哲学传教路线的确立
4.1 日中适应主义的矛盾 利玛窦的哲学传教或科学传教在华人知识分子入教方面取得了相当可观的成果，因此哲学传教基本上得到了传教区内传教士的支持，并形成了主流派。然而，利玛窦死后不久，哲学传教面临着存续与否的危机。比如，耶稣会日本准管区长兼日本巡察使帕西奥（Francisco Pasio，1551—1612，1582年来华，中文名巴范济）、利玛窦的后继者第2代中国传教长龙华民（Niccolo Longobardi，1559—1654，1597年来华）等对此公然否认。
被派遣至日、中两国的耶稣会传教士们自身具有多样性，加之他们各自适应派遣国的文化和社会，并以自己的方式展开传教。范礼安提倡适应主义的目的也正在于此。可是，这两种使命在组织架构上并不是相互独立的。当时，耶稣会的中国传教区从属于日本准管区，所有的活动在制度上都要接受日本准管区上长的指导监督。中国传教初期的路线与后来的适应主义路线的不同点还不太明显，但具有一定规模之后两国间适应主义的矛盾逐渐显明。
万历四十年（1612）左右，日本巡察使帕西奥为解决两国传教的矛盾问题，命令中国传教长龙华民和在日耶稣会士罗德里格斯（João Rodrigues，1561？—1633）对日中传教进行比较和讨论。在日耶稣会士将《天主实义》里补儒论的神学用语视为“儒耶合一”的混淆主义或者说折中主义（syncretism）：（1）无法根据自然宗教意义上的汉语“天”“上帝”来表达全知全能的创造主，（2）汉语“天主”也有复数多位神的含义的可能性，因此他们主张不可用这个词。[10]这样的批判是基于日本耶稣会传教伊始，借用适应主义提倡的用当地语言表达特殊的神学概念（Deus=大日等）时，听到教义的人用当地语言里原本的意思理解神学概念后造成误解，从而直接使用拉丁语（Deus等）或葡萄牙语（Christian等）的历史经验。
在日耶稣会士同样批判了利玛窦不仅容忍华人教徒参加祭天地和拜孔子的公共仪式，还容许他们参加私密的祖先祭祀等仪式。因为从日本耶稣会的基本见解来看，不论是偶像崇拜还是参加其他各种仪式，就算教徒并非出于本意而只是被迫参加，也完全是不正当的。[11]
利玛窦的批判者不仅有那些在日本传教团里工作的传教士，于在华耶稣会里也同样存在。具有代表性的批判者正是龙华民。在龙华民于韶州尝试大众传教取得了一定的成功，被升职为传教长以前，他就对利玛窦的精英传教（或曰哲学传教）存有疑问，并对他的补儒论持有批判的态度。[12]龙华民针对利玛窦的儒教解释的批判性研究成果是1623年问世的《孔子与其教诲的概要》（De Confucio ejusque Doctrina Tractatus）。据说该书对后世西欧宗教界长期存在的“礼仪之争”产生了非常大的影响。除了龙华民，熊三拔（Sabatino de Ursis，1575—1620，1606年来华）等似乎也抱有同样的看法。(https://www.daowen.com)
事实上，由耶稣会内反利玛窦派或是反混淆主义派采取的旨在变更传教路线的企图比比皆是。比如万历四十年（1612），龙华民将金尼阁（Nicolas Trigault，1588—1628，1610年来华）派往罗马报告中国传教情况的时候，他向耶稣会的总长质问利玛窦的传教方法是否正当；万历四十二年到四十三年（1614—1615），耶稣会日本管区长卡瓦略（Valentim Carvalho，1560—1631）在中国巡视教务的过程中，向阳玛诺（Emmanuel Diaz，1574—1659，1610年来华）发布从今往后再也不允许宣讲学问（哲学或科学）的教令。
对于利玛窦式的注重知识和文化的适应主义的精英传教，由适应主义而产生的儒耶合一、混淆主义或曰折中主义及因其姑息而落入异端的可能性等，大众传教派对它的抵制和反对的声音从未间断。
4.2 “利玛窦规矩”的成立和哲学传教的成果 耶稣会的中国传教团（1623年以后脱离日本准管区）在利玛窦死后，尽管传教路线产生了很大的动荡，但就大体上看来，主流派仍领导传教活动。哲学传教，也就是注重科学知识的以知识分子为中心的传教方针还在持续。然而，利玛窦的哲学传教被正式认证是在天启七年（1627）和崇祯六年（1633）于江苏省嘉定举行的耶稣会会议。
在第一次嘉定会议上，主流（哲学传教）派向反利玛窦（反混淆主义）派靠拢，提出（1）要跟随利玛窦使用“天主”这个词，同时允许祭祖祭孔；（2）跟随龙华民的做法，禁止用“天”“上帝”来表示Deus，不过，《天主实义》除外。[13]之后，第二次嘉定会议上主流派重新得势，删除了上面第（2）点，并重申遵守自利玛窦以来一直沿用的礼法和用语。两派的意见虽然似乎并不完全一致，但会议的决定意味着利玛窦的方针——哲学传教在实际上被确立了下来。也就是在利玛窦死后的20多年之后，他的路线作为传教的规范被正式确立。
在华耶稣会的哲学传教（科学传教）取得比较大的具体进展是因为崇祯二年（1629），李之藻在杭州编印天主教丛书《天学初函》[14]，且正值徐光启负责的以西欧天文学为基础的改历项目的正式开始。《天学初函》由理编和器编组成，理编中包含了《天主实义》等神学书、伦理学书10种，器编里收录了《几何原本》等10种数理科学书籍，流传范围极广。此外，徐光启设立了新法历局，着手欧洲的天文学书籍的汉译工作，制造天文仪器，还从事天象观测。新法历局耗费五六年时间，完成了天文学丛书《崇祯历书》137卷（1634）。明朝还未来得及实施改历便灭亡了，但《崇祯历书》定下了清朝改历的天文学基础，留下了制定新历法的巨大足迹。清朝颁行的西欧式历法意味着中国王朝正式承认了西欧天文学。必须指出，这在学术上的影响异常深远。