闽系统一海军教育的举措
闽系统一海军的另一个思路是从统一海军教育入手。当时存在的马尾海军学校、青岛海军学校、黄埔海军学校以及电雷学校均是培养初级军官的普通海军学校，陈绍宽意欲在此基础上筹办更高级的海军参谋教育学校———“海军大学”，筹建原因在于“军学宜求深造，而建材亟待育成，现在列强海军战术，日新月异，本军军官尤应研究高深学术，精益求精，以备党国干城之选”[55]。由闽系负责筹办、培养海军参谋教育的海军大学，从筹办之时就蕴含着闽系统一海军教育的想法。
据李世甲回忆，海军大学筹办之处，李曾向陈绍宽建议由蒋介石担任海军大学校长，以减少筹办阻力：“当前蒋介石大权独揽，对军事教育也抓住不放他还自兼警官学校、电雷学校的校长，我们的海军大学如果由他来兼校长，你当然兼教育长，今后的事情会好办些。”[56]但未获陈绍宽同意。陈绍宽亲自担任校长，以李世甲为教育长，选马尾为校址，并派员至马尾筹建校舍。
然而一场令陈绍宽意外的风波阻止了海军大学的筹办。1934年11月，闽系舰队以“应瑞”舰长林元铨、“宁海”舰长高申宪等23位舰长联名向国民政府主席林森密呈控告海军当局亲日案，林森转由行政院长汪精卫处理。同时“永绥”舰长程媚贤趁机面呈蒋介石，该文称：
陈部长设海军大学于马尾，拟调元铨等入学，以求深造。正自庆幸，唯闻大学所聘教官，均系日人，丧权危国，莫斯为甚。浸假铸成大错，坠敌术中，他日受祸之烈，势必影响外交，波及国防……海军当局昧于大义，一意孤行，私聘日人寺冈谨平及信夫淳平为海军大学教授，竟举海军军事最高教育权为敌人之手。[57]
事情之经过，据李世甲回忆，海军大学开办的课程中有军事学和海战公法两科。因国内无适当人选，并出于节省费用和日文易学的考虑，经蒋介石同意，遂通过外交途径聘请两位日本教官。“应聘前来的，一为日本海军大佐寺冈，讲军事学；一为日本海军法律顾问法学博士信夫，讲国际公法。这两个教官，是由我（李世甲）通过日本驻南京武官冈野大佐像日本海军省接洽聘用的。”[58]值此中日关系紧张的气氛之下，聘用日本海军官佐担任军事教官，必然引起一部分舰长的反对。
但事情并非如此简单，据李世甲与时任“海筹”副长的曾国晟等亲历者回忆，23位舰长联名控告还有另外原因。李世甲在《我在旧海军亲历记（续）》中认为海军部对各项制度的整顿，舰长的权利逐渐被限制在规定的范围内，特别是1934年，陈绍宽决意改革舰上公费由各舰长包干的制度极大地损害了舰长的利益，因而引起舰长的联名反对。[59]曾国晟在《海军大学风潮见闻》中认为风潮的起因是：舰长们认为陈绍宽要办这所大学（海军大学），要实现限制舰长的权力，同时要在舰长入学受训时，只许带公费的二成，而把其余的公费交公，按实物由海军总部发给，这直接损害到舰长的切身利益。同时，陈绍宽举办上尉级海军军官的考试制度亦激化了双方的矛盾[60]。
此事对陈绍宽打击很大，因反对者均为闽系海军高级将领。陈闻讯后即辞职赴上海休养，由陈季良代理部务。后来在蒋、汪的授意下，陈季良于1935年2月把林元铨调任海军军械处处长、高申宪调任海军引水传习所所长，以示惩戒后，陈绍宽始回部视事。原拟筹办的海军大学改在南京草鞋峡海军水雷营，两个日本教官仍在校内讲课。
经此风潮后，“原（拟）设在马尾的海军大学无形中停办了”，“所谓海军大学，不外是个讲习班而已”[61]。海军部统一海军教育的计划即告失败。