水利工程水价改革中存在的主要问题
如上所述，我国水价改革取得了可喜的进展，但从调研的情况看，水价改革的任务仍然十分艰巨。
1.价格水平仍然没有达到供水成本
特别是绝大多数农业水价远没有达到供水成本水平，多数农业灌区的现行水价只有供水成本的30%～60%。在所调查的华东、华中18家农业供水单位，平均供水价格仅0.0198元每立方米。湖南省平均农业供水成本为0.10元每立方米，实际价格水平只有0.02～0.03元每立方米，个别地区甚至无偿供水。东北地区农业灌溉一般是水库给灌区供水、灌区再供应农户的模式，水库、灌区农业供水总成本在0.10～0.15元每立方米，实际价格水平为辽宁0.03～0.05元每立方米、黑龙江0.02元每立方米。低价供水导致灌区靠拖欠水库水费维持，水库靠工业、生活供水水费维持，没有工业、生活供水，水库、灌区都难以维持的局面。南方部分省仍然沿用以粮食计收水费的做法，许多灌区水费计收标准是十年前制定的，由于粮食价格下降计收标准不变，每亩收费标准由18～22元下降至当前10～13元。严重偏离供水成本的价格导致水管单位亏损严重，举步维艰。
2.农业水费实收率不高，且区域差距较大
从调研的情况看，农业水费实收费不仅在各水管单位之间有差异，而且不同区域之间的差别也很大，北方农业用水的平均实收率达84%，而南方仅为68%，北方地区明显高于南方地区。我国北方地区水资源比较短缺，空间与时间分配不均，必须依靠水利工程进行控制调节。水利工程供水是农业灌溉的主要水源，也是北方农户能否获得收益的决定性因素，能供到水的土地，有水灌溉的作物才有收成。农业用水户多主动缴纳水费以获得供水服务。南方地区水资源丰沛，降雨量多，农业用水对水利工程的依赖程度相对较低，尤其遇到风调雨顺年份，部分地区的农民几乎可以不用水利工程的供水就能满足一年作物的灌溉需水。因此，从某种程度上减弱了农户缴纳水费的积极性与主动性，造成本该缴纳的水费不能如期如数的缴纳。南方充裕的水源使得水管单位对县乡代收费依赖程度更高，截留更加严重，这也是导致南方地区水费收取率低的又一个主要原因。
3.末级渠系水价秩序混乱，中间加价和搭车收费现象严重
目前，我国国有灌区工程供水价格由政府制定，普遍偏低，亏本运行；而相当一部分地区农民实际负担水费却居高不下，政府的政策调控目标没有得到实现；中间乱加价、搭车收费者却从水上得到了甜头。同时，这也很容易使农民乃至社会产生误解，即似乎水费是加重农民负担的主要原因之一，从而给农业水价改革带来了极大的阻力。
西北地区某村把护林费、灭虫费、计划生育费和教育费等搭车到水费上收取，1998年应收水费2.7万元，实收6.6万元，村里多收3.9万元，超过应收水费144%。而南方某灌区1994～1996年共向某县供水2.02亿立方米，合同供水价为0.012元每立方米，应收水费242.4万元，而农民实际缴纳水费1440万元。即使考虑到水量损耗的问题，也有1000多万元属于搭车收费或被中间环节截留。
4.农业供水普遍没有实行计量收费
缺乏简易、经济和有效的计量设施，使得我国绝大部分地区农业水费实行按亩收费的办法。按亩收费既不利于农民“水利工程供水是商品”意识的形成，而且水费与用水多少没有直接关系，导致农民和水管单位均没有节水积极性，助长了水资源的浪费，同时也给搭车收费者提供了有利的条件。
5.灌区工程状况恶化，渠系水利用系数低
这种情况，无形中也增加了农民的水费支出。同时，大部分灌区灌溉面积萎缩，灌溉效益不断衰减，农民利益也受到损害。
此次我们所调研的大中型灌区多数是在五六十年代兴建的，建设标准低，运行年限长，工程设施普遍老化失修，渠道渗漏严重，大部分灌区渠系利用系数只有40%左右。按照现行渠系平均利用系数40%计算，提高10%则农民实际承担水价可降低20%，提高20%则可降低33%。
6.水价对水资源配置的调节作用尚未充分发挥(https://www.daowen.com)
