部分地区仍存在着卫生行政部门监管权限不明晰、职责定位模糊等问题。如医疗机构的管理者具有行政级别，县级卫生行政部门领导的级别与其可能是同级甚或更低，在一定程度上阻碍了卫生行政机构对医疗机构的有效监管。随着县级医院综合改革的推进，政府投入增加，个别地区政府存在干涉医院自身经营管理、“侵权”卫生局监管职能的现象。这说明现代医院管理制度并没能真正建立起来，仍然停留在文件阶段。这些都是不利于完善监管机制和加强卫生行政部门监管的。
