循证医学在疫病防控方面的局限性
对于各种疾病来说，没有万能的治疗办法。传统医学有因人因时、因地制宜治疗的原则。循证医学也一样，尽管它是利用现有最好的证据制订个体患者的诊治方案，但也有很多无法克服的困难。特别是在新冠病毒感染疫情暴发流行的过程中，体现了循证医学还存在许多的局限性与不足。
（一）对于新发传染病没有现成的临床证据
无法利用有限的证据去制订患者的诊疗方案或疫情防控方案。医学是实践科学，需要理论和实践相结合，临床医生的决策大多需要根据自己的实践经验而定。新冠病毒感染作为一个新发传染病，在疫情流行的起始阶段，人们对它的认识十分有限，关于病原学特征、流行病学特征、临床特征的了解甚少，临床医生在遇到这样的新发疾病时，根本没有什么“证据”可遵循。医生需要不断地总结其临床特征、临床诊断和治疗经验，特别是对于重症、危重症患者的诊疗经验，并且迅速向同行分享，才能将临床经验、证据数量不断累积起来，但这需要一个较长的过程。例如，国家卫生健康委员会组织流行病学、临床医学、中医学等相关领域专家，制定《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》，后又不断修改完善，目前最新的版本是第八版。又如新冠病毒感染疫情暴发初期没有防治医学证据，专家根据以往的经验建议防控措施，并不一定要等到有充足的医学证据，就如社交隔离和戴口罩还没有随机研究证实可减少新冠病毒传播。但如果等到有一级医学证据才建议戴口罩，那对疫病控制为时已晚，错失早期切断社区传播链的机会。西方国家新冠病毒感染疫情扩散速度远比东方国家快，不少分析认为，与西方国家的民众不戴口罩有很大的关系。
（二）科研证据质量的可靠程度需要时间积累
如前所述，循证医学的证据按质量和可靠程度可分为七个等级。在疫病暴发流行阶段，临床医生首要考虑的事情是利用目前已有的相近呼吸道传染病（如SARS）的证据、根据个人经验去制订疫病的诊疗方案，最大限度挽救患者生命。因为在紧急情况下，临床急救经验往往比参照循证医学原则更简便有效，只有保住了生命才是硬道理。在治疗期间，会根据临床经验不断调整治疗手段、方法和用药，但运用临床流行病学方法严格地开展高质量的临床研究如单个临床随机对照试验等，不是临床医生的首要任务。相关的高质量证据需要时间去积累。如2020年初新冠病毒感染疫情出现后，西方国家多次提到普通民众戴口罩没好处，强调不建议民众戴口罩，因没有足够的医学证据证明它有成效。到4月初，西方国家终于改口称社区大众戴口罩可能有助于减轻病毒的传播，建议健康民众可戴自制口罩或布口罩。促使西方国家态度180°大转变的原因，一是越来越多研究显示感染新冠病毒但无症状人士，也可将病毒传染他人；二是新的医学证据显示，口罩可减少新冠病毒飞沫传播机会。4月3日，香港大学团队于《自然·医学》发表了随机研究成果，证实外科口罩有效减少包括流感及新冠病毒的飞沫传播。随机研究是循证医学最高级别（一级）研究，随机分配一组患者戴口罩，另一组患者不戴口罩，戴口罩组的飞沫病毒量大大减低。其实在这项研究工作之前，已有研究显示口罩可有效减少流感病毒传播，为这项研究提供了口罩预防新冠病毒传播的证据。
（三）患者不同的病情、多样性的个体化感受和对疾病的期望不同
循证医学难以制订个性化的治疗方案。例如，我国新冠病毒感染的病死率约为5.58%（截至2020年6月10日24时，4 634/83 057）；新冠病毒感染重症病例占确诊病例的比例，湖北以外约为7.2%，武汉市为21.6%，湖北其他市为11.1%，可见不同地区的新冠病毒感染重症比例差别较大。死亡病例多为患有基础性疾病者、老年人。不同地区、不同病情的患者对临床医生采取的治疗措施、用药方案等都有不同的感受；同时患者对各种治疗方案的接受程度不同，感受也不一样，要参考患者的意愿去选用合适的治疗方案。因此，难以用现有的证据、根据患者的病情和多样性的个体化感受制订统一的新冠病毒感染诊疗方案。
我国医疗资源分配不平衡，东西部之间、城乡之间差异大，不同级别医疗机构的诊治水平、设施设备也难以相提并论，同一级别医院的不同医生也有不同的临床经历和经验，因此诊断疾病的能力也参差不齐，难以按照循证医学的原则制订诊疗方案。