黄芩口服毒性甚小，煎剂给小鼠灌服达163.3 g/kg也不引起死亡。兔口服煎剂10g/kg、静注醇提物2g/kg不致死。犬一次口服浸剂15 g/kg或每次5g/kg，一日3次，连服8周无明显毒性，但可见粪便稀软。黄芩素给ICR小鼠灌服最大给药剂量15 g/kg未引起动物死亡。黄芩苷注射液小鼠静注的LD50为（2.74±0.26）g/kg。黄芩提取物0.32、1.25和5g/kg灌服无母体毒性、胚胎毒性、发育毒性和致畸性，也未见有致突变性。
