横沙东滩于长江口海域，属亚热带季风气候区，四季分明、温暖潮湿、光照充足、雨量充沛；夏季受太平洋暖气团控制，盛行东南风；冬季受欧亚大陆冷气团控制，盛行西北风；春末夏初为梅雨期，秋初多阴雨。多年平均气温约17.1℃，平均降水量约1160.7 mm，夏、冬季受台风、寒潮影响。
