一、六经纵横论
柯琴应用纵横的方法把六经及六经中的每一经按照表、枢、里三个层次和上、中、下三个部位，用以方测证的方法来对六经理论加以研究和阐述。虽然这种思想还显得比较粗浅稚幼，理论上还存在着缺陷与不足，但是它给我们在探讨仲景学说、研究六经规律的过程中提供了思路，开阔了视野，使中医辨证论治规律朝着全面的、系统的、综合的、纵深的层次方向发展。
1.在太阳方面 发汗是横法。麻黄解其表层，青龙利其枢层，桂枝发在里层。利水是纵法。水在上焦，用青龙使其云兴雨施而下行；水在中焦，用十枣“攻水邪尚留结于中”者；水气在下焦，用桂枝去桂加苓术使其膀胱水去也。进而究之，设大、小陷胸丸，以理上焦，埋五种泻心之方来泻中焦，下伏抵当汤、丸，桃核承气攻治下焦。故“发汗利水，是治太阳两大法门。发汗分形层之次第，利水定三焦之高下，皆所以化太阳之气也……麻黄汗在皮肤（表）……桂枝汗在经络（里）”“制小青龙以两解表里之邪，复立加减法，或然之证，此太阳枢机之剂”“其治水有三法……水气在上焦，在上者，汗而发之，小青龙……是也……水气在中焦，中满者，泻之于内，十枣汤……是也……水气在下焦，在下者，引而竭之，桂枝去桂加苓术是也”。
2.在阳明方面 柯氏创以心胸为表上、以胃为中枢、以腹部为里下的划分方法，从而在论述阳明经方面，造成了纵横混谈、重纵轻横、重腑轻经的错误论点。
余曰：邪在表层，用葛根汤发之。是方也，麻黄之药，桂枝小汤用以断前，使太阳邪气不得入阳明之地。设葛根以卫其阳明，抵太阳所传之邪于阳明门外。此汤虽列于太阳经中，但实为阳明表层之剂。正如清代医家吴谦在论及阳明表证病脉时所云：“葛根浮长表阳明，缘缘面赤额头疼，发热恶寒而无汗，目痛鼻干卧不宁。”
邪在枢层，则内外游溢。外可见发热、汗出、不恶寒、反恶热、身重之表证。内可见咽燥、口苦、腹满而喘之里候。因邪不在表，故不可发汗。若发汗则躁，心愦愦而谵语。邪不在里，故不可下，下之则胃中空虚，客气动膈，心中懊恼。邪已非寒，故不可烧针。针之则心怵惕，烦躁不得眠。汗、下、温针，在此所禁，惟有和之一法能解阳明枢证。治之者，用栀子豉汤和之。
若夫栀子豉汤一方，为阳明和剂，是吾之管见。为阳明吐剂，是众家大观。是和方、是吐剂否？余粗论于下。
研栀子豉之方剂，在于究淡豆豉之药理。知其造豉之工艺，才可评吐剂之邪说。世人注此方，只知在栀子、豆豉中旋转，不知在青蒿、桑叶中深谈。造豉者，先覆以青蒿，得少阳春生之气以升发之；后盖以桑叶，止少阴冬藏之气以收藏之。青蒿升发邪外出，桑叶入里药达内。栀子色赤，入心而治烦。黑豆色黑，入肾而除燥。《别录》言豉，有除烦躁满闷之功。《纲目》论豉，能解下气调中之能。栀子豉汤之不吐，是栀子豉之不涌。考历代本草，言豆豉无涌越之功。察近代中药，设豆豉在解表药中。而瓜蒂散中用豉，是吐在瓜蒂不是吐在豆豉。豆豉下气，是操纵瓜蒂不可过涌。香豉调中，是借谷气以护胃气。豆豉有升降出入之功，栀子有表里皆通之能，因阳明表里皆热，故用栀子豉汤以和之。(https://www.daowen.com)
阳明里层，是邪入经内，比葛根、栀豉又深入一层。故所现热、渴、汗出、脉洪之症，皆以“大”字冠之。用白虎汤以清阳明之里热。
柯氏论白虎汤，是阳明中清之剂；论栀子豉汤，是阳明涌泄之和剂者非。夫白虎清里，是清阳明之经里，非清阳明之胃里。栀豉是和剂，乃调和阳明之枢剂，非为涌吐之表剂。
阳明纵法，是上越、中调、下夺，乃治阳明三大法门。解其上焦用越法，用瓜蒂散吐之而愈。清其中焦用调法，调胃承气汤治之而愈。攻其下焦用夺法，大、小承气汤治之而愈。柯氏指出：“胃府主谷，为阳明之里，三承气汤为阳明谷道之下药……大肠、小肠皆属于胃，胃家实则二肠俱实矣；若三分之，则调胃承气，胃家之下药；小承气，小肠之下药；大承气，大肠之下药。”
