蛋白质可以按照蛋白质来源、组分、分子形状、结构和功能等进行分类。按照来源可分为动物蛋白和植物蛋白。按照组成成分蛋白质通常可以分为简单蛋白质、结合蛋白质和衍生蛋白质。简单蛋白质经水解得到氨基酸和氨基酸衍生物;结合蛋白质经水解得到氨基酸、非蛋白的辅基和其他;蛋白质经变性作用和改性修饰得到衍生蛋白质。