改进末级渠系的管理，约束终端水价
农民用水户负担太高，水管单位运行困难一直是水价改革最主要的矛盾。产生问题的根源之一就是终端水价制度缺位，导致农业用水终端水价秩序混乱。新疆、陕西等地改进末级渠系水价管理，减少了中间环节的加价和搭车收费，实实在在地减轻了农民负担。
1.改进末级渠系管理，实行“管理到户，供水到户”
现行农业供水管理体制一般是国有水管单位管理斗渠以上渠道，政府只制定国有水管单位供斗口的水价标准。末级群管工程由乡镇管理，灌溉用水末级渠系的加价为乡镇政府或水管站自行确定，既没依据文件报地方物价部门的审核批准，也未征求用水者意见，用水者对定价、加价的因素和使用情况基本不了解，故用水者缴纳水费的自觉性普遍不高，也给搭车收费提供了机会。这种管理体制导致的结果就是，政府顾虑农民负担问题，国有水利工程供水价格很低，亏本运行；农民实际负担水费并没有减少，政府的政策调控目标也并没有实现；中间乱加价、搭车收费者却从水上得到了甜头。
针对上述问题，新疆维吾尔自治区2001年颁布了《新疆维吾尔自治区关于灌区推行“供水到户”的实施意见》，要求各地结合实际情况制定出本地区切实可行的措施，确保三年内全区灌区基本实现“供水到户”。“供水到户”的实施遏制了水费搭车、水量平摊问题，对建立充满活力的供水管理体制、减轻农民不合理负担、促进节约用水起到了积极的作用。以头屯河灌区为例，该灌区在2001年开始了“配水到户、计量到户、计账到户、收费到户”为重点的供水体制改革，开展了核定农民最终结算水价工作。“供水到户”改革以来，该灌区水费年收缴率提高到95%。新办法执行以后，新水价比原来农民实际负担水价减少了0.029元每立方米，按每亩地灌溉定额460立方米水计算，每亩为农民减轻水费负担14.1元。
2.改进末级渠系的水价管理，实行“终端水价”制(https://www.daowen.com)
陕西省实行的“终端水价”制，目前，全省12个大中型灌区中有11个已经按“终端水价”制定价，有效地减少中间环节的乱加价、乱收费，农民实际负担的水费有了明显下降。如桃曲坡灌区亩次水费下降了5～10元。
3.实行“农民用水者协会”等民主协商的管理方式，改进末级管理，减少水费计收环节
实践证明，建立农民用水者协会可以加强和改进末级渠系的管理，有效地简化水费收取程序，避开了行政干预，从而避免了中间环节的截留和加码，有效地减轻农民的负担。
内蒙古河套灌区在建立用水者协会制度上取得了比较成功的经验。从1999年开始，河套灌区逐步在国管直口渠范围内推广农民用水者协会，并试行承包、租赁、拍卖等多种形式的管理体制改革。1999年，河套灌区制订了《河套灌区组建农民用水者协会实施方案》；2000年，为了进一步促进供水体制改革，巴盟行署颁发了《河套灌区群管水利工程管理体制改革的实施意见》。目前，在灌区各级政府的组织下，改革工作进展顺利，已形成了以农民用水者协会为主，联水承包、专群结合、供水服务站等多种群管水利工程管理体制改革模式，同时灌区又深化了轮次收费（结合水票供水）以灌溉亩次计费的水费计收管理办法。到目前为止，全灌区共有1448个单元实行了改制，辖灌溉面积745.3万亩，占总灌溉面积的86.5%。其中农民用水者协会385个，辖灌溉面积432.6万亩，占总灌溉面积的50.2%。供水制的改革在改进末级渠系管理，科学量水、配水，特别是在水费收缴上发挥了积极作用。
江苏省的皂河灌区从1998年开始，在灌区所辖县（区）民政部门登记注册了18个农民用水者协会，按照“经济自立灌排区”模式运行，负责斗渠以下及田间工程的管理、使用及维护，并按照“一票到户”的形式向用水户供水收费，解决了以前末级渠系管理难，水费收缴难的问题，大大提高了末级渠系管理水平和水费实收率。