两组织关系进入新时期(1978—2001)
非、阿第一次首脑会议确立了两组织的合作方向，然而到了1978年，由于中东和非洲内部的问题，非、阿合作关系出现新变数，其原因主要有：
其一，1973年“十月战争”之后，阿、以冲突发生了新的变化。1976年3月，埃及废除了《埃苏友好合作条约》，同年6月，与美国签订了《埃美关系和合作协定》，埃及走上联美抗苏道路。1978年9月，埃及、以色列和美国3方的戴维营和谈以及随后在白宫签署的《关于实现中东和平的纲要》和《关于签订埃以合约的纲要》两个文件，是埃及在阿、以冲突中战略转变的重要标志。
1980年2月，埃、以实现了关系正常化，导致了阿拉伯国家分化和改组。利比亚、叙利亚、阿尔及利亚、南也门、巴勒斯坦解放组织等4国5方组成“拒绝阵线”，要求严厉制裁埃及，拒不承认以色列存在。伊拉克也持类似态度。沙特阿拉伯、约旦、突尼斯、摩洛哥、北也门、阿联酋等近10个国家被称为“温和派”国家，也反对戴维营协议，同意制裁埃及，但留有余地，认为以色列国家存在也是既成事实，但坚决反对其扩张侵略。而阿曼、苏丹和索马里，则不同程度地支持戴维营协议。1979年3月31日，“阿盟”外长和经济部长在巴格达举行会议，通过了谴责埃及的决议，中止埃及的“阿盟”成员国资格，把“阿盟”总部由开罗迁往突尼斯，要求阿拉伯国家中断与埃及的关系。除阿曼、苏丹和索马里外，大多数阿拉伯国家同埃及断绝了外交关系。伊斯兰会议组织也采取了相同措施，把埃及开除出组织。从此以后，阿拉伯世界经历了一个痛苦的分裂时期。
1979年，非统首脑在蒙罗维亚举行会议，非洲的阿拉伯国家联合一些激进的撒哈拉以南非洲国家试图把埃及从非统中开除出去。非统抵制住这股压力，拒绝采取相同步骤，并继续欢迎埃及参加自己的活动。如此，对非、阿合作造成了负面的冲击。1979年的第六届不结盟首脑会议上，在撒哈拉以南非洲国家的帮助下，埃及保住了该运动成员资格。另外，1980年埃、以关系正常化之后，有不少非洲国家认为，它们继续同以色列断交的理由已不复存在。
其二，1980年，伊朗与伊拉克战争爆发，致使阿拉伯国家把注意力与援助从非洲转移到海湾地区。两伊战争的重要性代替了非、阿合作的重要性。大多数阿拉伯国家积极支持伊拉克，反对伊朗激进的伊斯兰革命。进入20世纪90年代，伊拉克入侵科威特，海湾问题成为一些阿拉伯国家优先考虑和解决的问题。同时，非洲国家则把非、阿合作的注意力转到利比里亚、卢旺达、索马里和埃塞俄比亚等非洲地区的冲突之中。
其三，“西撒问题”导致了非洲国家分裂为两部分。一部分以杜尔为首的支持摩洛哥一方，另一部分是以尼雷尔为首的支持西撒和阿尔及利亚一方。它们的分歧几乎使非统崩溃，直接导致了监督非、阿合作的组织瘫痪。非洲国家矛盾在非、阿合作得到表现。
其四，非洲与阿拉伯国家出现不和。一些非洲国家指责阿拉伯国家向反政府叛乱组织提供资金和军事援助，干涉它们的内政。阿拉伯国家错误地采取支持“安盟”立场，而“安盟”一直得到南非和美国援助。非、阿不和还表现在石油价格、利比亚与埃及争执、苏丹支持“厄立特里亚解放阵线”反对埃塞俄比亚、阿拉伯国家支持乌干达总统阿明反对坦桑尼亚和赞比亚、在扎伊尔沙巴省武装冲突中阿拉伯支持蒙博托总统等问题上，这些都不断地侵蚀着非、阿联盟基础。毛里塔尼亚与塞内加尔、埃塞俄比亚与索马里的冲突被视为非、阿之间的种族争端。(https://www.daowen.com)