3.在少阳方面 小柴胡汤即为六经枢层而设，又为少阳枢层而投，故柴胡汤为少阳正宗之枢剂。少阳表层，用柴胡加桂枝汤以治之；少阳里层，用柴胡加芒硝、龙骨，是投少阳里剂；少阳枢层，用小柴胡汤和解而治之。故柯氏在《六经正义》里说：“邪入少阳地位……轻者入腠理，重者入募原，尤重入脾胃。小柴胡，腠理之剂也；大柴胡，募原之剂也；小建中、半夏泻心、黄芩、黄连四汤，少阳之脾剂也；柴胡加芒硝、加龙牡二方，少阳之胃剂也。如太阳、少阳有合、并病……用柴胡桂枝汤是两路分击之师也。”少阳为游部，其气游行于三焦，一剂小柴胡汤可以通治上、中、下三焦之病。上焦可祛口苦、咽干、目眩、胸满烦、心烦悸、咳渴喜呕，中焦可理腹满、胁下痞鞕，下焦可治妇人热入血室、小便不利。故柯氏在其《伤寒论翼·制方大法》中指出：“小柴胡……实以理三焦之气，所以称枢机之剂。如胸满、胸中烦、心烦、心下悸、咳、渴、喜呕是上焦无开发之机也。腹满、胁下痞鞕，是中焦废转运之机也。小便不利，是下焦失决渎之任也。”
4.在太阴方面 表层借桂枝可解，里层转四逆而安。太阴枢层，是汗后腹胀满证，用厚朴生姜半夏甘草人参汤和之。是方也，为柴胡汤加减之方。去柴胡易厚朴，实为太阴所设之枢剂。后人不知此理，妄说为脾虚之证，不知枢机之地，虚实互见。故设厚朴之君，直入太阴之处，加半夏、生姜，以祛其实，入人参、甘草，以补其虚矣。正如柯氏曰：“太阴为开，故太阴亦能中风。则即有可汗症，若见四肢烦疼之表，而脉浮者，始可与桂枝汤发汗……下痢清谷，是为中寒，当用四逆汤以急救其里……汗而腹胀满，故更制厚朴生姜甘草半夏人参汤以解之。”解之者，乃和解之义也。太阴之为病，在上焦则腹满而吐，食不下；在中焦，上下交乱，中州无主，必胸下结鞭；在下焦，则自利益甚，时腹自痛。上、中、下三焦之疾，实为中焦失衡而成，故用理中丸加减而治之。所以“太阴病，以吐利腹满痛为提纲，是遍及三焦矣。然吐虽属上，而由腹满。利虽属下，而由于腹满。皆因中焦不治以致之也……一理中而满、痛、吐、利诸症悉平矣”。
5.在少阴方面 麻黄附子细辛汤和麻黄附子甘草汤证是为少阴表层而设，不过，前者是表层峻剂，后者是表层缓剂。“少阴制麻附细辛方，犹太阳之麻黄汤，是急汗之峻剂。制麻附甘草汤，犹太阳之桂枝汤，是缓汗之和剂。”阳经之中，少阳为阳枢。阴经之中，少阴为阴枢。调阳经有小柴胡，和阴经有四逆散，二方乃枢中之枢剂。诚如《退思集类方歌注》云：“小柴胡汤，少阳枢机之剂也；四逆散，少阴枢机之剂也……少阴为三阴之枢，犹少阳为三阳之枢也。此四逆散与小柴胡制方之义略同，特以枢有阴阳之异。故用药亦分气血之殊，而其辅正逐邪，和解表里，则两方如一方也。盖彼用黄芩泄肺热，恐金胜木也；此用枳实泄脾实，恐土胜水也。彼用人参补脾气，恐少阳之邪，传入于太阴也；此用芍药益肝阴，恐少阴之邪，传入厥阴也。而枢机为病，必以和解，故柴胡、甘草，在所不易矣。”少阴里证，用附子汤为从里加薪，是扶正以祛邪。“此大温大补之方，乃正治伤寒之药，为少阴固本御邪之剂也。”设四逆汤逼寒外出，是祛邪以扶正，此是“阴邪猖獗，真阴不归”所致。邪入少阴，有寒化、热化之别。寒在上焦，“干呕、吐涎沫、头痛者，吴茱萸汤主之”；寒入中焦，借理中丸以温之；寒在下焦，旱陆为患设桃花，水道得疾动真武。热在上焦，咽痛生疮者，有甘草、桔梗、苦酒汤；热在中焦，心烦不得卧，黄连阿胶汤主之；热在下焦，小便不利者，猪苓汤主之。柯氏虽无明训，《来苏》隐旨以明。
6.在厥阴方面 当归四逆汤是厥阴表证之方，因“手足厥冷，脉微欲绝，是厥阴伤寒之外证。当归四逆，是厥阴伤寒之表药”。而寒热胜复，则映出阴阳之盛衰，邪正之进退，这便是厥阴枢证。“从阴则先厥后热，从阳则先热后厥，或阳进而热多厥少，或阳退而热少厥多，或阴阳合而厥与热相应也。”治之者，当神而明之，调其阴阳而自愈。厥阴里疾，便是下利，视其脉症，或用乌梅丸之酸收，或用白头翁之清燥。“厥阴之地，相火游行之区也，其本气则为少火。若风寒燥湿之邪一入其境，悉化为热，即是壮火。其少火为一身之生机，而壮火为一身之大患。且其地面通达三焦，邪犯上焦，则气上撞心，心中疼热，消渴口烂，咽痛喉痹。逼入中焦，即手足厥冷，脉微欲绝，饥不欲食，食即吐蛔。移祸下焦，则热利下重，或便脓血，为害非浅，犹跋扈之师矣。仲景制乌梅丸方，寒热并用，攻补兼施，通理气血，调和三焦，为平治厥阴之主方，犹总督内地之大帅也。”