“戾气学说”的形成
中医关于传染病的记述由来已久。《素问·刺法论篇》曰：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”《诸病源候论》载“人感乖戾之气而生病”“病气转相染易，乃至灭门，延及外人”。汉代张仲景撰《伤寒杂病论》，创立伤寒学说，将传染病包括在“杂病”（急性病）之内，运用六经辨证来诊治。后世多数医家尊崇汉代张仲景的伤寒学说来解释、诊治传染病，少有突破。
直至元末明初，医家王履提出“时行……温疫（传染病）等，决不可以伤寒六经病诸方通治”，明确将传染病与一般的季节性流行病区别开来。清代叶天士、薛雪、吴瑭、王孟英等在此基础上进一步发展，提出较为系统的传染病学说——温病学说，创立卫气营血辨证、三焦辨证。但这一学说并不追求传染病病原体的研究，而是重新步入传统理论的窠臼。明清时期，只有著名医学家吴又可独树一帜，提出传染病病原体假说——“戾气”学说，在传染病病因病理等方面提出全新观点，可谓独具慧眼，勇于创新。
吴又可，名有性，江苏吴县（今江苏苏州）人，大约生活于16世纪80年代至17世纪60年代。吴氏生活的年代，由于封建统治的昏暗，人民生活极度贫困，瘟疫流行猖獗。据《明史》记载，从永乐六年（1408年）至崇祯十六年（1643年），发生大瘟疫达19次之多。其中1641年流行的一次瘟疫，波及河北、山东、江苏、浙江等多个省份。目睹惨状，吴又可十分悲愤，尖锐地指出，患者“不死于病，乃死于医；不死于医，乃死于圣经之遗亡”。即死亡的原因是当时的医生只知用伤寒法来治疗疫病。从此，吴又可致力于传染病研究，悉心观察，及时总结经验，于1642年著成《温疫论》2卷，创立了新的传染病学说——“戾气”学说。
吴又可提出传染病是由“戾气”引起的。《温疫·伤寒例正误》载“夫疫者，感天地之戾气也。戾气者，非寒、非暑、非暖、非凉，亦非四时交错之气，乃天地间别有一种戾气”。他将“戾气”也称为杂气、异气、疠气或疫气，突破了前人关于时气、伏气、瘴气以及百病皆生于六气的传染病病因观点。
“戾气”是通过口鼻侵犯人体体内。经典的伤寒学说认为，病因是寒邪，寒邪侵犯人体是由“皮毛—腠理—半表半里—里”而发展的，至今仍为医家所遵从。后起而与伤寒学说对峙的另一种传染病学说——温病学说则认为，病因是温邪侵犯人体，是由“口鼻—上焦（心肺）—中焦（脾胃）—下焦（肝肾）”而发展的，这一学说至清代方形成体系。吴又可先于清代温病学家提出“邪从口鼻而入”，且病因是“戾气”。他还指出人体感染“戾气”的方式有两种：一种是“天受”，即通过自然界空气传染；另一种是“传染”，即通过与患者接触传播。不过，只要是同一种“戾气”，不论是“天受”还是“传染”，所引起的传染病症状基本是相同的。
吴又可认为，“戾气”具有特异性。人类和动物的传染病是由于不同的“戾气”所引起的。他指出，有些“戾气”只使动物发病，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭瘟等，而人却不会得病；而且他发现有“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病”的现象。如果没有细致观察和认真鉴别，很难总结出“其所伤不同，因其气各异”这样正确的结论。此外，他还认识到，“戾气”的种类不同，所引起的疾病也不同，侵犯的脏器部位亦不一样，如“为病种种，是知气之不一也”，还明确提出“有某气专入某脏腑经络，专发为某病”。这些精辟的见解，与现代传染病学的认识基本一致。(https://www.daowen.com)
吴又可认识到“戾气”致病的相关因素和流行特点。在《温疫论·病原》中，吴又可指出，人体感受“戾气”之后是否致病，则取决于“戾气”的量、毒力与人体的抵抗力。如果“戾气”量大、毒力强、人体抵抗力低，则容易发病，相反则不易致病。“戾气”引起的传染病，可表现为大范围流行和小区域散在发病，并有地区性和时间性的致病特点，如“或发于城市，或发于村落，他处安然无有”“在四时有盛衰”等。
“戾气”是物质性的，可采用药物治疗。吴又可指出，虽然戾气具有“无形可求，无象可见”“无声复无臭”，难以“得闻得睹”的特点，但是它确实是客观存在的物质，他肯定地说：“气即是物，物即是气；物者气之化也，气者物之变也。只是我们肉眼尚不能看见罢了。”可见，吴又可的传染病学说已经将“戾气”作为病原体而描述得非常具体，只是由于观察病原体的工具——显微镜尚未发明，因而离真正揭示病原体的真相只差一步之遥。但吴又可在对病原体的形容和认识方面已经达到一定的水平，这在当时的确是难能可贵的。“戾气”既然是一种物质，就完全可以用药物来制服，正所谓“夫物之可以制气者，药物也”。因此，他创制了达原饮等一系列名方。
吴又可首次将痘疹、疔疮等外科化脓性感染的病因归之为“戾气”，使之与近现代细菌等病原体的认识更趋接近。如，疔疮、发背（背部化脓性感染）、痈疽、流注（深部化脓性感染）、流火、丹毒与天花、水痘、麻疹之类，以前医家认为是心火所致，其实不是“火”，而是“杂气所为”。在吴又可之前的医家解释化脓时，几乎都认为是气血郁滞、化火腐败所致，大多注重全身经络气血不和，很少医家观察并注意到局部病原体的存在。所以，吴又可的这一创见，具有重要的意义。
吴又可在传染病原、传染途径、特异性等方面，提出了许多富有创新意义的卓越见解，他的“戾气”学说可以说是中国传染病学史上的里程碑。可惜这一里程碑之后，并没有一位医家沿着他的思路，继续深入下去，发展成为现代传染病、病原微生物学科。现代学者认为其原因很多，而主要原因有两个：一是吴又可之后的医家没有能够突破传统理论的思维框架——论宏观而忽视微观，不深究病原体；二是同时期欧洲发明的显微镜未及时传入，使得医家缺少借以观察微观世界的工具。