农村小水电企业增值税政策执行中存在的集中性矛盾
按照《财政部、国家税务总局关于调整农业产品增值税税率和若干项目免征增值税的通知》（财税［1994］第004号）中“一般纳税人生产下列货物，可按简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税，并可由其自己开具专用发票：（一）县以下小型水电发电单位生产的电力”。
这项政策制定后，全国执行情况不一。在我们调查的23个省中，内蒙古、新疆、山西、青海、浙江等省（区）全部执行；辽宁、贵州、山西、江西等省个别企业没有执行；吉林、黑龙江、福建、广东等省少部分企业没有执行；河南、湖南、四川、广西等省（区）部分企业没有执行；安徽、重庆、云南、甘肃、河北等省80%以上的企业没有执行；湖北省所有农村水电企业均未执行。从总体上看，执行该项政策的企业大约只占50%左右。
由于对该文件的理解存在偏差，导致一些地方在小水电增值税征收和缴纳上有不同的方法。同时，在政策的执行中出现许多不同的情况。
1.征收率与下游企业增值税抵扣的矛盾
按6%的征收率缴纳增值税，实际上是将小水电企业一般纳税人视同小规模纳税人。农村小水电企业变为小规模纳税人后，出现了小规模纳税人与一般纳税人之间的矛盾。由于按征收率计算增值税，下游电网企业和用电企业因少得到11个百分点税款的抵扣而补缴相应的税款。实践中有三种处理情况：一是虽然按6%的征收率征收增值税，但电网企业对农村水电发电企业上网电价有折扣，并限制上网电量，造成小水电名义上按6%征收率缴纳增值税，但实际税负普遍有所提高，在9%～17%之间。如：安徽黄山市所有电站的上网电价由0.3元每千瓦小时降为0.27元每千瓦小时，电网企业才肯接受6%增值税发票。河南部分县小水电企业虽然按6%征收率缴纳增值税，但剩下11%余额完全在电价上进行折扣，实际上还是执行17%。二是电网企业和用电企业，有的要求小水电企业补足11%税率差额，否则不与小水电结算电费；有的供电部门不收6%增值税票，不给小水电结算电费；有的是收了6%增值税票后强行扣除11%的余额。导致小水电企业无法采用征收率的办法。三是部分地方税务部门将11%税率差额按往来账或欠税挂账处理，一旦要求偿还，农村小水电将面临生存危机。(https://www.daowen.com)
2.农村小水电划分标准问题
在实际征税采用征收率的方法时，对“县以下小型发电水电单位生产的电力”中的小水电的理解不同。一是税务部门在执行中一般对农村水电企业按行政级别区分，属于县级（包括县级）以下的可以采用，属于县以上的不能采用。于是就出现了同一个小水电发电企业由于行政级别的不同或变化而带来了缴纳不同增值税的差别。如：黑龙江省西沟和象山水电站由小黑河市（县级市）改为大黑河市（地级市）管理后，原来按6%征收率缴纳增值税，现在则要按17%的增值税税率缴纳增值税等。二是对单站装机不超过5万千瓦，但总装机超过5万千瓦的小水电企业不执行。如：四川部分水电企业因装机连年增加，超出5万千瓦，原来是按6%征收率缴纳增值税，现在却要按17%的增值税税率缴纳增值税。
3.在贯彻按6%的征收率征收增值税的政策中，其关键问题在于下游企业在增值税抵扣上的矛盾
下游企业按增值税一般纳税人17%的税率缴纳增值税，存在6%与17%的增值税税负差额由谁承担。许多税务部门感到没有更详细的规定，该政策在实践中根本无法操作。发电企业与供电企业也存在如何处理11%的税负的矛盾等，需要解决。
在电力体制改革实行厂网分开、竞价上网后，该政策更是难以实施。