以医疗机构为主的供应管理模式
在以医疗机构为主的供应管理模式下，院内物流由医疗机构全权负责自理，医院负责药品、耗材的采购、收货、验收、仓储、出库、信息控制等流程。信息流、资金流与物流由医疗机构所主导和掌控，尚未形成真正意义上的供应链管理。
在该模式下，医疗机构的物流分为库内物流与交接物流两种，具体流程为，医疗机构下设的科室负责药品、耗材的交接物流，包括收货、检验，物流作业也全部由医院库房的工作人员负责；在药品入货后，由医疗机构负责保管、拣选、盘点这一系列的库内物流作业，并且将耗材药品等分拣完毕后，院内人员再将药品配送到各药房，耗材配送到各个科室，各科室人员再次进行收货、检验、拣选、盘点这一系列的库内物流作业，向患者配发药品，提供医疗服务。
在该阶段，供应链上的各个节点组织产生了初步的物流活动优化需求，其内容主要围绕单项内容展开。其中，库存管理的优化是这一阶段的重点。为了避免原材料或者产成品的积压、短缺等情况发生，上游的医疗生产企业需要预估库存需求，并由此安排采购、仓储等业务活动。同时，医疗物流企业也会对仓库设施、运输工具等加以改进以提高相应物流活动的效率；医疗机构的各级库房负责自身的库存优化。然而在这一阶段，医疗机构对物流活动的改进也往往是局部性的，尚未达到统筹协调的层面。供应链上游对需求的预测通常是根据自身过往习惯和经验积累，以简单估计的方式做出的，库存周转偏慢、占用资金偏多是突出的问题，由于供应链中的信息不对称普遍存在，也极容易出现“牛鞭效应”。此时医疗机构重视物流的稳定性，任何物流环节的波动或者变化都有可能给医疗机构的采购、库存带来挑战。
以上海市某三甲医院A医院为例，2006年，该医院对于医疗耗材的管理主要是依靠行政组织，实施“自上而下”的管理模式，即在主管院长等领导的决策下，供应科协助管理下的多重医疗耗材管理模式。
医疗耗材管理流程则是采购部门根据发票填入库票，保管人员验收物资，会计审核，审计科审计后签字，院长审批后签字，再由采购部门在财务科审核汇款，入库票返回供应科后再入库的管理流程。在这种模式下，A医院医疗耗材管理及医疗耗材采购主要表现形式有：医疗上使用的医疗耗材部分进货渠道是商家直接到科室推销。通过临床科室试用后，科室与商家直接交易产生，然后到供应科完善手续；有关专科专用的医疗耗材，通常是供应商到专科洽谈，由专科负责人将订购的医疗耗材数量及价格商定后转交设备处办理手续，或临用前通知，造成谈判中价格的困难。为了保证临床医疗工作的及时开展，以及全院工作的正常进行，医疗耗材在供应工作中存在“先出库、后入库”，以及在物资核算工作中存在“先核算、后入库”的现象，造成了医疗耗材管理上的混乱。