官本船贸易与首次禁商下海
这个阶段以官本船制度的设立为始，以终止禁商下海为界。世祖至元二十一年（1284年），是这个阶段开始的年份，英宗至治三年（1323年）是其终止的时点。虽然跨越四十年之久，但变化一再，海禁时间短，开禁时间长。
此阶段的一个重要特征是出现官本船制度。至元二十一年，元朝在杭州和泉州设立市舶都转运司，“官自具船、给本，选人入蕃，贸易诸货。其所获之息，以十分为率，官取其七，所易人得其三。凡权势之家，皆不得用己钱入蕃为贾，犯者罪之，仍籍其家产之半。其诸蕃客旅就官船卖买者，依例抽之”。[40]
这是元朝海外贸易官本船制度的起始，也是目前可见记载最明确的关于官本船的规定。按照上述规定：
第一，官本船制度建立时，只在杭州和泉州两地实行。
第二，航海贸易的船舶和本钱都来自官方，元朝拨出十万锭纸钞作为初始经费。
第三，出海商人、船员由官府选择确定。贸易所得官收七成，其他人得三成。
第四，官本船之外，包括权贵在内的任何人，都不能用私人钱财出海贸易，违者罚没其家产的一半。(https://www.daowen.com)
第五，外国商民只能与官本船贸易，并按章纳税。
官本船制度是时任宰相的卢世荣所创。[41]先前由于他的理财构想得到世祖赏识，因而获得相位。“卢世荣，大名人也。阿合马专政，世荣以贿进，为江西榷茶运使，后以罪废。阿合马死，朝廷之臣讳言财利事，皆无以副世祖裕国足民之意。有桑哥者，荐世荣有才术，谓能救钞法，增课额，上可裕国，下不损民。世祖召见，奏对称旨。”[42]
蒙元时期，统治者已经有将社会资源集中起来加以垄断和控制，以便强兵富国的做法。至元二年（1265年）三月，“罢南北互市，括民间南货，官给其直”。[43]这是用政权力量垄断南货，跟北宋初年进口商品全部专卖颇相似。
卢世荣也主张国家垄断经济，包揽利权。在他创立官本船制度前后，曾在京师实行官府酿酒和销售，排斥私人经营的政策，“京师富豪户酿酒酤卖，价高味薄，且课不时输，宜一切禁罢，官自酤卖”；还在产铁之地，垄断铁器铸造和销售，“尽禁权势所擅产铁之所，官立炉鼓铸为器鬻之”。[44]
官本船贸易照理应该是元朝国内工商业垄断贸易在对外贸易的延伸。但奇怪的是，该制度是排斥私商自主经营的海外贸易，代之以由官方掌控的海外贸易，却与专卖制度拉开了距离，没有在全国范围内长期实行宋朝那样的进口商品的专卖。这种转变的原因是什么，有待探讨。
官本船制度的推行，把海外贸易从往日以民间商人为主体、相当自由开放的状态，改为由官府指定的商人垄断经营，取消了私商独立经营航海贸易的合法性。商人只有得到批准加入官本船，成为其中一员，才能分沾余润。所有远洋贸易商船都是官本船，所有海外商舶都要跟官本船做交易。与此同时，市舶司在外贸中的地位和作用相应下降。这是市舶贸易制度出现危机的早期信号，一个下行的阶梯。这也是元朝首次禁商下海和首次海禁。明代海禁和市舶司的末路与元朝此举关联。