当前我国全民健康覆盖发展的首要目标是消除因制度设计导致的不公平。新农合与城镇职工基本医疗保险的筹资水平差距高达10～20倍，而两者的医疗消费水平只有4倍左右，由此必然带来补偿水平的差距，从而造成由于制度设计的不公平引起的健康水平的不公平。为消除制度引起的消除不公平，将现有的以身份为划分依据的三个基本医保制度整合，建立起城乡统一的基本医疗保障制度，真正实现全民健康覆盖以及公平与效率的统一，保障我国居民无论就业状况和住在城乡，从而根据医疗卫生服务需要而不是身份差别以及经济能力的不同而享有基本医疗卫生服务。
目前，国家虽还未出台基本医疗保险整合的指导方针，但1/3的省已经开展整合的改革探索，其中现阶段比较可行的做法是先将城镇居民医疗保险与新农合制度进行整合。因为城镇居民基本医疗保险制度与新型农村合作医疗制度在政策框架和筹资水平方面基本一致，整合起来相对阻力小、易操作、见效快。其并轨的主要措施包括：筹资一体化、管理一体化、医疗保障待遇一体化、医疗服务一体化。其中，管理一体化是突破口。为实现一体化的全民医疗保险制度，现阶段可分三步走：
第一步，到2025年前在全国范围内完成城镇居民基本医疗保险制度和新农合制度的整合。目前全国已有天津、青海、山东、重庆、广东、宁夏、浙江、新疆生产建设兵团以及35个地级市和40多个县展开试点，但尚需进一步在全国范围内进行有效的城乡医疗保险制度的整合。(https://www.daowen.com)
第二步，即2025年到2025年逐步实现城乡居民和城镇职工大病保障待遇的统一目标，使患大病的人群无论参加哪种医疗保险，都可以获得大致相同的保障待遇。在此期间，建议政府对新农合和城居保的补助水平提高到年均增加80～100元，同时个人筹资每年增加20～40元，使得城乡医保的筹资水平可以接近城镇职工基本医保的筹资水平，从而为进一步整合基本医保制度奠定坚实基础。
第三步，即2025年到2025年最终建立统一的覆盖全体国民的一体化的基本医疗保障制度。
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