诊断与鉴别诊断
迄今尚不可能依据某一症状或进行某一项检查，即可做出明确诊断。必须对患者的所有临床资料及整个发病过程进行全面的综合分析，在排除症状相似的疾病后才能做出诊断。应考虑排除的疾病有感染性、缺血性：放射性、药物性结肠炎、UC、乳糜泻、显微镜下结肠炎、肠易激综合征及肿瘤等，有时鉴别诊断困难，需手术探查才能获得病理诊断。以下诊断指标可供参考：具有①非连续性或节段性病变；②卵石征或纵行溃疡；③全层炎等3项者为疑诊，再加上④非干酪性肉芽肿；⑤裂沟或瘘管；⑥肛门病变等3项中任何一项可确诊；有第④项者，只要再加上①②③项中任何两项亦可确诊。病程中有两次反复发作或对治疗反应的随访（一般1年以上）可有助确诊。
临床上尤应与以下疾病做鉴别诊断。
1.急性阑尾炎
回盲部CD酷似阑尾炎，常易发生误诊，有时在手术后才能明确诊断。
2.溃疡性结肠炎
有10 %～15%的UC患者为未确定型结肠炎，需经较长时期随访后才可能做出判断。
3.肠结核
与回结肠型CD的临床及病理学表现可十分相似。有助于两者鉴别点有：①肠结核可有肠外结核病史；②瘘管及肛门周围病变多见于CD而较少见于肠结核；③CD累及小肠范围广，小肠多处节段病变者多考虑克罗恩病；④环形溃疡多见于肠结核，而卵石征多见于CD；⑤结核菌素试验强阳性及活检抗酸杆菌染色找到抗酸杆菌者，支持肠结核。对鉴别诊断有困难者，可先行抗结核试验治疗并观察其治疗反应。有手术指征者可行手术探查，绝大多数肠结核病患者的病变肠段及肠系膜淋巴结可检出干酪坏死性肉芽肿，而CD则无此改变。(https://www.daowen.com)
4.贝赫切特病
本病有肠道表现时可类似于CD，常难以鉴别。本病可由病毒感染、遗传因素、免疫功能及体内微量元素异常等因素引起。初发年龄主要在16～40岁，女性多见。基本病变是血管炎，可累及毛细血管和细小动静脉。消化道损害的发生率为10%～50%，常表现为单发或多发性溃疡，从口腔到肛门均可累及，以回盲部多见。表现为上腹部饱胀不适、嗳气、吞咽困难、右下腹疼痛、腹泻、黑便及便秘等。
诊断多采用国际贝赫切特病（1989年制订）标准：①复发性口腔黏膜、舌尖及其边缘、齿龈、上下唇内侧等处的痛性小溃疡；②反复外阴部疱疹与溃疡；③眼部病变：葡萄膜炎、角膜炎、虹膜炎、玻璃体病变及视网膜病变等；④皮肤病变：结节样红斑、假性毛囊炎、丘疹性脓疱及痤疮样结节等；⑤针刺试验：在严格灭菌操作下，接受皮肤针刺，屡次在针刺部位发生小脓疱为阳性，对提示诊断有重要意义。若能同时检查HLA-B5，对本病诊断更有帮助。复发性口腔溃疡并有其他4项中的2项，排除其他疾病后可确诊。
5.原发性小肠恶性淋巴瘤
可在较长时间内局限于小肠，部分患者肿瘤可呈多灶性分布。此时与CD鉴别有一定困难。如X检查见肠段内广泛侵蚀、呈较大的指压痕或充盈缺损、B超或CT检查肠壁明显增厚、腹腔淋巴结肿大者，多支持小肠恶性淋巴瘤诊断。小肠恶性淋巴瘤一般进展较快。必要时手术探查可获得病理确诊。近年采用双气囊推进行小肠镜检查结合活检免疫组化检查有助诊断。
6.其他
多种临床上与CD相似的疾病、大肠癌及各种原因引起的肠梗阻等均应考虑进行鉴别诊断。