虽尊崇“客邪贵乎早逐”，但并不盲目攻下
其一，强调辨证施治，见“邪已入胃”方使用下法。他在治疗“脉不浮不沉而数”，邪不在经亦不在里的温疫初起之证时，独创达原饮，“使邪气溃败，速离膜原”；在治疗温疫“邪渐入胃”并见三阳证者，使用达原饮三阳加法，若并见里证者则改用三消饮；对“温疫脉长洪而数，大渴复大汗，通身发热”者，选用白虎汤，取其辛凉发散之性，使邪从表而解。吴氏在使用下法时，虽不拘结粪，但仍限于“邪气入胃”的情况，即“若邪已入胃，非承气不愈”。此观点颇似刘河间、张子和“客邪贵乎早治”“早拔去病根”先证而治的思想。戴天章在所著《广温疫论·下法》中也提出：“伤寒上焦有邪不可下，必待结在中下二焦方可下；时疫上焦有邪亦可下，若必待结至中下二焦始下，则有下之不通而死者。”
其二，使用下法，以脉为据。吴氏治疗温疫敢于大胆使用下法，源于他对疾病病因、病机及其传变规律的准确把握，虽不拘于结粪，但多以“脉沉”为应下标志。吴氏经验，患者脉沉，表明邪毒已入胃，此时应用下法，可达攻邪防变之效。
后世吴鞠通深受其影响，《温病条辨》中焦阳明温病也以辨脉作为使用下法治疗的主要依据：“面目俱赤，语声重浊，呼吸俱粗，大便闭……阳明温病也。脉浮洪躁甚者，白虎汤主之。脉沉数有力，甚则脉体反小而实者，大承气汤主之。”“阳明温病，诸证悉有而微，脉不浮者，小承气汤微和之。”“阳明温病……不大便七八日以外，小便赤，脉沉伏……大承气汤主之。”等等。
其三，见脉证不应者应整体分析。吴氏在《温疫论·脉证不应》中写道：“表证脉不浮者，可汗而解，以邪气微，不能牵引正气，故脉不应。里证脉不沉者，可下而解，以邪微不能抑郁正气，故脉不应。”并列举了一个精彩的病例：“张昆源之室，年六旬，得滞下。后重窘急，日三四十度，脉常歇止，诸医以为雀啄脉，心死之候，咸不用药。延余诊视，其脉参伍不调，或二动一止，或三动一止，而复来，此涩结脉也。年高血弱，下利脓血，六脉短涩，固非所能任。询其饮食不减，形色不变，声音烈烈，言语如常，非危证也。遂用芍药汤加大黄三钱，大下纯脓成块者两碗许，自觉舒快，脉气渐续，而利亦止。”并总结出“凡病善作此脉，大抵治病，务决形色脉证参考，庶不失其大体，方可定其吉凶也”，即脉证相参，注重整体分析的辨证施治之法，切忌以偏概全，以致枉杀人命。(https://www.daowen.com)
其四，逐邪不忘扶正。吴氏在使用下法时，不单只看邪之轻重，同时也注意照顾到患者的体质、病情的轻重缓急等，谨记“要谅人之虚实，度邪之轻重，察病之缓急，揣邪气离膜原之多寡，然后药不空投，投药无太过不及之弊”。可见，对下法的应用也是相当周全的。
温疫为热性病，发病过程中易损伤人体阴液，而攻下逐邪也易损伤阴液，故应在积极祛邪的同时，不忘固护胃气，以保护胃气免受克伐。吴氏在《温疫论》中突出了固护阴液、保存胃气的下后善后之法：常用生姜煎服，取生姜辛温之性反佐承气汤辈之苦寒，以调理胃气；对停药者，方中加入生姜或人参，取其温补之性以助胃气。下后服糜粥以自养，使胃气渐复，邪去而正自安。更见以静养节饮食候阴液自复等各种情况。此外，吴氏创诸养荣汤，适用于数下后伤阴及气阴两伤者，进一步丰富和发展了保津养阴治则，提高了中医治疗急性热病的疗效。
（《山东中医药大学学报》，2007年第31卷第6期）