其五，资金不足，援助非洲计划难以实施，引起一些非洲国家强烈不满。虽然从1973至1980年，阿拉伯国家转移到非洲的资金大幅增加。1974年“石油输出国组织”成员国对第三世界国家的官方发展援助资金约为25亿美元，占受援国国民生产总值的1.7%。从“石油输出国组织”成员国向第三世界转移的资金，1974年为50亿美元；1975年已增加了66%，为90亿美元。但这些仍然不够，有2个方面原因： 一方面，阿拉伯资金掌握在接受西方教育亲西方的银行家手里，他们习惯在欧洲、美国和日本市场，而不是在第三世界寻求安全投资。迫使阿拉伯国家投资发生根本转变的原因是它们依赖西方技术、工业用品和粮食。更重要的是，它们中的一些国家还依赖西方的武器供应。[43]据估计，1973至1982年，阿拉伯石油美元流向西方国家的总额高达3 500多亿美元，而给非洲国家提供的援助总额仅为75亿美元。另一方面，20世纪80年代石油价格下跌的“危机”(石油供过于求)损害了石油生产国经济，阿拉伯石油生产国收入大幅下降，从而也减少了对非洲大陆资金援助。
其六，以色列坚持不懈的非洲工作，取得了成效，直接影响非、阿之间的合作。1973年，撒哈拉以南非洲国家同以色列断交之后，以色列的外交官从撒哈拉以南非洲撤回特拉维夫，然而，其大多数专家和技术人员仍留在那里，他们不但在非洲继续执行原来的项目计划，而且还不断地加强和扩大在撒哈拉以南非洲的活动，积极地在经济、贸易和军事等方面发展双边关系。据以色列官方人士和工会运动人士提供的材料，以色列继续同22个非洲国家保持着军事、贸易和经济等方面联系，同少数国家还保持外交关系；但是约有1万名以色列人在撒哈拉以南非洲工作和生活，其中约有4 000多名技术人员、军事顾问和商人参与各项活动；以色列同撒哈拉以南非洲国家的贸易额每年都在2亿美元以上，1981年以色列向撒哈拉以南非洲国家的出口总额达到12．5亿美元以上。
1973年之后，以色列向撒哈拉以南非洲出口的商品构成不同于断交之前，是以军火交易为大宗。以色列派出大批军事顾问帮助训练非洲国家军队的同时，还派遣各种技术人员到撒哈拉以南非洲参与当地经济建设。另外，以也向撒哈拉以南非洲国家秘密地出售和转让大量的技术和专门技能。[44]扎伊尔和利比里亚先后与以色列复交。
但是，在短时期内，在以色列的“外交攻势”和美国推动下，尽管撒哈拉以南非洲少数温和派国家会同以色列恢复邦交关系，但是大多数撒哈拉以南非洲国家还继续遵守非统的有关决议，维护同阿拉伯的团结，坚决地声援与支持阿拉伯国家和巴勒斯坦人民反对以色列的正义斗争，特别是一些激进的非洲国家。
20世纪80年代以后，非统与“阿盟”的合作关系受到很大干扰和制约，但是两组织还是取得了一些成果。自1977到1994年，“非、阿合作常设委员会”共召开了11次会议，但比预想的24次减少了一半。部长联合会议和首脑会议没能再召开会议。“非洲和阿拉伯法院”没有成立。1977年3月，监督非、阿合作的机构也没有像预想的那样运行。1972年“阿盟”第七届首脑会议，为援助阿拉伯和非洲国家而成立的阿盟机构——“阿拉伯基金”，1976年开始运行。“阿盟”总部暂时转移到突尼斯后，“阿拉伯基金”继续发挥作用。通过该基金，成百上千的专家被派遣到非洲国家；得到奖学金资助的非洲学生在埃及大学和学院学习。另外，在喀土穆的“阿拉伯经济发展银行”和在阿比让的“非洲开发银行”继续成功运转。不同的阿拉伯基金为许多非洲工程项目提供资金。1980年为非洲成立的“埃及技术合作基金”仍在活跃着。
20世纪90年代，非、阿合作进入新时期。为了弥合非、阿国家之间的信息鸿沟，非统提出了几项战略： 设立投资促进委员会和增进互访；设立非洲国家商务、金融和投资推动机构与阿拉伯国家相应机构直接联系；通过适当的新闻媒体和具体相关部门的媒体进行宣传，以及定期举办有关商品交易和电子营销的论坛或研讨会，等等。非统与“阿盟”一致同意在马里成立“非洲、阿拉伯文化学院”。