葡属领地安哥拉和莫桑比克
在确认葡萄牙对安哥拉和莫桑比克的内地拥有传统权力的欧洲各国协议，是没有非洲人参加的。于是，在十九世纪末，非洲人对葡萄牙军队占领内地进行抵抗。在1890年到1891年间，比赫人的酋长恩东杜马，在葡萄牙军队和（作为雇佣军的）南非白人后裔的狙击手经过血战侵占他的领地之前，封锁了从罗安达到巴罗兹属地的干道。葡萄牙军队和南非白人后裔的狙击手，还占领了附近贝隆杜的领地。1902年，非洲人在该地为了消除随着补充劳工而发生的暴行，举行了几乎是绝望的起义。穆图·亚·克韦拉率领报仇心切的贝隆杜人去攻打葡萄牙人；他的追随者杀死了若干白人商人，捣毁了他们的商店。这种反抗精神很快从贝隆杜传播到比耶。但是，本格拉和木萨米迪希的葡萄牙军队前来进攻，焚毁村落，到1903年底，扑灭了起义的火焰。
在安哥拉其他各地，非洲人也同样设法抵抗即将出现的白人统治。在南部，库安哈马人在1890年到1915年间一直没有被征服，在这期间，他们使葡萄牙接二连三的征讨军遭到一系列失败。1897年，在他们拒绝让自己的畜群打预防针之后，库安哈马的战士击溃一支葡萄牙驻军。然后在1904年，在一个和平间歇之后，库安哈马人再次攻打葡萄牙人，一直抵抗到葡萄牙人在罗卡达斯附近一次战役中赢得决定性的胜利。在1907年到1910年间，来自罗安达的葡萄牙军队，还捕获了丹博斯地区（1961年，在该地爆发了一场现代革命）有势力的酋长，而且逐步征服其为数众多、顽强不屈的追随者。
葡萄牙人在莫桑比克发起同样的攻势。1895年，在平定了洛伦索-马贵斯附近地区之后，葡萄牙人在曼雅卡泽战役中打败索香加尼后裔贡贡哈纳，随后就占领了加扎地区。然而在1897年以前，贡贡哈纳的继任者同葡萄牙人继续在战场上交锋，而且有时候赢得胜利，但是最后败于著名军官若阿金·奥古斯托·莫西尼奥·德阿尔布克尔率领的军队。在1897年到1900年间，葡萄牙人还征服了北部尼扬贾语系的各部族，并且消灭了信德和塞纳镇之间在赞比西河沿岸几支孤立的非洲抵抗军。1902年，葡萄牙人占领戈龙戈扎地区，控制了居住在太特和尼亚萨兰交界处的各部族。由阿拉伯人经营的岛上贸易站安戈舍，已在1910年被葡萄牙人占领。但是一直要到1912年，在葡萄牙人平定了卢仁达河流域瑶族和古阿人的抵抗，并捕获了瑶族一个主要酋长马塔卡之后，葡萄牙这才名正言顺地声称，整个莫桑比克都归它所管辖。
在这两个殖民地，继征服之后实行了行政改革。在理论上，葡萄牙是想象父亲一般地去治理非洲人，而且给他们一个“受文明教育”的好机会。然而，外国观察家报道说，安哥拉政府和莫桑比克政府实际上还是继续沿着殖民压迫的传统老路走下去。葡萄牙人认为，政府作为“社会权力的受托者”，理应责成非洲“粗鲁的黑人”去做工，“即……通过做工使他们达到文明……”，甚至强迫劳动还得到官方的认可。
……葡属海外各省的土著，在道义上和法律上都有义务，力求通过做工获得他们赖以生存的收入，改善他们的社会地位。他们有充分自由去选择完成这个义务的方法，但是，如果他们不去完成，那么，当局就要强迫他们去完成。[6]
本世纪初，葡萄牙行政官员把非洲“契约劳工”，送往遥远的圣多美和留尼汪的可可和甘蔗种植园。他们提供劳工去开采南非的金矿。他们在殖民地内部，同他们在刚果和法属赤道非洲的欧洲同行一样，也强迫非洲人采集橡胶。他们还让这两个葡属殖民地的种植园经理，向国家“购买”劳工。有一份记事写道：(https://www.daowen.com)
当时都习惯于把家务劳动中以及田野里、工厂里最繁重的活儿交给〔契约劳工〕去做，特别是在搬运工中，他们简直顶替了卑贱的牲口。
他们犯一点轻微的过失，就要受到残酷的惩罚，被河马皮鞭打得皮开肉绽。人们经常在非洲温暖而又神秘的深夜，听到这些可怜虫遭到公司职员，或者通常都是狠心肠的黑白混血儿工头的毒打，发出一声声惨痛的尖叫。[7]
这种压迫，以及够得上“现代奴役”的种种状况，还进一步得到了“令人厌恶”的认可。新闻记者亨利·内文森发表的控诉文章，激起了英国教友派巧克力制造商威廉·凯德伯里去对安哥拉和圣多美统治当局进行调查。他的调查结果使得他的公司和别的巧克力公司一致同意不购买葡萄牙海外属地种植的可可。
这些批评在1911年和1915年制定的法律中得到反映。然而，这些法律还是把“劳动教养处分”强加在那些看来需要改善“社会地位”的非洲人身上。这个立法在理论上包括了对土著劳工天赋权利的充分保障。但是，一些典型的暴行以及征募劳工中不讲“文明”的行为，仍继续成为苦心炮制的法律条款的嘲讽。