经济发展管理
开发区通过加强规划、项目、统计、质量、信息等管理，坚持科技创新，不断加强和改善经济发展管理。特别是用足用好和充分发挥一系列经济政策；坚持科学有序地发展，有力促使开发区经济和社会事业又好、又快、健康、持续地发展壮大；加强信息管理和投入，逐步提升开发区信息网络工作水平。
【规划管理】
开发区管委会从建区之日起，即代表县委、县政府行使对区域内的规划等项管理事宜。开发区设有国土规划局，负有域内规划职责，以适应新形势下开发建设需要，增强内在竞争力。1997年8月13日县政府发文进一步简政放权。2002年8月5日以后，开发区按省委、省政府规定，比照国家级开发区相应调整经济审批权和规划、建设、管理等主要职责。
开发区在创建初期本着高起点、高标准原则，多次邀请有关专家、学者来区考察，反复研究论证，委托南京市规划设计院对开发区15.5平方公里范围的土地进行总体规划。从区域功能、环境保护，到供电、通讯、道路、供水、排污、排水、供气、供热、防洪保安、绿化、人防等各项工程都作出详尽规划，形成《南京江宁经济技术开发区总体规划及其说明》。县政府于1992年8月25日发文予以批准。南京市政府1997年7月3日发文批复原则同意。这一规划于1998年进行了修订。
1999年底原江宁县行政区划调整后，开发区委托南京市规划设计院对开发区牛首山河以南、东至秦淮河、西至牛首山、南至南京市总体规划中二环路以内的区域进行总体规划，规划面积为33.92平方公里，于2001年3月14日向区政府呈报《南京江宁经济技术开发区二期总体规划》（即“2000年总体规划”），于是年11月13日得以批准和贯彻执行（宁政复[2001]109号）。
【统计管理】
开发区经发局作为区域内统计管理部门，对经济发展状况负有准确、及时统计和上报职责。经发局下设经发科，为具体统计管理机构。2002年4月11日，江宁区政府召开关于调整开发园区统计范围和统计归属工作会议，就区划调整后开发区的统计范围、统计归属、企业性质以及数据上报渠道等问题进行充分研究，明确现定开发区所辖范围内（除东善桥镇）一产、二产、三产由开发区负责统一汇总，从2002年4月份起直报区统计局。开发区直属企业、在市局计划未调整前仍划分为乡镇企业，在完成好统计局系统报表的同时，仍要完成好乡镇企业局系统报表。
开发区统计管理紧扣全年目标任务，逐步建立健全工作制度。每年年初，统计单位及时对区政府下达的国民经济和社会事业发展目标进行分解，明确责任部门和责任人，完善目标管理体系，强化目标管理工作。根据省市外经和科技有关部门、区计经局、外经局、统计局等部门要求，建立开发区一整套月报统计、季报统计制度，及时统计和上报各类报表材料，随时向上报告和反馈各种信息。加强对目标任务的监控，及时做好经济运行状况的分析预测，对达不到要求进度的目标进行详细了解情况，对于超前完成的目标及时与有关部门沟通，尽快取得确认。针对企业统计人员流动性大情况，还积极与区统计局协调，经常举办统计人员上岗培训，系统讲解《统计学原理》和《统计实务》等基础知识和业务技能，不断提高企业统计人员的业务水平，为保证开发区报表质量打下坚实的基础。
【项目管理】
开发区招商局、经发局等部门负有项目管理职责。2003年9月成立的南京出口加工区（南区）管理局，也同样负有项目管理职责。其全面负责南京出口加工区（南区）内海关事务协调、招商引资、进区项目审批、企业管理、规划建设、行政事务和治安保卫等管理，协调和服务工作。
