明代的固原经历了由“内地”到“边疆”的变迁过程。土木堡之变后,由于固原与宁夏南北垂直,东牵榆林,西顾甘肃,军事防御地位迅速上升,遂成为三边总督的驻地,朝廷以兵部尚书等高官兼任总督驻守固原。具有强大防御功能的固原城池也拔地而起,军事政治地位的提高和影响推动了人口迁入,经济逐步恢复,村镇市场形成,社会较为稳定,但农民负担一直很重,生态环境明显退化,自然灾害频发。明朝末年,固原发生兵变,饥民暴动迭起,活动于陕甘宁的李自成起义军攻克北京,推翻明朝276年的统治。