清朝：程朱理学和经史考据之学
满清入关后，为加强统治，促进民族大融合，而广设学校，崇祀孔孟。他们摒弃陆王心学，重视程朱理学。尤其是康熙帝，他大力提倡朱子学说，将朱子列入十二哲之列，配飨孔子，并刊其著作《朱子全书》。[68]与此同时，清政府强化科举制度，学校成为科举的附庸，“学以入仕”的功利观念在众学子中愈演愈烈，蔚然成风，苏州府学也不例外。
爰建紫阳书院，地度于学宫之旁。……中为崇祀紫阳夫子之堂，旁为诸生讲学藏修之舍，庖廪湢浴靡不毕具。经始于癸巳之冬，落成于甲午之春。暨茨丹
，翼如严如，诸士子可以朝夕斯若工人之居肆，以成其器矣！[69]
从书院“崇祀朱子其中”“讲明朱子之道”“钦定紫阳全书以教天下万世”等情况来看，紫阳书院创建之初是以朱子之学为宗，即正统之学。清代华希闵（1672—1731）在《紫阳书院记》一文中，提及创立紫阳书院之用心，在于卫道。而所谓正学，以紫阳之学为大。创立的动机在于宣扬程朱理学，维护道统之学：
紫阳之论学也，曰居敬，曰穷理。而其论治必本二帝三王之道。……今天天子崇尚正学，海内蒸蒸向风，而吴中为尤盛。凡承流宣化于吴者，莫不道宣德意。创立书院以教多士，其卫道之心亦及紫阳之心也。故为道，其作兴之意如此。[70]
清朝苏州文庙的发展以紫阳书院为著，其教学内容随社会、政治、学术的发展而产生流变。康熙时期，张伯行倡导的理学之风与当时的教育理念紧密相关。依据紫阳书院的章程和读书日程法的规定，可以看出“居敬立本”是其教学目标。书院要求生徒学子读书当以“治事”“经义” 二科为研学的对象，并加之“存养”“静敬”“省察”等道德观。《紫阳书院示诸生》列八项课程，其中:“每日早晨，先看《四子》《五经》各一、二章，务必逐字逐句于身心上体验”；“学者之心思，日用则日出，不行札记，必致遗忘”，其目的是“务要明白显快，发前人所未及。录就呈阅，余将验尔诸生之实学焉”。[71]《紫阳书院读书日程》说明治学之要点“必潜思玩索，身体力行，凡有所得，即记于是日课程之内”[72]，课程内容专讲经书。(https://www.daowen.com)
雍正时期，据《鄂文端公年谱》记载，布政使鄂尔泰尝于会课公余之时，与贤卿名士互相唱和，闲暇之时并与之谈论经、史及经济方略。虽然读书课艺与院规学治皆已遗失，无从考证。然仍可显见于张伯行之《文集》。观《南邦黎献》，“经世致用”的特征愈来愈被彰显出来。于“经济民生”之实学，应是与政治上的策施，是一体两面。
乾嘉时期的书院之发展，一是书院讲学由程朱理学转变为经史考据之学。依《改建正谊书院记》一文，两院的学规相同，“余平吴之次年，建复紫阳书院。课《四书》文、试帖如旧制，其明年将复正谊书院，旧制与紫阳同。以肆业人众，故分之”[73]。督促生徒学习方面，除了考课的方式不变外，读书日程的内容已渐渐受其瞩目。一如《紫阳院读书日程表》论述：一是经书发明；二是读史论断；三是古今文；四是杂著。
此后，陈宏谋在《紫阳书院诸生约言》一文中，仿照了张伯行的《读书日程》，并加以调整变通，希望学子生徒做到人品、学问、文章齐头并进。藉以敦崇实学，及修习古先圣贤之训约，更能删除浮泛不切实际的风气。[74]
清朝科举是知识分子进入仕途的唯一阶梯，因此，绝大多数官学和书院的教学内容与课程也不能免俗地围绕着科举制度进行。清朝科举名目大致分为特科、常科、翻译科三类。特科是为消弭明末遗老恢复故国思想而设，翻译科在于提倡满文、蒙古文，以保存国俗。常科是清代科举中最重要的科目。常科分文武两种，看似并行，实则重文轻武。文科的考试内容为：乡试第一场试书艺三道，论一道；第二场试经艺四道，五言八韵排律一首；第三场试时务一道。解经之标准为：“四书”以朱子集注；《易经》，以程朱二传；《诗经》，以朱子集传；《书经》，以蔡（沈）氏传；《春秋》，以胡（安国）氏传；《礼记》，以陈澔集说为主。[75]据此，苏州府学的教学内容以考课为中心，传授“四书五经”，其主要教科书有：《诗》《古文辞》《四子书》《五经》《资治通鉴纲目》《大学衍术》等。尤其是康熙皇帝（1654—1722）更编纂了《性理精义》《钦定紫阳全书》，以示程朱理学为学术思想之正宗。直到了鄂尔泰（1677—1745）重葺紫阳书院时，召集当时江苏的文人雅士所作之诗与文，汇刻为《南邦耆献集》，由讲求心性之学变为“稽古考文”，从此书院不再以程朱理学为主要教学内容，不仅讲授“四书五经” 及制义，还注重培养实务型人才，重视考据、治术的教学。这是吴地最早提倡汉学之始，并涵盖了讲习经史词章之学。[76]