一、观察法

认识来源于实践，科研始自于观察。特别是古代科学家，认识自然规律，总是从观察着手的。吴又可生在明代末年，在《温疫论》成书的1642年前后，他的家乡江苏吴县连年疫病流行。全国也正流行大规模传染病，山东、浙江、河北与江苏尤为严重，而当时的医家却多以治伤寒病的方法治疗温疫，导致枉死者不可胜计。

他观察到不同的病原体具有不同的特异性，从而导致各种不同类型的传染病；而感染同一种传染病的患者，则具有相同的疾病表现：“是气也，其来无时，其着无方；或发于城市，或发于村落，众人有触之者，或时众人发颐；或时众人头面浮肿，俗名为大头瘟是也；或时众人咽痛，或时咽哑，俗名虾蟆瘟是也；或时众人疟痢；或为痹气，或为痘疮，或为斑疹，或为疮疥疔肿，或时众人目赤肿痛；或时众人呕血暴亡，俗名为瓜瓤瘟、探头瘟是也；或时众人瘿痎，俗名疙瘩瘟是也。为病种种，难以枚举。大约病遍一方，延门阖户，众人相同。”除了对温疫的大流行有深刻的观察之外，他还细心地注意到一些散发性的传染病，他称之为“微疫”：“疫气不行之年，微疫亦有，众人皆以感冒为名，实不知其为疫也。”“至人发颐、咽痛、目赤、斑疹之类，其时村落中偶有一二人，所患者虽不与众人等，然考其证，甚合某年某处众人所患之病纤悉相同，治法无异。此即当年之杂气，但目今所钟不厚，所患者稀少耳。此又不可以众人无有，断非杂气也。”他告诫人们不要因为发病人数少，未成流行之势，就误以为非传染病而有所忽视。同时，他还把观察的范围从人类扩展到动物，发现传染病具有种属感受性和种属免疫性：“至于无形之气偏重于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭瘟，岂当人疫而已哉？然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而牲畜不病，究其所伤不同，因其气各异也。”此外，他还观察到许多外科感染性疾病，也是杂气所为，不应该责之于火：“至又误认为火者，如疔疮、发背、痈疽、流注、流火、丹毒与夫发斑、痘疮之类……实非火也，亦杂气之所为耳。”他大胆地突破六淫致病的传统观念，将30余种病归结为杂气所感，如：霍乱、痢疾、疟疾、麻风、痘疮、发颐（急性腮腺炎）、目赤（急性结膜炎）等。以现代医学知识来看，除少数几种病不够准确之外，大多数病的确是各种病原微生物感染所致，符合他所说的杂气致病的观点。他还观察到温疫的传染途径是通过上呼吸道、消化道或接触传染所致：“此气之来，无论老少强弱，触之者即病，邪从口鼻而入。”“邪之所着，有天受，有传染，所感虽殊，其病则一。”(https://www.daowen.com)

尽管吴又可没有留下具体的观察报告和统计数字，尽管他不可能发现致病的最终原因是各种病原微生物，但从以上的论述来看，他对各种急性传染病的观察可谓视野开阔，细致入微，在医学史上具有很高的科学价值。