要充分发挥价格杠杆在水资源配置方面的调节作用，水价必须要充分反映水资源的价值，反映出水资源的稀缺程度，而单纯依靠工程水价是难以实现这一目标的。水价中，只有资源因素（即水资源费）才能真正和完全地反映出水资源的稀缺程度，反映出水资源的供求关系。当前，由于对农业用水不征收水资源费特别是地下水水资源费，北方许多地方不用水利工程供应的地表水，而改用地下水，有些地方的农民甚至直接在灌区渠道附近打井取水，导致地下水超采现象严重，灌区灌溉面积萎缩，工程效益锐减。不合理的价格体系对水资源配置在一定程度上起到了反向调节作用。河北省邯郸市在地表水可以基本满足用水需求的情况下，仍然大范围超采地下水，水位下降，形成巨大的地下漏斗，严重破坏了生态环境。
7.水价管理事权划分不清
水利工程供水价格由政府制定，政府的事权划分对水价工作有重大影响。按现行《水利产业政策》规定，水利工程供水价格由县级以上人民政府价格主管部门会同水行政主管部门确定。而实际工作中情况非常复杂，存在很多问题。
如许多省尚未进行水价管理事权划分，仍实行全省统一的供水价格。在南方许多省农业水价仍执行统一标准，而且许多省水价制定和调整的具体方案仍需报省政府同意才能执行。这种做法一方面不符合市场经济原则，不能保证新水源工程收回投资；另一方面大范围统一供水价格，供水价格就难以及时进行调整。
另一种情况是权利下放后，省级相关部门对基层水价改革工作缺乏足够的监督和指导，导致基层水价改革明显滞后。如辽宁省近年来已几次调整省直属水利工程水价，而市、县两级所管水利工程却仍然执行1996年的水价标准。
还有一些大型水利工程，由于供水环节多且隶属关系不同，各供水环节水价协调难度大，造成水费结算扯皮。如滦河流域上下游水管单位分别隶属于中央、省、市、县各级，造成上下游水管单位清算水费扯皮、互相挤压调价空间，最终水价难以合理确定，水源工程的水费计收变得十分困难。
8.水价调整机制欠缺灵活性
国务院早在1985年颁布的《水费办法》中就确定了按供水成本和合理利润核订供水价格的原则。然而因为认识观念和农民承受能力等因素的限制，水价特别是农业水价定价、调价难，一定多年不变，直接导致当前大部分地区的供水价格仍然没有达到供水成本，社会资本投资水源工程无利可图，完全依靠国家投资建设水源工程的局面难以得到根本转变。究其原因：一是仍然把水利作为政府管理的公益事业，无偿或低偿提供服务的传统观念仍然存在。“水利工程供水是商品”的认识十分淡薄，个别地方政府习惯于要资金、跑项目、建工程，忽视水管单位的良性运行、发展。二是水利工程使用寿命长，短期疏于管理和更新改造也不会立刻造成严重问题。提高供水价格会影响各方面效益，还可能引起城市居民和农民的抱怨。个别地方政府存在着短期行为，为眼前利益，忽视水利工程的长期良性运行和工程更新改造问题。
9.水价计价方式单一
从调研情况来看，大部分水管单位的水价计价方式仍是单一的水价标准，两部制水价、超定额用水累进加价和丰枯季节水价等科学的计价方式没有得到实施。只有少部分灌区在农业供水中试行了基本水价和计量水价相结合的两部制水价，部分地方实行了超计划用水加价。单一的计价方式，不仅没有反映当地水资源的稀缺程度，而且不能保证水利工程的基本运行和维护。
科学的计价方式得不到很好的实施，其主要原因是缺乏统一规范的规章制度。两部制水价早在国务院《水费办法》中就有明确规定，但两部制水价的相关实施意见却一直没有制定，各地在实行两部制水价时，形式五花八门，缺乏规范性，一些地方利用基本水费搭车收费的现象也时有发生。因此，这也造成了用水户和社会对两部制水价认识上的误区，没有认识到两部制水价只是水价计价方式的一种，反而认为基本水费是不合理收费，加重了农民负担，一些地方甚至在清理整顿涉农不合理收费中取消了基本水费，这在很大程度上阻碍了两部制水价的推行。
此外，推进超定额用水累进加价的前提和基础是必须制定科学、合理的用水定额，但这方面工作显然滞后于水价改革进程。
10.水管单位人员膨胀，管理水平较低，不合理的成本增长较快
我们所调研的相当一部分水管单位目前普遍存在人员增长过快、过多，经济负担过重，这也是水管单位进行体制改革所要面临的一个最大难题。这既有水管单位自身管理水平较低的原因，也有当地政府要求安排人员的原因。如宁夏自治区的跃进渠、汉延渠管理处，实有人数分别达到编制人数的160%和151%；甘肃省武威市凉州区1998年8个灌区的职工人数为1207人，工资总额824万元，几年来，共接纳441人，使灌区人数增加到1492人，工资总额1248万元，较1998年人员增加291人，工资支出增加424万元。