明确项目管理权限。根据1997年县政府简政放权意见，开发区项目管理权限主要是：负责审批开发区内投资总额在限额以内的“三资”项目、内资、内联项目和工业、商业、农业、交通、能源、房地产以及社会事业等行业项目，直接审批由县外经委、计经委、城建局根据权限范围授权建立开发区专用序号的项目，负责提供审核资料报县有关部门初审，再按正常程序报市相关部门核批；负责审批或直接上报辖区内“三资”和内资内联项目建议书、可行性报告、合同章程、“三来一补”合同、技术引进、设备引进，及受县外经委委托发放外商投资企业批准证书；发放受县有关部门委托而负责办理的外商投资企业行业管理许可证（如建筑装饰、文化娱乐、汽车修理等）；围绕市、县计划负责制定下达辖区内基建项目、技术改造和技术引进项目的年度计划；受计经委委托审批固定资产投资项目及审办基建立项手续；由环保局委派工作人员，专门负责开发区内项目初审，设立专用审批序号，办理《建设项目（立项）环境保护审批书》和《建设项目环境影响报告表（书）》。
着力引进优质项目。江宁开发区建区15年来，产业经济发展走过粗放型增长阶段之后，在机遇和挑战并存的关键时点，立足区域经济发展实际、时代发展方向，确定产业引进范围，形成特色，走在新一轮经济发展前列。
2004年，为有效控制经济过热，开发区按照国家产业政策、行业规划、土地利用规划和年度土地利用计划、环境保护的有关规定以及城市总体规划、项目审批程序、信贷政策等，对投资项目进行清理。最终确定167个项目列入清理范围，总投资规模154.61亿元，并对所有清理的项目，逐个提出停止建设、暂停建设限期整改、取消立项、符合要求等四类处理意见。
江宁开发区按照“壮大主导产业、做强特色产业”的方向，突出产业补链，集中精力主攻优质产业项目，全力提升产业规模效益和竞争力。在汽车产业上，服务现有汽车项目建设发展的同时，关注新的整车项目；在其配套产业上，逐步向上游、下游领域拓展，加大第二、第三极汽车配套商的引进，着力打造全国知名的汽车制造基地。截至2007年，区域内基本形成二条产业主链，即：以长安福特马自达整车、发动机及福特研发中心为龙头，集聚上海大众、晨光森田等整车制造企业，包括住友、蒂森克虏伯、塔塔等15家世界500强项目和100多家配套厂商，构筑了从汽车设计、研发、整车制造、零部件配套以及物流、销售、服务等完整的汽车产业链；在IT产业上，坚持“选商选资”，优先考虑拥有自主知识产权，带动效应强的项目。区内爱立信、西门子、统宝光电、华宝通讯等大型龙头企业和大批配套企业，形成了完整的IT产业链。在特色产业发展上，开发区紧盯跨国公司和世界500强企业，突出招商主题，引进一批体量大、质量高、效益好的优质项目。区内以南瑞继保、西门子电力自动化、国电南自、国电南思等为代表的电力控制产业日益壮大，继电保护、变电站自动化、电力系统MIS等项目处于全国领先地位，国内市场占有率达到80%以上；以摩托罗拉、西门子、金智科技等为代表的软件产业蒸蒸日上，30多家软件企业获得国家认定，150多项软件产品获得登记认证；总部经济、软件研发、现代物流等特色产业，呈现良好发展势头。截至至2007年，江宁开发区累计引进42个国家和地区的1800多个项目，其中千万美元以上项目351个，世界500强企业36家。
发展国际贸易平台。为营造良好的对外经营环境，为企业提供一个低成本、高效益的国际贸易服务平台，江宁开发区在部、省、市相关文件精神的基础上，经上级批准于2002年9月30日制定并实施《关于推动南京私营外贸企业创业园暨江宁开发区国际商务区建设的实施意见》，使得在园区内注册从事国际贸易流通的企业，一律享有区内财政补贴的政策待遇，即从营业之日起，前五年按所缴纳所得税的地方留成部分全额补贴，后五年补贴50%；为入驻园区从事国际贸易流通的企业提供办公用房，凡租用100平方米以内免收房租（外贸企业创业园的办公用房由东恒集团提供；国际商务区的办公用房由开发区提供）；按照“简捷、周到、诚信、高效”的服务宗旨，免费为入驻企业提供从领取营业执照到开业的一条龙服务，并实行统一扎口收费；为入驻企业提供业务培训、信息咨询、制单、报关、运输、投保、协助配额招标、税收代理、人事代理等进口贸易服务；为入驻企业协助提供和解决必备的生活配套设施条件等等。
