职工对改革的意见和建议
从总体上看，四个非营利性科研机构的广大干部职工，对管理体制改革持拥护和支持态度，改革进程基本上是积极稳妥的。从调研过程中职工反映的情况来看，有很多共性问题。同时，由于各院的条件、实力、认识等存在诸多不同，一些个性问题也很突出。
1.共性问题
（1）关于专业调整和学科的设置。四院的大部分职工认为专业设置应统一规划，合理布局，突出优势，根据各自的实际情况和需要，确定其学科研究和发展方向。南北两大院与两个流域研究院应有所区分。
（2）关于非营利的编制。各单位普遍反映非营利编制少，分流人员和转企的压力大。由于编制的限制，必然使一部分技术开发类科研机构实行企业化转制。这部分机构多是社会公益性研究较强的科技支撑部门，面向市场的能力不强，硬把它们推向市场，最终结果只能是大部分萎缩消亡，客观上也会削弱社会公益类的研究。
（3）关于运行的机制。改革的目的，就是要建立有利于科技创新的体制，实行“开放、流动、竞争、协作”的运行机制。广大干部职工对建立这种运行机制持赞同意见，认为是提高科技创新能力的必要条件。但实施起来，有一定难度，存在很多阻碍的因素，如缺乏配套措施，社会保障体系不健全等。
（4）关于科技队伍的建设。四院的职工普遍反映，必须加强科技队伍建设，主要有以下几个方面：人才断层问题，它既表现为年龄结构上的断层，也表现为专业结构上的断层；人才培养机制问题，科研单位招收研究生的名额很少，且无法流动，在一定程度上制约了科研队伍的建设和发展；在学科带头人的培养方面力度不大；人才引进方面缺乏配套政策，保障措施乏力。
（5）关于科研条件的建设。各院科研仪器设备，尤其是大型仪器设备陈旧落后，很多是20世纪80年代甚至是六七十年代购置的产品，多年来未能及时更新改造，制约了科研水平的提高。近年来，虽然部、流域及单位自身通过各种渠道解决了一些经费进行更新、改造，但“杯水车薪”，无法解决根本问题。
（6）关于中介和科技支撑部分的定位问题。由于目前非营利编制的限制，部分本属于科技支撑和中介部分的人员难以安排，难以定位。如网络、图书馆、资料室、编辑部以及技术监督、质检、标准等管理人员均无法进入非营利编制，转企又显然不现实。广大职工建议增设部分事业编制来解决此问题。
（7）关于转企部分的问题。对这个问题，大部分干部职工还是能够理解和支持的。一方面建议在转企时，单位要从人员、资产上给予一些优惠，扶持企业发展。另一方面认为要充分发挥转企部分的优势，将非营利研究的成果转化、推广，作为企业发展的增长点。此外，在知识产权的界定上、在转企部分的资质等问题上应有明确的办法。
（8）关于离退休人员的问题。一方面，离退休人员的保障对各院来说都比较沉重。各单位科学事业费的存量部分基本都用在了离退休人员的待遇上。另一方面，各单位的领导和职工也都认识到，应该充分重视和发挥离退休专家的作用，这是一笔宝贵的财富。他们不占非营利编制，却能在人才培养、项目咨询指导等方面发挥重要作用。
2.个性问题
除去共性问题外，各单位都存在一些突出的个性问题，概括如下。
（1）水科院。
1）机电所整体转企问题。一些同志（主要是机电所干部、职工）意见较大，认为整体转企不合理，担心失去“机电所”这块牌子，在市场上很难生存。强调其研究的公益性和学术地位，希望能有部分进入非营利研究所行列。此外，自动化所也提出了类似问题。
2）A、B、C岗位设置的问题。首批280人已经聘任，并已开始实行绩效工资。但涉及工资总额问题、考核问题，特别是转企部分和管理人员还没有定岗到位，需要统筹协调、整体安排实施进度。
