肯尼迪政府兑现诺言
肯尼迪及其顾问深知，一旦有关美苏导弹交易的消息泄露，将会对美国及其盟友的安全造成“具有爆炸性破坏的影响”，同时还将引发国会内共和党人、军方强硬派分子以及保守的媒体对美国政府的强烈批评。[48]因而，美国政府对此采取了极为严格的保密措施。10月28日，罗伯特·肯尼迪在与多勃雷宁会谈时重申苏联必须严守秘密，一切重要问题均由两人直接联系，不再通过任何中间环节。多勃雷宁根据两人27日晚上的谈话写了一份关于导弹交易问题的备忘录，这意味着双方达成了正式协议。但是，该备忘录以“不合时宜”为由被罗伯特·肯尼迪退回。[49]赫鲁晓夫则希望美方尽快撤走其在土耳其的导弹。10月29日，多勃雷宁将赫鲁晓夫给肯尼迪的一封密信转交给罗伯特·肯尼迪。赫鲁晓夫表示，他理解公开讨论拆除美国在土耳其的导弹基地对肯尼迪来说将是一个相当敏感和复杂的问题，同意不进行公开讨论，而是通过罗伯特·肯尼迪和苏联驻美大使继续就此进行秘密讨论。他强调，苏联领导层是在肯尼迪同意解决美国在土耳其的导弹基地问题之后才接受解决古巴问题的有关条件的，表示希望就该问题达成的协议将成为进一步缓和国际紧张局势的一个重要步骤。[50]赫鲁晓夫严守自己的承诺，甚至也没有将有关情况告知古巴领导人卡斯特罗。直至20世纪70年代，他才在回忆录中对此事做了轻描淡写。[51]
但是美国不愿就此做出任何书面承诺。10月30日，罗伯特·肯尼迪在征得他哥哥同意后告诉多勃雷宁：肯尼迪总统肯定了关闭美国在土耳其的导弹基地的协议，确定会就此问题采取适当的措施，以秘密的方式在北约范围内履行这一协议，使这一问题显得与古巴问题无关。他同时表示，白宫不准备以书信的方式对这种协议履行某种手续。罗伯特·肯尼迪强调，将来有朝一日他可能会竞选总统，如果有关土耳其导弹的秘密交易被泄露出去，将会对他的政治前途造成“无法挽回的伤害”。他重申，美国将在今后四五个月内拆除在土耳其的导弹，但不能做出任何书面的保证；如果苏联方面公开发表任何涉及此问题的文件，不仅整个交易宣告结束，而且也将影响两国关系的未来发展。因而，美国不能保存任何有关这一交易的书面文件，只能通过私下的、口头的方式商讨这一问题。他将赫鲁晓夫的密信退还给多勃雷宁。[52]与此同时，葛罗米柯也向美国驻苏大使表示，希望尽快在赫鲁晓夫与肯尼迪信件交流的基础上达成某种正式的协议，以便对双方都有约束力。
很显然，美苏之间最后达成的导弹交易方式与赫鲁晓夫想要的还是有一些差异。第一，交易是秘密的、私下达成的，而非赫鲁晓夫所要求的那种公开交易。应当说，在这一点是赫鲁晓夫做出了让步，同时这也给他造成了不少困难，使其在国内外处于不利的地位。第二，美国拆除土耳其的导弹与苏联从古巴撤走导弹有一段“体面的时间差”，并不是同步进行，这样就可以避免给人以美国与苏联进行交易的印象。尽管如此，按照苏联方面的理解，导弹交易仍然是整个协议的一个组成部分。11月1日，多勃雷宁告诉罗伯特·肯尼迪，赫鲁晓夫同意在导弹交易问题上不谋求达成正式的协议，并确信肯尼迪会履行自己的诺言。
为了维护北约联盟和美国的信誉，并使肯尼迪免遭国内和盟国舆论的攻击，美国政府只得使用一切手段来误导美国公众和世人，对导弹交易问题采取了极为严格的保密措施。除了肯尼迪兄弟、麦克纳马拉、腊斯克、邦迪等9位参加秘密会议的高层官员外，其他人对此毫不知情。邦迪回忆说，“据我所知，参加秘密会议的9个人没有告诉过任何人发生了什么。在每一个场合我们都否认交易的存在”。[53]官方的立场依然是，美国没有与苏联达成任何涉及土耳其导弹的交易。在随后很长的一段时间里，美国方面还采取了种种掩盖措施。肯尼迪在危机结束后分别打电话给前总统胡佛、杜鲁门和艾森豪威尔，称尽管苏联要求美国从土耳其撤走导弹，但被他拒绝了，美国不可能接受这样的交易。[54]1963年1—2月间，麦克纳马拉、腊斯克在回答国会议员有关这一问题的质询时都信誓旦旦地表示，美苏关于古巴的协议绝对不包括撤出在土耳其或意大利的导弹，苏联方面确实曾提出过这一要求，肯尼迪不仅拒绝讨论这一问题，甚至根本对此不予回答，危机的解决与任何形式的导弹交易都没有直接或间接的联系。麦克纳马拉甚至宣称，促使赫鲁晓夫从古巴撤走导弹的“唯一原因”就是他很清楚面临着遭受美国核打击的可能性。[55]腊斯克、麦克纳马拉等人一直坚持认为，美国并没有与苏联达成任何有关导弹交易的协议，只是把美国政府一直酝酿并决定拆除“木星”导弹基地的这一重要信息告诉了苏联方面。鉴于事关重大，肯尼迪决不会冒险与苏联进行任何所谓的交易。[56](https://www.daowen.com)
