学术渊源于《伤寒论》，又具有初步温病学的思想
喻嘉言在《医门法律》卷五中明确提出：“谈医者，当以《灵》《素》为经，《金匮》为纬，读《灵》《素》而不了了者，求之《金匮》，矩获森森。”观喻氏著述，确是言不离《灵》《素》，论不离《伤寒》《金匮》。他对仲景推崇备至，称为先师、亚圣，自谓“数十载寤寐诚求”，潜心致志研读仲景之《伤寒论》等，而且在临床上身体力行，反复实践、在治学上收授门徒推而广之。故中医学之得以连绵不绝流传至今，喻氏实亦有一份功劳。
随着社会的发展，人与自然环境的关系更加密切，人对周围事物，包括疾病的产生、发展、变化以及预后的认识，不断丰富，不断深化。疾病本身也因为社会环境的变迁而逐渐复杂化，有一些疾病过去不被人们认识，有一些疾病是随着社会的变迁和人群的流动而产生的。因此，单凭《灵》《素》及《金匮》《伤寒》就不能完满地解决当时产生的一些新的疾病，也就是说，不能满足不断发展的中医学的需要。故岐黄仲景之后，历代医家都在不断探索新的路子，从而产生各种医学流派，这就在不同程度上充实、丰富了中医学的内容，为中医学的流传和发展做出了重大的贡献，如金元四大家之刘完素、张从正、李东垣、朱丹溪等。虽然喻氏对历代医家贬多于褒，但是，他认为“三人行必有我师”。因此，对晋以来医家还是采取了“综列群方，赞其所长，核其所短”这样一种比较得体的态度，故他的学术思想免不了受这些医家的影响。
固然喻嘉言以前温病学派尚未形成，但作为一种学说的雏形，在刘河间的论著中已朦胧可见。而明末战乱不已，温热病流行也给温病学说的发展提供了有利条件。喻氏就是在这样的环境中攻读医书悬壶济世的。一方面，他推崇张仲景；另一方面，他不可避免地受到诸如金元四大家等历代医家的学术影响以及对当时流行病的亲身体验。所以，他的学术思想既脱离不了仲景的《伤寒论》，但也具有温病学说的某些特点。
例如，他在《尚论后篇》卷一中说：“仲景书详于治伤寒，略于治温，以法度俱错出于治伤寒中耳。”在该篇卷二又说：“汉末张仲景……著《伤寒论》……于中温证一法，划然天开，步步著实，绎伤寒家，成朱十余辈，义例多获，独温证从不知为何，予步趋仲景先师，至老不辍，诸公会讲、大举温证以建当世赤帜。”在《尚论篇》卷三关于痰病的论述中，他认为后世医家把“食积虚烦痰饮脚气”及“冬温、温病、寒疫、热病、风湿、霍乱、痉、内痈、蓄血，为类伤寒十四证”是“歧派”。又认为“仲景春夏秋三时之病，既以冬月之伤寒统之，则十四证亦皆伤寒中之所有也”。以上可以说明喻氏推崇张仲景，深受《伤寒论》影响，可谓亦步亦趋矣。
虽然他对晋以来自王叔和以下历代医家多有指谪，但是对后世诸家，如金元四大家的著述，也颇有研究，这是不容否认的。《医门法律》卷三就有：“刘河间则主火为训，是火召风入，火为本，风为标矣。李东垣则主气为训，是气召风入，气为本，风为标矣。朱丹溪则主痰为训，是痰召风入，痰为本，风为标矣。”此外，在《尚论后篇》卷二又指出：“丹溪研心杂证，不事仲景，遇外感宗东垣补中益气，兼行解法，终非正法……东垣不解伤寒正治，盖一生精神在内伤也，乃从内经深入至理，发出冬温春温二义，真千百年之一人也。”如果对诸家著述没有精心研讨，哪能发出如此议论。(https://www.daowen.com)
此外，他联系当时疾病之“触冒寒邪之病少，感发温气之病多，寒病之伤人什之三，温病之伤人什之七”等实际情况，创造性地提出“似此则温证之分经用法，比之伤寒大有不同”（《尚论后篇》卷一）这一名言。
综上述，喻嘉言的学术思想，主要是渊源于仲景之《伤寒论》，同时博采众家，特别是金元四大家的著述，扬长弃短，揉合己见，具有初步的温病学的思想。但是，由于他过分崇拜张仲景，因此，他的学术思想始终囿于《伤寒论》之框架而没有取得更大的突破。不过，也不能因此说明他在学术上毫无建树，对后人无可借镜。事实上，他的学术见解对于温病学派的形成以及沟通伤寒与温病两大学派的学术交流是有一定作用的。此外，他的临床经验和治学治医精神对后学者也有一定的影响。
例如清代著名温病学家叶天士关于“辨营卫气血虽与伤寒同，若论治法则与伤寒大异也”的著名论点，个人认为是深受喻氏关于伤寒与温病之分经用法“大有不同”的思想影响的。
又如现代名医章次公关于温病发热的辨证施治中，对神识有恍惚状的证候，认为是“虚人患温，用药最难，盖虚当补之，而补有碍邪之弊，不补则正气不支”。指出：“喻嘉言谓虚人于解表药中加参，其效乃捷，实有至理。”方用清热解毒、化浊利湿的甘露消毒丹、鸡苏散等品，加入大量党参（24 g）为治，即从喻氏人参败毒散悟出。又《泄泻》门治疗“恶寒发热……腹痛、泄泻”之症时，指出“喻氏逆流挽舟之法，本为下痢夹表而投，其实治泄泻亦可用。”因此方取羌、防、柴、葛等既可解表，又能升清之品，所谓“鼓舞胃气上腾，则泄泻自止”。