法规之间存在双重调整

国家工商行政管理总局2003年颁布的《集体商标、证明商标注册和管理办法》将地理标志作为集体商标或者证明商标进行保护，这是在中国加入TRIPS之后，对于地理标志保护条款的并入；2007年农业部颁布的《农产品地理标志管理办法》，是我国在国际交往过程中，逐步意识到地理标志的重要作用后置顶的。我国地大物博、自然资源丰富，具备得天独厚的农业生产环境，我国出于对本国特色农产品的保护，颁布了《农产品地理标志管理办法》，对农产品进行推广，与此同时实施了大量振兴乡村的计划，国民对地理标志有了一定的认知，同时国内学者对地理标志保护的研究也逐步深入。但是两者由于存在立法时间等因素的差异，在条款的设定和部门职责的划分上存在一定的重合。首先，涉及农产品作为集体商标和证明商标存在的地理标志，与《农产品地理标志管理办法》规定的客体存在重合。其次，国家工商行政管理总局和农业部都属于国务院下属的部门，因此两个规定的效力等级相同，都属于部门规章，不存在效力上的优先关系。最后，两者虽然存在时间上的先后，但是规定的内容并不能相互替代，因此无法运用“新法优于旧法”的效力规则进行取舍。(https://www.daowen.com)

尽管在机构整合之后，申请人对申请机构不会难以区分了，但是由于法规的双重调整问题，哪些主体可以作为申请人、应当申报哪些条件、应当提供哪些证明材料等实际操作问题将会在实践中让相关人员产生困惑，不利于管理活动的进行，同时也会使申请人因为要求不明确进而放弃申请对某些产品的地理标志保护。