美国政府的掩盖不仅欺骗了美国公众和国会议员，同时也蒙蔽了盟国。1962年10月28日，腊斯克在与英国驻美大使戴维·奥姆斯比-戈尔会晤时首先表示，美苏之间不存在任何所谓的交易，双方达成的协议是，经过适当的核查和确认，只要苏联从古巴撤走进攻性武器，美国就不会对古巴采取军事行动。英国首相麦克米伦对肯尼迪在土耳其导弹问题上的“坚定立场”极为赞赏。腊斯克还电告美国驻土耳其大使黑尔和北约代表芬勒特，重申美国与苏联之间在土耳其导弹问题上没有任何交易。土耳其政府对危机的和平解决非常满意，认为土耳其与美国的关系经受住了考验，土耳其的对美外交取得了胜利，这是对土耳其依赖美国政策的回报，并对美国政府拒绝同苏联就土耳其导弹进行任何交易向肯尼迪表示感谢。土耳其外长厄尔金在议会发表讲话时强调，苏联曾试图与美国达成导弹交易，但被后者明确地驳回。危机结束后，美国负责欧洲事务的助理国务卿泰勒在与土耳其驻美大使会谈时重申，部署在土耳其的导弹是北约防御体系不可分割的一部分，美苏之间在这一问题上不存在任何交易，希望土耳其方面不要在意美国媒体所发表的一些缺乏事实根据的言论。[57]肯尼迪还授权黑尔代表他向土耳其政府阐明，美国拆除“木星”导弹问题绝非美国与苏联交易的一部分，更不是与苏联人进行任何交易的结果，美国的这一行动与古巴导弹危机的解决没有关系。[58]
另一方面，肯尼迪也准备履行自己的诺言，撤走在土耳其的“木星”导弹，并于1962年10月29日指示麦克马纳马拉组织人员着手研究这一问题。麦克纳马拉随即组建了一个部际特别小组，具体负责处理这一问题。麦克纳马拉对该小组强调，不要提出任何问题，也不要对任何人解释为什么这么做，只管着手去做，并限定在1963年4月1日将导弹撤离完毕。[59]国务院欧洲事务处对此提出反对意见，认为出于政治和心理上的考虑，在最近的将来任何拆除土耳其和意大利“木星”导弹的行动都会有损美国的声誉，不符合美国的利益。尽管最终美国或许这样做，但要等到美国在该地区部署了土耳其和意大利都可参与管理的核力量之后，决不能仓促行事，否则很难不让人怀疑美苏就导弹交易问题达成了秘密协议。美国国家安全委员会的罗伯特·科默认为，任何过早从土耳其撤走导弹的行为都只能给美国带来太多的麻烦，损害美国与北约国家及其他盟国的关系，促使赫鲁晓夫采取进一步的行动，从而削弱美国在古巴问题上的胜利。直到1963年1月初，他仍向肯尼迪建议不要撤走部署在土耳其的导弹。[60]诺斯塔德致函参谋长联席会议主席泰勒，强调在欧洲对美国的政策有所怀疑之时，如果在近期内拆除部署在土耳其的导弹，将对北约造成严重的负面影响，甚至会造成联盟的分崩离析。[61]就连一直支持进行导弹交易的腊斯克也改变了立场，向肯尼迪递交了一份7页的备忘录，认为这些导弹不仅在军事上对苏联构成了一定的牵制，而且出于政治和心理上的考虑，在最近一段时间内将其撤走是不符合美国利益的。[62]
所有这些反对意见并没有影响肯尼迪的决定。1962年12月中旬，麦克纳马拉向土耳其方面解释说，美国政府虽然坚决拒绝与苏联讨论任何所谓的导弹交易，但非常担心一旦对古巴的导弹基地发动攻击，苏联几乎可以肯定会对土耳其的导弹基地采取报复行动。因而，出于对土耳其安全的考虑，这些基地应尽快予以拆除，这显然也符合土耳其的利益。[63]同时，美国政府向北约盟友承诺，将在地中海地区部署“北极星”潜艇导弹，以保卫该地区的安全。1963年1月中旬，美国政府正式宣布将分阶段撤出部署在土耳其和意大利的“木星”远程导弹。至4月25日，美国将部署在土耳其的“木星”导弹全部撤离完毕。