在阳明胸膈，承气汤证乃阳明大肠病变，因而一并归入《阳明病篇》。余皆类同。(https://www.daowen.com)

2.汤证同条，井然有序　王叔和在搜集整理《伤寒论》时，每每杂以己见，有碔砆胜玉之嫌，方、喻二家又倡“三纲鼎立”之说，愈使仲景之旨隐晦不明。柯氏刻意探求，“窥得仲景有太阳证、桂枝证、柴胡证等辞，故宗法此意，以证名篇，而以论次第之”。并在每一汤证条文下，又隶属类似方证条文，如桂枝汤证条下，就有桂枝加芍药汤证、桂枝去芍药汤等19个汤证。