3）整体推进的问题。一些职工认为，改革不仅是非营利部分，还有中介和转企的问题。应该统筹考虑，整体推进。目前水科院存在非营利部分进展较快，其他两部分相对进展较慢的情况。这样容易产生脱节和矛盾。
4）一些院士和专家反映，在科研任务方面，前段时期部里一直比较注重规划和宏观理论研究，今后应加强工程应用基础方面的研究，加大工程项目前期科研和经费的支持、投入力度，把有限的财力重点放在能直接推动国民经济发展的应用技术研究上。
5）一些职工反映，改革方案事先没有充分征求大家的意见，很多职工对改革方案并不了解（院里向所处级领导征求了意见，但有的所没有向职工传达）。
6）一些职工反映，院所领导应将主要精力放在抓科研上，宏观协调，加强管理，了解下情，积极为科研创造良好的环境和条件，减少资源浪费和低水平重复，努力出高水平的成果。(https://www.daowen.com)
（2）南科院。
1）南京水文水资源研究所归并后，办公用房面积不够，需部里支持建设新办公楼。一些原水文所职工反映对南科院的一些规章制度不适应，认为有的制度过于烦琐。此外，二者的分配体制也有所差别，不够协调。
2）研究生培养问题，考虑与河海大学联合共建研究生院。
3）建议依托南科院水文水资源研究所尽快组建部级水文水资源工程技术研究中心，加大前期研究的投入力度。
（3）长科院。
1）长科院的改革既要遵照科技部的总体部署，又要求与长委的流域机构改革同步，需要统筹协调、考虑。
2）长科院与长委的资产关系不清。目前，长科院的资产都划在长委名下，给清产核资、企业化转制工作带来很大影响。
3）由于流域院所实力相对较弱，建议部里在基建、设备及科研项目上给予重点扶持。其中，科研基建经费希望部里能“戴帽”下达。
4）长委一直使用统一的勘测、设计、科研和监理等资质，长科院没有自己的独立资质，给转企部分今后的生存和发展带来很大的影响。
5）长科院原为委属科研单位，以工程科研为主，具有一定的优势。这次改革，拟新增6个公益性研究所，作为非营利部分的主体。工程科研部分适当安排少量非营利编制，进行工程科研的基础研究。部分职工（主要是专家）认为，新增的几个研究领域过去的研究基础不够，难以同其他几大院竞争。强调还是应该突出原有工程科研的优势和特色。
6）希望部里能在长科院设几个研究中心或分中心，如江湖治理、空间信息、调水工程等，以提高长科院的科研层次。
（4）黄科院。
1）职工反映最强烈的是编制问题。认为黄河的问题极其复杂，黄河的治理开发有很多问题需要研究，126人的非营利编制远远满足不了治黄的实际需要。为此，黄科院对专业设置需求重新进行了论证、核定，确定非营利编制至少需要185人，希望上级部门给予充分考虑。
2）希望依托黄科院组建泥沙、防汛抢险、水土保持等国家级或部级工程技术研究中心。
3）黄委会科研机构众多，力量分散，除黄科院之外，几乎每个局都有自己的科研队伍，如水文局、水资源保护局、河口管理局、三大水保试验站（天水、西峰、绥德）等，还有1000多人在从事科研工作。这些部门科研力量薄弱，设施落后，学科设置重复，成果水平不高，形不成合力，难以满足黄河治理开发的需要。
4）黄科院在四个非营利性研究院中实力最弱，科研设施、科研队伍、经济基础等都与其他三院有很大差距，希望部里及黄委会给予政策倾斜，加大支持力度。
5）黄科院一部分干部、职工担心在享受数额并不多的非营利科学事业费增量的同时，可能会带来“副作用”，失去黄委其他方面更大的支持。如原应该由黄科院承担的任务，黄委会交给其他单位承担。
6）对非营利性科学事业费的使用支出中包含项目经费支出有异议，认为有限的增量部分主要应用于改善非营利科研人员的条件和待遇。