【科技管理】
开发区充分发挥科技的先导、示范和推动作用，加大科研投入，加强科技管理，着力培育开发区高新技术产业发展的经济增长点，推动技术创新和科技进步。至2005年，共有高新技术企业133家（含科学园31家），占江宁全区的95%，约占全市的1/5；全年高新技术企业的年产值达到300.6亿元，占园区工业总产出的60%，占全市高新技术企业总产出的24%。园区企业研发经费（R&D）占销售额比例为3.2%，分别超出全市和全省的0.3和1.97个百分点，走在了全市、全省乃至全国的前列。2006年，高新技术产业再获新发展，在孵企业达到32家；入园企业申请专利超过250件，约占全市的5%；国家级科研成果47项，省部级科研成果110项，其中填补国内空白的科研成果38项，达到国际领先水平的10项。同时，加快科研成果和高新技术转化，推动了区域创新和经济增长。
【质量管理】
2003年为进一步加强对开发区ISO9000质量管理体系认证工作的领导，有计划、按步骤、高质量地完成ISO9000质量管理体系贯标工作，2003年3月25日成立开发区ISO9000质量管理体系贯标工作领导小组，是年8月23—24日对全部内审员进行培训。开发区积极组织参与由南京市质量奖审定委员会办公室和市质监局开展的“争创2003年度南京市质量管理奖和服务质量奖”活动，区内共有20家交通运输、邮电通讯、商业、贸易、医院、旅游、宾馆饭店等企业参与这次活动。这些企业具有为社会广泛认可的名牌产品、工程或用户满意产品；具有良好的社会声誉和较高的顾客满意度，经济效益在同行中处较高水平；能够认真贯彻实施GB/TI9001—2000标准，质量体系有效运行并通过体系认证，环境保护符合国家有关法律、法规和规定；生产型企业的主导产品、工程质量经市级以上法定质检机构检查合格，所有申报企业连续两年以上无重大质量、设备、伤亡、火灾和爆炸事故。
为加大“质量兴区”战略的实施力度，增强企业品牌意识，推进“质量兴区”活动深入开展，2004年7月15日成立江宁开发区“质量兴区”领导小组。领导小组下设办公室。
开发区建区后即明确工程管理部门（工程部、复建办、电力科等）代表开发总公司（业主）行使工程建设项目的管理、监督和协调职能，对建设工程施工质量和施工进度负责。2002年，总公司制定《工程建设管理与监督实施办法》，主要内容涉及施工管理监督、材料设备采购、工程竣工验收等5项具体规定。2004年11月9日，江宁区建筑工程局制定《南京市江宁区建筑工程质量检测市场管理办法》4章20条，开发区管委会结合区内实际予以认真贯彻。
1996年6月18日，在江宁开发区四周年庆典的日子里，举办了“96进区企业产品展示会”。利用这次产品展示会形式，检验产品质量，并根据用户需求，改进产品性能，进一步提高产品质量。此次展出区内60家企业的产品400多种，涉及电子、机械、轻纺、轻工、纺织、食品、化工等7个工业门类，有不少产品，如东华电子公司生产的中高档汽车音响、爱立信公司生产的程控交换机等，不仅技术含量高、附加值高，而且具有国际先进水平。有些产品改变了国内长期依赖进口的局面，填补了国内空白。会上，旺旺公司、生力啤酒公司、新长虹公司等还组织了促销活动和免费品尝。展示会期间，共吸引各类参观者4万多人次。
