一、学术源流
川派“中西医汇通学派”的形成主要有三个学术渊源，包括西方医学的传入与发展、洋务人士的推动及医家对中西汇通的思考。
（一）西方医学的传入与发展
16—17世纪，欧洲大地上掀起了一场声势浩大的宗教改革运动，罗马天主教会遭受了沉重的打击并开始面临严重的信仰危机。为继续实行精神统治，改良后的耶稣会借着新航路开辟的东风，开始向世界各地派遣传教士。而中国地广人众，自然成了天主教会扩张势力的必选之地。由于明末清初中国特有的社会环境，传教士来华伊始，传教活动举步维艰。以利玛窦、龙华民为代表的西方传教士很快意识到了这个问题，他们决心改变策略，采用“曲线传教”的方法，即“首先欲捕获中国士大夫的心，以学术改变其儒学思想，想在大传统上改变中国社会，以推动小传统的改变，最终达到整个社会向天主教的皈化。”[21]简言之，就是传教士在传教的同时，向中国宣传、介绍西方先进的科技文化，而其中便包括西方医学知识。
明末清初时期西方近代科学和医学虽已开始传入中国，但由于这一时期是两个朝代此消彼长的过渡时期，社会环境动荡不安，统治阶级和百姓无暇对医学过多关注；春秋战国以降，中医在中国已有两千多年的历史，其影响可谓根深蒂固，短期内西医根本无法撼动其稳固地位；“由于当时传入的西医主要是浅显的解剖生理知识，应用不多，在临床技术上相较中医并无明显优势”[22]；一些传教士在清廷担任官职，难免对行医事务分身乏术等原因，西医在这一时期并未得以大规模发展起来。
鸦片战争后，西方列强打着“欲介绍基督教于中国，最好的办法是通过医药；欲在中国扩充商品的销路，最好的办法是通过传教士。医药是基督教的先锋，而基督教又是推销商品的先锋”[23]的旗号，以建立诊所和医院的形式，将西医学广泛传入中国，以西医外科和眼科的治疗为主。这一时期教会医院开始在中国东南部沿海建立并逐渐发展壮大。随着西医在我国的影响逐渐扩大，开始冲击中国传统医学的地位，甚至有了“废止中医”的说法，可见西医在我国的影响之深。晚清至民国时期，教会在我国东南沿海地区建立医学院校，并逐渐扩大，培养了大批西医学人才，为我国西医学的发展做出了巨大的贡献。
四川是基督教教会医院较早登陆的地方，以光绪十八年（1892）美国美以美会在重庆临江门创办宽仁医院，美道会在成都四圣祠仁济医院为开端。到1920年，四川全省已有教会医院26所，药局（诊所）28个，病床1000余张[24]。如成都华西协和大学之四所实习医院（仁济男病院、仁济女病院、存仁眼耳鼻喉医院及牙症医院）等。这些教会医院尽管有着为西方殖民势力服务和借医传道的初衷，但是它们在中国的创立和发展，客观上给近代中国输入了西方先进的医疗技术和现代化的医院管理模式，进而奠定了中国当代卫生医疗事业的基础。在近代中西交流方面，教会医院起了重要的作用，分散在四川各地的教会医院，客观上为四川近代中西医结合创造了可能。
（二）洋务人士的推动(https://www.daowen.com)
西医在华的传播，是近代西学东渐的一个重要内容，也正因如此，一些非医界人士在洋务运动的改良中率先推动，将“中西汇通”的思想引入医学领域，从而衍生出“中西医汇通”。徐寿与李鸿章便是其中的代表。徐寿是洋务时期的知识分子，曾助曾国藩设江宁机器局，后又与传教士傅兰雅在上海筹设格致书院。1876年，徐寿在《医学论》中指出：“余尝谓中西之学无不可通，前人所已通者，惟算学而已。异日者傅、赵两君将西医诸书译成而会通之，则中国医学必有过前人者，余将拭目视之。”[25]徐寿试图将中西算学的汇通路数引向医学，进而提出中西医汇通，这不能不说是一大突破。另一位主持洋务运动的李鸿章，则在与传教士的交往中逐渐认识西医。李鸿章此时着眼于洋务工业，他希望借助西医来为军事服务。1879年，英国传教士马根济治愈了李鸿章夫人的不孕症，李不久即喜得贵子，“公信任西医自始。”1880年，李鸿章在天津开办了一所小型的新式医院，名为总督医院；次年，他在医院附设了一所医药学校，这所学校1893年被正式命名为北洋医学堂[26]。就在这一时期，李鸿章也提出了中西医汇通的问题，他在1890年为《万国药方》作序时称：“倘学者合中西之说而会通以造于至精极微之境，于医学岂曰小补？则君嚆矢之功，其寿世寿人讵可量欤？”[27]李氏的“中西医会通”观点对近代中西汇通医学产生了影响。
（三）医家对中西汇通的思考
早在明末清初传教士来华后，一些知识分子便开始就东西方医学作对比思考。主要有：
方以智（1611—1671），安徽桐城人。方氏介绍了脑、脊髓、脑神经和脊神经的解剖，血脉的解剖和功能特点。是中西医汇通最早的倡导者，是我国中西医汇通思想的第一人。
清末民初，中西文化交锋之际，西学东渐已然成为社会潮流，随着西方医学在我国的流传更甚，中医传统的地位遭到了动摇，中医学界内部也有了分歧，保守者故步自封，视西医为异说，抵制西方一切文化思想；维新者弃旧图新，妄图消灭中医，以西医代之。而这两者都不能真正解决中医面临的问题，只有秉持着包容和开放的态度，才能让更符合中国国情的传统中医发展下去。随着西医西药的影响力迅速扩大，中西医两种医学体系的形成，一些四川中医界的有识之士开始关注西医，中西医的“对比”也随之而来。以唐宗海、罗定昌等为代表的不少中医学家面对现实，实事求是，积极接受西医知识，以彼之长补我之短，从汇通的角度思考中医学，自发性地做中西医汇通的工作，成为兼通中西的医家，形成了“中西医汇通派”，开创中西医结合医学的先河。
总之，川派“中西医汇通学派”的形成，经历了一个从接受西说到中西医汇通的过程。在清代以前，基本上是以接受西说为主，清末民初唐宗海首先提出了中西医汇通的概念；民国以降，一方面是西方医学的涌入，另一方面为了对抗反对中医的思潮，以巫燡、叶古红等为代表的一批四川医家，主张中西医之间从理论到临床进行汇通。他们有的接受西说以充实中医，有的对中西医相互比附以汇通，有的主张中医科学化，有的在临床上中西医并用。总体而言，该学派的思想对中医学术的发展起到了一定的积极推动作用。