一、诊断
这一时期的诊断强调全面应用四诊的必要性，在舌诊、问诊、脉诊上均有系统论述。过去只注重望色与诊脉的现象得到纠正，有关问诊、闻诊的专论和望诊专著有较多增加，医家普遍强调四诊合参的重要性。如孙志宏《简明医彀》在“临床须知”提出：“切脉固重，望、闻、问尤居先。”八纲辨证在明代已逐渐形成。
（一）望诊
明代医家对望诊的研究更为深入，如喻昌《医门法律·望色诊》指出“察色之妙全在察神”，以窥气血之盛衰。李中梓《医宗必读·色诊》更是选择历代有关色诊之大要，详加阐发。王肯堂对观察病人形态十分重视，《证治准绳》作有详细描述。对舌诊的研究则以申斗垣的《伤寒观舌心法》为著，该书在元代《敖氏伤寒金镜录》基础上对舌诊理论及临床作了详细阐述，将前人36种舌图扩为135种，集历代舌诊之大成。申氏运用分经、运气等理论，把舌和证联系起来。其对舌诊的研究，充实了望诊内容，对后世舌诊的发展贡献颇大，如清代《伤寒舌鉴》《舌鉴辨证》等均受其影响。
（二）问诊
明代不少医家强调问诊，李梴《医学入门》列举问诊事项55条。徐春甫强调四诊合参，重视问诊，认为：“医者不可不问其由，病者不可不说其故。”李中梓谓：“凡至病家，未诊先问，最为要法。”张三锡将李梴的55问，简化为28问；张介宾又简化为10问，编成“十问歌”，即“一问寒热二问汗，三问头身四问便，五问饮食六问胸，七聋八渴俱当辨，九因脉色察阴阳，十从气味章神见”。张介宾的十问歌，要而不繁，简而有当，易记易行，为后世遵行。崇祯十六年（1643年），喻昌在《寓意草》中，提出问诊应包括病始于何日、目前昼夜孰重、寒热孰多、饮食喜恶多寡、二便滑涩无有、初服何药、次服何药、某药稍效、某药不效及形志苦乐若何等内容，对后世颇有影响。
（三）脉诊
明代脉学发展尤为突出，不少医家在前人研究基础上结合自己的临证经验进行阐发。有关脉学专著大量出现，如李言闻的《四言举要》、李时珍的《濒湖脉学》、李中梓的《诊家正眼》、吴崑的《脉语》、翟良的《脉诀汇编》、邹志夔的《脉理正义》及张介宾的《景岳全书·脉神章》等，它们都反映出明代脉学的研究特点。(https://www.daowen.com)
1.脉象归类，由博返约
撷取明以前脉学著作中切合临床实用的脉象种类，使之由博返约。在脉形的认识方面逐步趋于统一，并多以歌诀形式分述，便于记忆，适于临床实用。如李时珍《濒湖脉学》论述27脉，每种脉象先简明援引前人记载，继而以“体状诗”“相类诗”“主病诗”或“体状相类诗”分别叙述各种脉象特点、鉴别及所主疾病。既能博考，又能精研，便于诵习。李中梓《诊家正眼》也采用这一形式，将历来各种脉象归为28种，编成四言歌诀，加以归纳总结。
2.脉学理论，深入研究
明代对前贤脉义进行系统总结并深入者，当推《景岳全书·脉神章》。张介宾以极为翔实的资料总结《内经》《难经》、仲景及历代诸家脉义，并从脉神、部位、正脉、四诊、胃气、从舍、逆顺等方面对脉学理论广加阐发。注重审查独特脉象，强调从脉之部位、脏气及脉体，详论诊脉之三独，说明诊脉的要旨。张氏还将历来繁多之脉象归为正脉16脉（即浮、沉、迟、数、洪、微、滑、涩、弦、芤、紧、缓、结、伏、虚、实），并对此作详述和鉴别，为后世脉诊的进一步发展奠定基础。
（四）八纲辨证
阴阳表里寒热虚实八纲是中医辨证论治纲领。关于八纲内容，虽然明以前历代医家各有所述，但八纲辨证纲领直至明代才得以确立。楼英《医学纲目》也提出类似八纲辨证的要点，主张诊病必先分气血、表里、上下、脏腑之分野，再查虚实寒热。王执中《东垣先生正脉》指出：“治病八字，虚实阴阳表里寒热，八字不分，杀人反掌。”孙一奎《赤水玄珠》认为，辨证以寒热、虚实、表里、气血为要，指出“凡证不拘大小轻重，俱有寒热虚实、表里气血八个字”。方隅《医林绳墨》认为：“虽后世千方万论，终难违越矩度，然究其大要，无出乎表里、虚实、阴阳、寒热八者而已。”龚廷贤《万病回春》把“表、里、虚、实、寒、热、邪、正”归为八要，作为纲领。张三锡《医学六要》指出“古人治病大法有八，曰阴曰阳、曰表曰里、曰寒曰热、曰虚曰实，而气血痰火尽赅于中”，张氏虽未提“八纲”两字，但对八纲内容则作了全面概括。缪希雍《神农本草经疏》，提出杂病证治中的阳虚、阳实、阴虚、阴实、表虚、里虚等证的辨证要点。张介宾《景岳全书》明确提出：“凡诊病施治，必须先审阴阳，乃为医道之纲领。”进一步指出：“六变者，表里寒热虚实也，是即医中之关键，明此六者，万病皆指诸掌矣。”张介宾以阴阳为总纲，以二纲统六变，至此“八纲”作为辨证纲领方始确立。
对疾病的鉴别诊断，明代有明显进步。王肯堂对癫、痫、狂的鉴别；张介宾对卒中中风与外感中风的区分；虞抟《医学正传》对肠痈的描述；沈之问对麻风、痛风、白癜风等“风”病的诊治，都反映当时诊断的进步。