从流传下来的版本来看，除了首尾两章彰显作者的写作意图外，中间各章在顺序上逻辑性不强，甚至显得凌乱，学者研究认为，这是由于宋应星交稿付印时，正赶上几部书稿相继完成，导致《天工开物》来不及仔细推敲就付印了，以至于宋应星在书中致歉，请读者原谅。
