三 汗位的争夺
忽必烈主管漠南汉地后采取的一系列措施引起了蒙古统治集团内部的深刻分歧。这种分歧的实质是：用蒙古旧有的统治方式还是用历代中原王朝的封建制统治方式来统治中原汉地。宪宗蒙哥死后的帝位争夺，则是这种分歧的白热化，最后不得不通过武力来加以解决。
一二五九年七月，蒙哥在进攻南宋合州（今四川合川）时，病死于钓鱼山。消息传来，以阿里不哥为代表的一派，和以忽必烈为代表的一派，都积极行动起来，准备夺取汗位。
阿里不哥是拖雷的幼子，驻守和林。在与忽必烈争夺汗位前，他的支持者之一——阿兰答儿，因为在河南、京兆（今陕西西安）等地“鉤考”财赋，曾与忽必烈发生过矛盾。事实上，在蒙哥在位时，阿里不哥和忽必烈都各自形成了自己的集团。蒙哥死后，阿里不哥及其支持者立刻采取夺位措施，阿里不哥一方面发布敕令，命脱里赤为断事官，行尚书省事于燕都（今北京），按图籍，号令诸道；一方面纠合各地军队，令阿兰答儿、浑都海发兵图据关陇，令刘太平、霍鲁海办集粮饷，图谋秦蜀，企图形成有利局势，逼迫忽必烈就范。
忽必烈也不甘示弱。他那时正率蒙古军队围鄂（今湖北武昌），蒙哥死讯传来后，立即召集诸将、诸谋臣商议，郝经提出“断然班师，亟定大计”之策，主张：“先命劲兵把截江面，与宋议和，许割淮南、汉上、梓、夔两路，定疆界、岁币。置辎重，以轻骑归，渡淮乘驿，直造燕都，则从天而下，彼（指阿里不哥）之奸谋僭志，冰释瓦解。遣一军迎蒙哥罕灵舆，收皇帝玺。遣使召旭烈、阿里不哥、摩哥及诸王驸马，会丧和林。差官于汴京、京兆、成都、西凉、东平、西京、北京，抚慰安辑，召真金太子镇燕都，示以形势。则大宝有归，而社稷安矣”[15]。忽必烈采纳了郝经的建议，适宋相贾似道亦遣使请和，遂缔结密约，于一二五九年底迅速北归。一二六〇年三月，忽必烈抵达开平，诸王合丹、阿只吉等率西道诸王，塔察儿、移相哥、忽剌忽儿、爪都等率东道诸王，都会集在开平。他们都是忽必烈的支持者，忽必烈单方面召开忽里台，在他们的拥戴下宣布即位，并定当年为中统元年，开始建元纪岁。
四月，阿里不哥在和林城西按坦河另行召集忽里台，宣布为大汗[16]。支持他的除阿兰答儿、脱里赤等外，还有窝阔台后王阿速带、玉龙答失、昔里吉，察合台后王阿鲁忽，旭烈兀子出木哈儿等。宪宗蒙哥留守六盘山的大将浑都海及其驻守成都的部属密里火者、驻青居部属乞台不花也支持阿里不哥。阿里不哥还命霍鲁海、刘太平等到陕、甘去任职。忽必烈则命廉希宪为京兆等路宣抚使，廉希宪到任后，擒霍鲁海，杀刘太平、密里火者、乞台不花等，稳定了关陇局势。
但是阿里不哥并不甘心于自己的失败，遣阿兰答儿自和林南下联合哈剌不花、浑都海，结集兵骑于甘州（今甘肃张掖）。忽必烈将八春、汪良臣与诸王合丹击败之，杀阿兰答儿、浑都海等于甘州东山丹附近的耀碑谷[17]。
中统元年冬，忽必烈决定亲征和林。阿里不哥自知不敌，逃至谦谦州（今叶尼塞河上游南），忽必烈命宗王移相哥留驻和林，自回开平。(https://www.daowen.com)
阿里不哥以自己的分地谦谦州和按台山（今阿尔泰山东南）为根据地，四出骚扰，并控制了察合台和窝阔台后裔的分地。忽必烈即位后，曾派阿必失哈及其弟哈萨儿（察合台孙不里之子）前往察合台分地主持分地事务，但两人途经陕西时被阿里不哥的支持者拘留，阿里不哥另派阿鲁忽（察合台第六子拜答儿之子）往镇，命他提供军需，并守其东境以抗忽必烈军，守阿姆河以防旭烈兀、别儿哥军来助忽必烈[18]。阿鲁忽至阿力麻里后，根据阿里不哥旨意从兀鲁忽乃（察合台长孙哈剌旭烈之妻）手里夺取了权力，并将朮赤系势力逐出河中地区（蒙哥时代该地为拔都所占），控制了察合台封地全境，拥有十五万骑兵，遂不愿再服从阿里不哥。不久，阿里不哥遣使者来征牲畜、兵器和钱物，阿鲁忽将他们征集的物资全部扣留，又杀其使者，于是宣布归附于忽必烈。忽必烈命他统治从按台山直到阿姆河之兀鲁思和诸部[19]。
阿里不哥发兵攻阿鲁忽，其前锋哈剌不花于不剌城附近被阿鲁忽军击溃。阿鲁忽回到亦列河（今伊犁河）后，将军队分散休养，毫无防备，阿里不哥后军突至，夺取阿力麻里和亦列河地，阿鲁忽仓促率右翼军退到忽炭（今新疆和田）和可失哈儿。一个多月后，溃军渐集，又率部移向撒麻儿干。
阿里不哥在亦列河、阿力麻里等地大肆蹂躏，使这一带破坏极其严重，人民恨之入骨，奋起反抗。阿里不哥自己也站不住脚了。中统二年（一二六一年）秋，阿里不哥至和林，伪装愿意归顺，却对移相哥进行突然袭击，占领和林，发兵南下骚扰。
阿里不哥尽管千方百计企图挽救败局，但由于他倒行逆施，支持者越来越少，物力、财力也十分贫乏，日渐孤立。忽必烈则利用中原地区的强大物质基础，兵强马壮，粮草充足，占了优势。当时，“哈喇和林之食粮、饮料皆自汉地转运而至，忽必烈合罕乃下令禁绝粮道，其地困于饥馑”[20]。
当阿里不哥南犯时，忽必烈再次率军迎战。中统二年十一月，双方大战于昔木土脑儿，阿里不哥大败，其部将多降。忽必烈追至和林南面。阿里不哥北遁后处于东西夹击之中，众叛亲离，其支持者纷纷向忽必烈投降，加上连年饥荒，终而不得不于至元元年（一二六四年）向忽必烈投降。经过四年的斗争，阿里不哥的势力被消灭了，漠北与中原地区恢复了统一。漠北平定后，忽必烈取消了和林作为都城的地位，而设宣慰司都元帅府直接管辖。