开发区积极推进经济增长方式转变，提升利用外资质量。如2006年度，共引进外资项目61个，总投资9.6亿美元，项目的质量和档次有了新提高。一是项目投资体量大，龙头大项目增多。全年共引进千万美元以上项目36个，新引进世界500强企业印度TATA、日本住友、西门子电站自动化等。二是项目科技含量高，拥有自主知识产权的企业增多，引进了国际知名的福特研发中心等一批研发机构。三是项目成熟度高，当年引进的项目资金到位率高达60%以上，当年引进当年开工建设的项目达40%。
【政策管理】
开发区坚持执行对进区外资企业以一系列优惠政策的待遇，这成为开发区在激烈的市场竞争中迅速崛起的一大优势。随着改革的深入，对内资企业也实行财政优惠政策迅速提到议事日程上来。1999年，开发区管委会总结经验，形成向县财政局作出的《关于开发区内资企业享受财政优惠政策的申请》一文，获得县财政局同意。
为进一步优化开发区投资环境，增强开发区在新一轮大开发中的竞争力，2000年2月开发区开始贯彻执行县政府江宁政发（2000）46号、47号文件，积极贯彻执行一系列有关扶持企业发展的政策。积极落实研发中心产业财政扶持政策举措，有力推进开发区产业升级、提升产业层次；也有力推动“产、学、研”结合，促进科技成果产业化及技术创新，增强区域核心竞争力。如：为鼓励国内外知名或规模企业、科研院所进区设立独立法人研发中心（以下简称研发中心项目），增强园区企业研发和自主创新能力，促进开发园区产业向两端延伸，实现由“江宁制造”向“江宁创造”的转化，开发区经过多年实践和调查研究，拟定针对研发中心项目（经营期在15年以上）制定和实行关于企业所得税、营业税、增值税、个人所得税等方面的一系列财政扶持政策。在调查研究的基础上，开发区于2006年12月6日形成《关于给予研发中心产业财政扶持政策的请示》一文，专题向区政府请示报告，获得区政府的肯定和支持。
【信息管理】
1998年10月6日，开发区印发《关于实行大中型企业信息跟踪责任制的通知》。要求开发区各有关部门和负责同志对在宁大中型企业实行信息跟踪责任制。《通知》所附《在宁大中型企业信息跟踪责任一览表》，列出熊猫、南瑞、经纬集团等53家在宁大中型企业，对负责其中每一家企业信息跟踪的责任部门和责任人作出明确划分。
2001年5月，开发区贯彻执行区政府关于实施公布政务服务网、农村咨询服务网和农村医疗服务网“三网”建设工程的部署，把“三网”工程建设摆上重要工作议程。工委办公室于2001年6月8日发文通知：明确开发区公仆政务网由党群办负责；农科咨询服务网由农工局、殷巷办事处负责；农村医疗服务网由农工局、殷巷办事处负责。工委办公室定期对“三网”服务工程落实情况进行检查。2002年2月24日成立江宁开发区信息中心，为正科级部门，隶属于经济社会发展局管理。自2000年开发区“570”职工计算机知识普及工程实施以来，在管委会和江宁区总工会的支持下，制定了推广计算机普及应用的实施意见和办法，并组织干部职工参加培训学习。至2000年底，开发区基本实现办公自动化，做到了：日常管理规范化、文秘处理无纸化、招商网络化、财务管理电算化、人才管理信息化。
根据宁委密字[2002]3号《关于转发〈中共中央保密委员会关于加强计算机信息网络保密管理的通知〉的通知》文件精神，开发区管委会办公室、信息中心组成自查小组，对本单位的计算机信息网络保密管理状况进行专项自查，及时公布自查情况。开发区计算机信息网络于2002年8月投入使用。2004年6月18日，推出全新改版的江宁开发区网站。改版后的网站成为园区企业对外宣传窗口。与此同时，开发区安全生产网站也正式开通。为确保良好的网络信息环境，加强计算机网络设备管理，提高其使用效益，管委会办公室于2006年8月26日，制定《江宁开发区机关内部计算机网络设备管理暂行办法》。